クレモントと、作画を引き継いだジョン・バーンにより売り上げは伸び続け、80年代の終わり頃にはスーパーヒーローコミックのベストセラーとなった。クレアモントとバーン、そしてテリー・オースティンの三人は81年にチームを解消するまでに『ダークフェニックス』、「デイズ・オブ・フューチャー・パスト」という名作を世に送り出した。クレモントは82年にはX-MENの二期メンバーで一番人気のあったウルヴァリンのミニシリーズを作画のフランク・ミラーとともに描いた。作画にはベテランのデイブ・コックラム、彼の後には若手のポール・スミス、ジョン・ロミータJr、マーク・シルベストリが加わった。バラバラになっていたファースト・ファイブはボブ・レイトンとジャクソン・ガイスによる新シリーズ「X-ファクター」で再結集され、このシリーズはウォルター・サイモンスンとルイーズ・サイモンスンの夫婦が手がけ好評を得た。87年にはクレアモントがかつて創造したキャプテン・ブリテンをリーダーにした『エクスカリバー』を創刊した。X-MENは様々なシリーズと関連作品を形成し、巨大な作品群となった[10]。
1991年にはX-メン関連雑誌で「ミュータント・ジェネシス」と呼ばれる大規模な改変が行われた。再編されメンバーが一新したX-ファクターはピーター・デイビットが担当し、後にこの作品の要素はミュータントXへ引き継がれる。ロブ・ライフェルドが担当するニューミュータンツは、チーム名をXフォースと改めコマンド部隊の活躍を描いた。ニューミュータンツのメンバーが成長を遂げたため、あらたに十代の新チームを活躍させる「ジェネレーションX」が始まり、スコット・ロブデルとクリス・バチャロが担当した。さらにX-メンはブルー、ゴールドの2つのストライクフォースチームに再編成され、純粋な戦闘チームとしての色が濃くなった。ゴールドチームは引き続き『The Uncanny X-MEN』で描かれ、新たにブルーチームの活躍を描く『X-MEN』が創刊した。『X-MEN』の1号はクレアモントとジム・リーがコンビを組み、850万部というアメリカン・コミック史に残る売り上げを記録する。91年が終わる頃にクレアモントは17年という長期に渡った『X-MEN』の執筆活動に区切りをつけた。後任はファビアン・ニシーザ、スコット・ロブデル、マーク・ウェイド、スティーブン・シーグル、アンディ・キュバート、ジョー・ケリーなどが務めた。代表的な作画家はウィルス・ポータシオ、ブランドン・ピータース、アダム・キュバート、アンディ・キュバート、ジョン・ロミータJr、ジョー・マデュレイラ、クリス・バチャロ、アラン・デイビスなどの名があがる。1992年には初のアニメ化作品、『X-メン』が制作された。アニメは日本を含む様々な国で放送され、コミックも国境を越えて広がりを見せた。1995年には『エイジ・オブ・アポカリプス』が発表され、4ヶ月に渡ってX-MENの全シリーズで大々的なクロスオーバーが組まれた。90年代の終わり頃には、60年代にニール・アダムスが発表したファーストファイブの最終号以降の出来事を描く『X-MEN :ザ・ヒドゥン・イヤーズ』がジョン・バーンとトム・パーマーの手により発表された[11]。
2000年より、実写映画の『X-MEN』が公開され、以降も関連映画が定期的に公開されるようになる。クレアモントが『X-MEN』と『アンキャニィX-MEN』のライターとして復帰した。アニメ『X-MEN Evolution』が放送された。
2001年から脚本にグラント・モリソンが加わり、X-メンの関連雑誌で「X-メン・マンス」と呼ばれる大規模な改変が行われた。X-メンが「恵まれし子らの学園」の教師になり、学園の様子を原点回帰させるなど、設定や人員を整理することで脚本の質を上げ対象年齢を引き上げることに成功した。人気のないシリーズは廃刊し、既存シリーズは改題と共に内容を刷新した（『X-MEN』114号で『New X-MEN』に改題。『The Uncanny X-MEN』394号で『Uncanny X-MEN』に改題。『X-Treme X-MEN』創刊）。『Ultimate X-MEN』創刊（この世界は別次元アース1610にあたる）。
