すでにミュータントの大半が死滅した2029年。長年の激闘で心身共に疲弊しきったローガンはもはや不死身の存在ではなく、メキシコ国境近くの廃工場で年老いたチャールズ・エグゼビアの面倒を見ながら暮らしていた。ある日、ローガンはローラという謎の少女をノースダコタまで送り届けてほしいと依頼され、やむなく廃工場にかくまうが、ローラを奪い返すために巨大企業トランシジェン研究所から放たれた男ピアースが武装集団を引き連れて廃工場に押し寄せてくるのだった[35]。
X-MEN 新シリーズ
『X-MEN:ファースト・ジェネレーション』（2011年）詳細は「X-MEN:ファースト・ジェネレーション」を参照

『X-MEN:ファースト・ジェネレーション』はマシュー・ヴォーンが監督し、2011年6月3日に公開された[36]。ジェームズ・マカヴォイが若きチャールズ・エグゼビア[37]、マイケル・ファスベンダーが後にマグニートーとなるエリック・レーンシャー (Erik Lehnsherr) を演じた[38]。これは「形成期のエグゼビアとマグニートーが学園を設立し、仲違いする」ことに焦点を当てた前日譚である[39][40]。ヴィランはケヴィン・ベーコン演じるセバスチャン・ショウ (Sebastian Shaw (comics)) が率いるヘルファイア・クラブ（英語版）であり[41]、他にジェニファー・ローレンスがミスティーク[42][43]、ジャニュアリー・ジョーンズがエマ・フロスト（英語版）を演じた[44]。2009年12月、ブライアン・シンガーが監督契約を交わしたが、2010年3月にフォックスはシンガーが監督ではなく製作に代わったことを明かした[45]。主要撮影は2010年9月にロンドンで始まった。2011年夏に公開された[46]。
『X-MEN:フューチャー&パスト』（2014年）詳細は「X-MEN:フューチャー&パスト」を参照

『X-MEN:フューチャー&パスト』（X-Men: Days of Future Past）はブライアン・シンガーが監督し[47]、『X-MEN』初期三部作と『ファースト・ジェネレーション』の両方のキャストが出演する。時代設定は『ファースト・ジェネレーション』から約10年後の1973年であり[48]クリス・クレアモント（英語版）とジョン・バーン（英語版）が1981年に執筆したストーリー「デイズ・オブ・フューチャー・パスト」を基に[49]、サイモン・キンバーグが脚本を執筆している[50]。当初マシュー・ヴォンが監督予定であったが、マーク・ミラーの『The Secret Service』を映画化するために降板した。彼はキンバーグと共に脚本、製作として残留する[51][52]。2013年4月より撮影が始まり[53]、2014年5月16日に北米で公開された[54][55]。
『X-MEN:アポカリプス』（2016年）詳細は「X-MEN:アポカリプス」を参照

2013年12月に、ブライアン・シンガーは、『X-MEN:フューチャー&パスト』の続編を『X-MEN:アポカリプス』というタイトルで発表した。ブライアン・シンガーが監督をし、サイモン・キンバーグ、ドン・ハリス、マイケル・ドハッティが脚本を執筆し、この映画はミュータントの起源に焦点を当てられると言われた。キンバーグは物語の舞台は1983年になり、『X-MEN:ファースト・ジェネレーション』から始まった三部作が完結するだろうといった。