サービス開始当初は、無料のYahoo! JAPAN IDを登録するだけで本人確認も行わず利用できたため、オークション詐欺が多発する事態になった。そのため出品にはYahoo!プレミアム会員登録（有料）をする形に変更された。遅れて住所確認手続きが追加導入された。Yahoo!プレミアム会員登録すると出品、5,000円以上での入札、特定カテゴリでの入札、値下げ交渉ができるという形になっていた。

Yahoo!プレミアム会費は、2001年5月28日からは月額294円（消費税込）に値上げ、2008年12月1日に月額346円（消費税込）[28]、2012年10月から399円[29]、2016年3月からは498円に値上げした[30]。2019年10月からは508円となっている。
入札方法

ヤフオク!の入札方法は「自動入札」と呼ばれる仕組みで行われる。入札する際に設定した金額が自分の「最高入札額」となり、他の入札者が参入した際に自分の最高入札額を上限として、相手が入札するたびに入札単位ずつ価格を上げて自動的に再入札が行われる。入札単位は1,000円未満までは10円、5,000円未満までは100円、1万円未満までは250円、5万円以上からは1,000円[31]。現在の価格が「300円」で入札者なしのオークションに、最高入札額「700円」で入札した場合

自動入札により、入札が可能な最低金額「300円」で入札され、現在の価格は「300円」、最高額入札者はあなたになります。そのままオークションが終了した場合、あなたが300円で落札します。

現在の価格が「300円」、ほかの人が最高入札額「700円」で入札中のオークションに、あなたが最高入札額「500円」で入札した場合

自動入札により、相手が「510円（あなたの最高入札額500円＋入札単位10円）」で入札して最高額入札者になり、あなたは最高額入札者になれません。そのままオークションが終了した場合、相手が「510円」で落札します。

現在の価格が「300円」、ほかの人が最高入札額「700円」で入札中のオークションに、あなたが最高入札額「715円」で入札した場合

自動入札により、あなたが「710円（相手の最高入札額700円＋入札単位10円）」で入札して最高額入札者になります。そのままオークションが終了した場合、あなたが「710円」で落札します。

ヤフオク!ヘルプ より[32]
取引方法

2018年3月1日、商品代金の支払い方法がYahoo!かんたん決済のみとなり、終了後に落札者へ振込先の口座を知らせる（Yahoo!かんたん決済を介さず、直接の振込先の口座を知らせる）のも禁止となった（オークションストアとの取引・一部例外となるカテゴリは対象外）。

過去の支払い方法や発送方法などの取引の条件は、出品者が出品時に設定することができ、落札後に出品者と落札者との間で決定されるが、主に以下の何らかの方法が選択される（ただし、オークションストアでの出品や、一部の取引は異なる場合がある）。なお、オークションストアの場合には、別途消費税を徴収することも認められている（消費税を含めた総額表示が義務づけられていない[33]ため、別途加算する必要がある）。
支払方法


Yahoo!かんたん決済のみ（クレジットカード、Tポイントとの併用可）

インターネットバンキング・ジャパンネット銀行支払い・コンビニ支払い・Yahoo!マネー/預金払い）

過去に利用できた支払方法


出品者が指定する金融機関への振込（都市銀行・地方銀行・信用金庫・ゆうちょ銀行など）

代金引換（宅配便、郵便）

切手、商品券

Yahoo!ネットバンキング - 2012年8月をもってサービス終了。

発送


郵便・メール便・Yahoo!ゆうパック・宅配便・手渡しなど

匿名サービス

2007年 - 2011年、匿名取引ができるエスクロー（仲介）サービス「受け取り後決済サービス [34]」が存在した。利用料や登録料は一切かからず、住所などの開示が不要な匿名（開示・半開示も可能である）での取引が利用できる。匿名の場合、落札者の宛先は、JPエクスプレス（ペリカン便）の場合は送付先を担当する営業所名、ヤマト運輸（宅急便）の場合は送付先の市区町村名まで表示される[35]取引などは以下の流れで行われる[36]。

出品についてはジャパンネット銀行の口座が必要で、Yahoo!ネットバンキングと、Yahoo!ネットバンキング決済連携サービスに登録が必要である。なお、このYahoo!ネットバンキング決済連携サービスを利用すれば、ジャパンネット銀行の口座管理手数料が無料になっていた[37]。

発送については、受け取り・発送のいずれかがヤマト運輸が利用できるコンビニ（日本国内のセブン-イレブン）の場合はヤマト運輸となり、自宅発送で自宅受取の場合は、JPエクスプレス（一部地域をのぞく）または、ヤマト運輸（離島は委託業者）が選択できる[38]。


落札については、ジャパンネット銀行の口座＋Yahoo!ネットバンキングの利用の場合、振込無料で口座を開示する必要がない。通常の振込方法も利用できるが、口座の開示や金融機関の所定の手数料が必要になる。

受取については、ヤマト運輸の場合、コンビニ（セブン-イレブン）で24時間受取が可能である[39]。JPエクスプレスの場合は、Yahoo!ポイントが貰える[40]。


一部のカテゴリの出品については、トラブル防止のため受取後決済サービスなどを利用しないと出品できない[41]。

その後、2017年6月20日にはゆうパック・ゆうパケット（おてがる版）が[42][43][44]、2018年8月27日正午よりヤフネコ!パックが[45]、ヤフオク!で導入されて匿名配送（プライバシー配送）が再び実現した[46][47][48]。
官公庁オークション

「Yahoo! 官公庁オークション」[49]として「インターネット公売」と「公有財産売却」のサービスが行われている[50][51]。ヤフオク!とは利用方法が異なる[50][51]。

2004年7月より「インターネット公売」として開始[52]。これは行政機関が税金などの滞納者から差し押さえた財産を、国税徴収法などに則り売却する手続きの一部で[50]、インターネット公売で落札された物件の代金は、 滞納者の未納税金などの支払いに充当される[50]。「公売」、「差押」、および「国税徴収法」も参照

「インターネット公売」は、行政機関が滞納者から物品を差し押さえても現金化できず困っていたところ、東京都庁の職員がYahoo!オークションで知人の玩具が高値で落札されたことを知り、東京都からヤフーに働きかけがあった[51]。これを受け、ヤフーが社会貢献にもなるとして、1年をかけてシステムを構築しサービスを開始[51]。