2004年に創刊された『Astonishing X-MEN』でアイズナー賞の長編シリーズ賞を受賞する。『New X-MEN』が『X-MEN』に改題。
2009年 ウルヴァリンを中心にしたテレビアニメ、『ウルヴァリン・アンド・ジ・X-メン』が放送開始。
2011年、日本のアニメ会社マッドハウスが制作したテレビアニメ、『ウルヴァリン』、『X-メン』が放送開始。 日本語版は日本で年数を置いて断片的に刊行されている。 1980年代に光文社がアメリカンコミックと日本の漫画を半分ずつ掲載した月刊誌ポップコーンにおいて、クラコアとの戦いで第二期X-MENが結成される話などが2号分収録されている。 1990年代にゲームの制作やアニメの放映により、日本語版の出版も盛んになった。小学館プロダクション（現・小学館集英社プロダクション）からジム・リーが活躍していた頃の作品を中心に全17巻の『X-MEN』が発売。続いてウルヴァリンのスピンオフである『ウェポンX』、シリーズのガイド本である『アンキャニィX-MEN』が発売された。マーヴルコミックのオムニバス雑誌『マーヴルクロス』全17巻においては様々な短編エピソードや長編シリーズが収録された。そしてクロスオーバーを集中的に収録した、『エイジ・オブ・アポカリプス』全3巻、『オンスロート』全4巻、『ゼロトレランス』全6巻が発売された。 原作コミックの出版を受け、メディアワークス（現・アスキー・メディアワークス）の電撃文庫から日本語版オリジナル展開のライトノベルが全3巻が出版された。他にも、日本人漫画家によるアニメ版などの再漫画化版が竹書房の『コミックガンマ』に連載され、後に全13巻の単行本に纏められた。これらの漫画作品は後にアメリカで英語訳されマーベル社からも『X-MEN:THE MANGA』として99年までに26巻発売された。 2000年代には新潮社よりパラレルワールド（アルティメット・マーベル・ユニバース）を舞台としたリメイク作『アルティメットX-MEN』が発売された。だが脚本家のマーク・ミラーが継続して担当した33話分、全11巻を期に発売中止となった。同時期に麻宮騎亜がアーティストとして参加した『アンキャニィX-MEN』も発売された。2000年代後半からヴィレッジブックスと小学館集英社プロダクションより『ウルヴァリン:オリジン』、『アストニッシングX-MEN』、『ハウスオブM』などが発売された。二社は2010年代に入ってからも継続してX-MENの邦訳コミックを出版しているが、X-MENの出版が最優先されていた90年代とは異なり、アベンジャーズやスパイダーマンがメインでX-MEN関連タイトルの出版頻度は低く、シリーズ出版が中断したり、通常書店に流通しない通販専売タイトルとなることも多い（X-MEN系でもウルヴァリンやデッドプール関連のタイトルはこの時期でも積極的に翻訳されている）。 2020年末に小学館集英社プロダクションがマーベル・コミックス社と日本語版の独占翻訳権契約を締結したため[12]、X-メン関連タイトルも2021年1月以降契約分は同社の発売となる。なお、それ以前にヴィレッジブックスより翻訳されたタイトルについては、各タイトルごとの翻訳契約が切れるまで引き続き販売を行うが、それ以降は書店在庫のみになるとの告知がされている[13]。
日本語版の出版状況
作品
アンキャニィX-MEN
（Vol.1）1963年?2011年。全544号。（Vol.2）2012年。全20号。（Vol.3）2013年?2015年 。全36号。（Vol.4）2015年?2017年。全19号。（Vol.5）2019年。全22号。
X-メン: レガシー
「X-Men」というタイトルで1991年に始まった第2のメインシリーズ。号数は継続したまま、何度もタイトルが変更されている。「X-Men」1991年?2001年。#1?#113まで。「New X-Men」2001年?2004年。#114?#156まで。「X-Men」2004年?2008年。
