Y染色体ハプログループ（Yせんしょくたいハプログループ）とは、男性で遺伝するY染色体のハプログループ（＝ハプロタイプの集団）のことである。
概略

Y染色体の最新共通祖先 (Y-MRCA、非公式にはY 染色体 Adamとして知られている) は、現在生きているすべての人間が父系で子孫を残した最新共通祖先 (MRCA )である。Y染色体を持つアダムは、およそ 236,000年前にアフリカに住んでいたと推定されている。他のボトルネックを調べると、ほとんどのユーラシア人男性 (アフリカ以外の人口からの男性) は、69,000年前にアフリカに住んでいた男性 ( Haplogroup_CT ) の子孫である。他の主要なボトルネックは約5万年前と5千年前に発生し、その後、ほとんどのユーラシア人の祖先は、5万年前に生きていた4 人の祖先に遡ることができた。彼らはアフリカ人の子孫だった (E-M168）。言語学上の語族の分布と相関性が高い（父系言語仮説[1]）が、外見上の人種区分とは違うパターンが少なからずある（これは遺伝子の系統と集団の系統が異なる不完全遺伝子系統仕分けによるものである）。
一塩基多型分岐図

 A0000 A000-T                    
  
                             
          
  PR2921 A00  A0  A1a  A1b1  サン族   
           
      L1090  P305  V221  M42  M168     
      
                             
                          
       E系統                   
  
  YAP  D系統                    
    
                              
          
    A5580.2 ナイジェリア  F6251 M15 チベット       
      
                  Y34637 ジャラワ族       
   
    M174 CTS11577  Z3660  M64.1           
     
        L1366 フィリピン             
  
  P143 M89 F1329 M578 L15        
               
           Y27277       H系統        
  
      C系統       G系統 アイスマン