2013年9月より2014年5月まで、スマートフォン及びタブレット版のYahoo! Japanトップページにて、毎日0時更新、各回3日間限定で無料コミック配信を開始していた。2014年5月からは、Yahoo!スマートフォン版＆タブレット版公式アプリのトップページとYahoo!ブックストア内無料コーナーにて、毎日0時更新、各回3日間限定で無料コミック配信している。
日替わり無料連載の主な作品

るろうに剣心 -明治剣客浪漫譚-（集英社）2013年9月

ジョジョの奇妙な冒険（集英社）2013年11月

DEATH NOTE（集英社）2013年11月

花より男子（集英社）2013年11月

進撃の巨人（講談社）2013年12月

鋼の錬金術師（スクウェア・エニックス）2013年12月-2014年1月

沈黙の艦隊（講談社）2013年12月-2014年1月

花ざかりの君たちへ（白泉社）2013年12月-2014年1月

GIANT KILLING（講談社）2014年1月-2月

ごくせん（集英社）2014年2月

銀の匙（小学館）2014年2月-3月

赤ちゃんと僕（白泉社）2014年2月-3月

弱虫ペダル（秋田書店）2014年2月-3月

ドラゴンボール（集英社）カラー版魔人ブウ編 2014年3月-4月、2014年5月-

のだめカンタービレ（講談社）2014年3月-5月

北斗の拳（ノース・スターズ・ピクチャーズ）2014年3月-5月

名探偵コナン（小学館）2014年4月-5月

ぼくの地球を守って（白泉社）2014年5月-

あした天気になあれ（ちばてつやプロダクション）2014年5月-

まおゆう魔王勇者（角川書店）2014年5月-

死がふたりを分かつまで（スクウェア・エニックス）2014年5月-

桜蘭高校ホスト部（白泉社）2014年5月-

ちはやふる（講談社）2014年5月-

L?DK（講談社）2014年5月-

好きっていいなよ。（講談社）2014年5月-

出版社による定額制サービス

少女漫画を配信する定額制のサービスとして講談社がYahoo!ブックストア上で女子コミ!を2014年6月5日より利用開始した[10]。料金は月額324円で、Yahoo!プレミアム会員は無料。この女子コミ!は2018年4月30日までで新規の販売は終了して、サービスの方も2018年5月31日に提供を終了した[11]。
脚注[脚注の使い方]
注釈^ 2023年9月30日まではZホールディングス（ソフトバンクグループ）傘下のヤフー。

出典^ “名作漫画1,199冊の電子ブックを有料配信する「Yahoo!コミック」開設”. INTERNET Watch. (2003年9月3日). https://internet.watch.impress.co.jp/cda/news/2003/09/03/338.html 2012年7月15日閲覧。 
^ “「Yahoo！ブックストア」オープン　EPUB採用”. ITmedia eBook User. (2012年11月2日). https://www.itmedia.co.jp/ebook/articles/1111/02/news109.html 2012年7月15日閲覧。 
^ “ ⇒ヤフー株式会社との電子書籍ストア運営の業務受託に関するお知らせ” (PDF). イーブックイニシアティブジャパン (2017年3月28日). 2017年4月6日閲覧。
^ ⇒PacketMedia（韓国の企業）
^ “ ⇒全巻無料！名作をアプリ限定で配信中”. Yahoo!ブックストア お知らせ (2013年5月30日). 2016年7月13日閲覧。
^ “「Yahoo!ブックストア」、EPUB 3対応のブラウザビューアーを追加デバイス、OSを選ばずオープンに電子書籍を利用できる環境を実現”. Yahoo!JAPAN 広報blog. 2012年7月25日閲覧。
^ “「Yahoo!ブックストア」がHTML5ブラウザービューアー追加、EPUB3対応も”. 2012年7月25日閲覧。
^ “電子貸本Renta!とYahoo!ブックストアが提携、両サイトが自由に利用可能”. 2014年2月25日閲覧。