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作品
アンキャニィX-MEN
（Vol.1）1963年?2011年。全544号。（Vol.2）2012年。全20号。（Vol.3）2013年?2015年 。全36号。（Vol.4）2015年?2017年。全19号。（Vol.5）2019年。全22号。
X-メン: レガシー
「X-Men」というタイトルで1991年に始まった第2のメインシリーズ。号数は継続したまま、何度もタイトルが変更されている。「X-Men」1991年?2001年。#1?#113まで。「New X-Men」2001年?2004年。#114?#156まで。「X-Men」2004年?2008年。#157?#207まで。「X-Men: Legacy（Vol.1）」2008年?2012年。#208?#275まで。「X-Men: Legacy（Vol.2）」2012年?2014年。#1?#25。
X-Treme X-Men（英語版）
（Vol.1）2001年?2004年。全46号。（Vol.2）2012年?2013年。全13号。（Vol.3）2022年?2023年。全5号。
X-Factor（英語版）
チームを離れた初代X-MENを描いたシリーズ。途中から彼らに保護された若手ミュータントチームに変更された。第二シリーズはハボック、第三はフォージがリーダーを務めた。（Vol.1）1986年?1998年。全149号。（Vol.2）2002年。全4号。（Vol.3）2006年?2013年。全94号。（Vol.3）2020年?2021年。全10号。
New Mutants（英語版）
消息不明になった X-MEN に代わり結成された若いミュータントチームを描く。（Vol.1）1983年?1991年。全100号。（Vol.2）2003年?2004年。全13号。「New X-Men: Academy X」へとタイトルが変更。（Vol.3）2009年?2012年。全50号。（Vol.4）2019年?2023年。全33号。
X-Force（英語版）
ケーブルが指導者となったニューミュータンツから変更されたシリーズ。第二シリーズはチームがX-Statixと改名されるまでを描いた短期シリーズ。ウルヴァリンがリーダーとなった第三シリーズは暗殺を行うなど攻撃的なチームとなり、X-MENの暗部を担った。（Vol.1）1991年?2002年。全129号。（Vol.2）2004年?2005年。全6号。（Vol.3）2008年?2010年。全28号。（Vol.4）2014年?2015年。全15号。（Vol.5）2018年?2019年。全10号。（Vol.6）2019年?
Astonishing X-Men（英語版）
（Vol.1）1995年。全4号。エイジ・オブ・アポカリプスのストーリーの為「Uncanny X-Men」から変更されたシリーズ。（Vol.2）1999年。全3号。（Vol.3）2004年?2013年。全68号。（Vol.4）2017年?2018年。全17号。
ジェネレーションX
（Vol.1）1994年?2001年。全75巻。若手ミュータントの活躍を描くシリーズ。（Vol.2）2017年?2018年。全12巻。
Excalibur（英語版）
（Vol.1）1988年?1998年。全125巻。（Vol.2）2000年?2001年。全4巻。（Vol.3）2004年?2005年。全14巻。（Vol.4）2019年?2021年。全26巻。
Marauders（英語版）
（Vol.1）2019年?2022年。全27巻。（Vol.2）2022年?2023年。全12巻。
New X-Men（英語版）
2004年?2008年。全46号。「X-メン:レガシー」とは別シリーズで、若手ミュータントの活躍を描く。
ウルヴァリン・アンド・ジ・X-メン
（Vol.1）2011年?2014年。全42号。（Vol.2）2014年。全12号。
Amazing X-Men（英語版）
（Vol.1）1995年。全4号。エイジ・オブ・アポカリプスのストーリーの為「X-Men」から変更されたシリーズ。（Vol.2）2013年?2015年。全17号。「Wolverine and the X-Men」から変更されたシリーズ。
X-Men: Red（英語版）
（Vol.1）2018年。全11号。（Vol.2）2022年?
X-Statix（英語版）
2002年?2004年。全26号。「X-Force（Vol.1）」の#116?#129までのメンバーが独立したシリーズ。芸能活動を積極的に行ったり、相次いでメンバーが死亡するなど異色な構成となった。
Ultimate X-Men（英語版）
2001年?2009年。全100号。X-メンの設定を最初から作り直した作品。アルティメット・マーベルの作品の一つ。Ultimate Comics: X-Men（英語版）へと継続。
あらすじ
1960年代

チャールズ・エグゼビアことプロフェッサーXは生まれながらにして超人的な能力を持つ新人類「ミュータント」である。彼はミュータントの子供たちのためにニューヨーク州ウェストチェスター郡のセイラムセンターに「恵まれし子らの学園」と言う私設学校を設立し、テレパシー能力を使って、5人の子供たち（マーベルガール・サイクロップス・アイスマン・ビースト・エンジェル）を集め、日々能力の正しい使い方と正義の心を説いていた。エグゼビアの指導を受け成長した子供たちはX-MENと名乗るようになる。ある日、磁力を操るミュータント・マグニートーがケープ・シタデルにある米軍のミサイル基地の略奪を企てる。事件をいち早く知ったX-MENは現場に駆けつけ、マグニートーを相手にチームワークを武器に戦い退ける。この戦いを機に、X-MENと悪との戦いが始まっていく。マグニートーはX-MENに対抗するべく悪のミュータント（マスターマインド・ブロブ・クイックシルバー・スカーレットウィッチ）を集め「ブラザーフッド・オブ・イビルミュータンツ」を結成し、X-MENと幾度と戦い続けていった。

マグニートーはナチスの強制収容所送りとなった少年時代に家族を皆殺しにされ、成人した後はミュータント能力を発現させたため迫害されていた。そうした過去から人類に強い憎悪を抱き、ミュータントが人類を統べるべきと信じるようになった。プロフェッサー・Xが人類とミュータントとの平和的共存を目指しているのに対し、マグニートーはミュータントの将来のために人類の根絶または隷属を目的としていた。マグニートーの行いは、しばしばナチスと変わらないとX-MENなどから批判されることもあったが、それでも改心することはなかった。

その後も魔石サイトラックの力を宿す巨漢ジャガーノートなどの強敵たちが次々登場する一方で、世界征服を企む悪のミュータント集団「ファクター・スリー」の一員であったバンシーは正義に目覚めX-MENに参入した。かつてはX-MENの敵だったミミックもX-MENに加わったが、横暴な性格のためX-MENを追放された。

X-MENの敵は悪のミュータントだけでなく、先天的に超能力を持つが故に浴びせられる人類からの差別や憎悪も問題となった。当初は悪のミュータントを撃退したことで英雄扱いをされていたX-MENだったが、次第に暴徒化した群集から言われも無い暴力を受けるようになった。日増しに世間からの反ミュータント感情が高まっていく中で、そうした思想に取り付かれた科学者のボリバー・トラスクは「ミュータントがいずれ人類を征服する存在になるだろう」と報道機関を通じて発表し、さらにミュータントを殲滅すべく「センチネル」と呼ばれるロボットを開発した。だがセンチネルは人間を脆弱な存在と見做し、ミュータントと同じく自らの管理下に置こうとした。過ちに気付いたトラスクはセンチネルを巻き込み自爆した。センチネルは爆散したものの、その設計図は失われていなかったため、この後もトラスクの思想を次ぐ科学者などによってセンチネルは増産と改良を続けている。

マグニートーはストレンジャーと言う超人を仲間にする。だがストレンジャーは異星人であり、拉致されたマグニートーは辺境の星に放逐されてしまう。この間、マグニートーに暴徒から助けられた過去に報いるべく協力していたクイックシルバーとスカーレットウィッチの姉弟だったがマグニートーの行動や思想を信じられなくなったためチームを離脱し、ブラザーフッドは解散となった。姉弟はこれまでの罪を清算するため「アベンジャーズ」へ参加する（後にマグニートーの実子であることが明らかになる）。脱出の機会を探っていたマグニートーは地球へと交信している電磁信号があることを探り当て、能力を駆使して自らを電磁転送し帰還をした。

X-MENは地底人グロテスクとの最後の戦いで師プロフェッサー・Xを失ってしまい、そのショックからチームを一時解散し学園を後にするが、後に再びX-MENを結成した。メスメロが持つ催眠術の能力によって洗脳されていたポラリスや、サイクロップスの弟のハボックも仲間に加わり、新型のセンチネルや恐竜人ソウロン、マグニートーなどの強敵との死闘を繰り広げた。
1970年代

プロフェッサー・Xの訃報は誤りで、死んだのは彼の影武者を買って出た変身能力を持つチェンジリングであったことが告げられる。