ストライフと名乗るミュータントがプロフェッサー・Xを狙撃。さらにアポカリプスやサマーズ親子など、彼が恨みを持つ相手を狙い復讐を遂げようとする。ストライフはケーブルと戦い敗北する（『エクスキューショナーズ・ソング』）。

その後、再び立ち上がったマグニートーは配下のアコライツやエクソダスらと共に再び人類粛清に乗り出し、自身の宇宙基地アバロンにてX-MENと対決する。マグニートーは能力によってウルヴァリンの全身からアダマンチウムを抜き取り重症を負わせる。その攻撃に怒りを露わにしたプロフェッサー・Xは、マグニートーに対し精神攻撃を行い廃人にさせた（『フェイタル・アトラクション』）。

現実改変能力を持つリージョンは過去へと遡り、今日までのミュータントの苦境を作ったマグニートーの暗殺を試みるが、マグニートーを守ろうとしたプロフェッサー・Xが身代わりとなってしまう（『リージョンクエスト』）。プロフェッサー・Xの消滅により、アポカリプスの侵攻を阻止できなかった世界は、適者生存の名の元に人類が絶滅寸前に追い込まれているエイジ・オブ・アポカリプス（黙示録の時代）へと変貌を遂げる。マグニートーは亡き友の意思を継ぎX-MENを組織し、アポカリプスと戦っていた。唯一、元の世界から漂流していたビショップはマグニートーにすべての事情を話し、世界を元に戻すべく戦う。イリアナの持つ時空移動能力によって、暗殺実行の場面まで戻ったビショップはリージョンを倒し、歴史の修復に成功する。エムクラン・クリスタルの暴走によりエイジ・オブ・アポカリプスは崩壊していくが、ビースト、シュガーマン、ホロコースト、X-MANの4名のみ、クリスタルの余波により正史世界へ転移を果たす（『エイジ・オブ・アポカリプス』）。

プロフェッサー・Xの精神は、先の戦いで損傷し彼の精神に寄生していたマグニートーの精神と交ざり合い、オンスロートと呼ばれる邪悪なミュータントが誕生する。オンスロートは現実改変能力を持つフランクリン・リチャーズ、X-MANの両名を取り込み、現実を改変させる事を目的としていた。未曾有の危機にX-MENは他のマーベルヒーロー達と共闘し立ち向かう。オンスロートの圧倒的な力の前に苦戦を続けるも、アベンジャーズ等の名だたるヒーローの犠牲により、オンスロートを打ち破る（『オンスロート』）。

進化した未来のセンチネルであるバスチオンが公的にミュータントを排除しようとする（『オペレーション・ゼロトレランス』）。

失踪したプロフェッサーXを追う（『ハント・フォア・エグゼビア』）。

ストームを狙うシャドウキングと戦う（『サイ・ウォー』）。

スクラルと手を組んだアポカリプスが12人のミュータントを拉致し現実改変を企む（『アポカリプス・トゥエルヴ』）。

地球がシャイア帝国の流刑地にされる（『マキシマム・セキュリティ』）。
2000年代

X-メンの一人エグゾーンが正体（マグニートー、後にクローンと判明）を現し、学園を強襲する（『プラネット・X』）

息子を失った悲しみから精神が錯乱し、アベンジャーズを崩壊寸前に追いやったスカーレットウィッチの処遇を巡りヒーロー達は会合を開く。姉の処刑を恐れたクイックシルバーは、姉をそそのかし、その現実改変能力によって世界をミュータントが特権階級である世界へと作り変える（『ハウス・オブ・M』）。改変前の世界の出来事を覚えていたウルヴァリンらは仲間達を集め、元凶であるスカーレットウィッチを追い詰めるが、争いによって錯乱したスカーレットウィッチは能力で全体の98%にあたるミュータントの能力を消失させてしまう「M-デイ」を引き起こす。世界は一見元通りになったかに見えたが、各地で多数のミュータントが死傷するなど、甚大な被害を出した。また善悪に関わらず、能力が失われた事で、その活動が困難になった者も続出した。

ニューウォリアーズがヴィランとの戦いで敗北し近隣の小学校が焼失。市民の犠牲を受け、ヒーローの情報を政府が登録・管理すべきとする超人登録法が成立し、ヒーロー同士が登録法の是非を巡って争うがミュータント登録法などを経験したX-MENは争いに与せず事態を静観していた（『シビル・ウォー』）。クイックシルバーによってインヒューマンズとアメリカが戦争することになる（『サイレント・ウォー』）。

消失したと思われたエイジ・オブ・アポカリプスは並行宇宙の1つに加えられ、その後も存続していた。最終局面で人類が放った核爆弾はジーン・グレイによって阻止されていた。宇宙中の生物の進化を観察し、その意にそぐわない種族を根絶させている宇宙種族セレスティアルズが地球に目を付けている事に気づいたウェポンX（ウルヴァリン）は、遺伝子的に劣等種である人類を排除しようとかつてのアポカリプスのような悪行を重ね人類と対立する（『エイジ・オブ・アポカリプス』）。

M-デイ以降初めて生まれたミュータントの子供ホープを巡る戦い（『メサイア・コンプレックス』）。

新指導者となったサイクロップスがミュータント国家を建立する（『ユートピア』）。

マジックが復活する（『Xインフェルナス』）。

テクノオーガニックウイルスによって蘇生したミュータントがユートピアへ侵攻する（『ネクローシャ』）。
2010年代

ヘルファイア・クラブのユートピアが襲撃される。サイクロップスとウルヴァリンが学園の子供たちの扱いを巡って対立し、チームを二分化させる。ウルヴァリンがジーン・グレイ高等学園を設立（『スキズム』）。

ダークフェニックスとホープを巡りアベンジャーズとX-MENが激突する（『アベンジャーズvsX-MEN』）。

この後M-デイ以降能力を失ったミュータントたちがその力を取り戻す。現在の世界に過去の10代の初代X-MENが出現する （『All-New X-Men』）
2020年代

プロフェッサーXとマグニートとモイラがクラコアでミュータント国家を建立する（『ハウス・オブ・Ｘ／パワーズ・オブ・Ｘ』）。[15]

クラコアとアラッコはアザーワールドで開催する剣闘大会に参加する（『Ｘ・オブ・ソーズ』）。[16]
メンバーさらに見る：List of X-Men members,List of X-Men enemiesおよびList of Ultimate X-Men characters（英語版ウィキペディア）

X-メンのメンバーには、かつて在籍した者や関連チームに所属する者を含めて記載する。ヒーロー、ヴィランのどちらにも在籍経験がある者は事典などに倣って、どちらかに分けることとする。
X-メン
プロフェッサーX（Professor X）
本名：チャールズ・フランシス・エグゼビア地上最強のテレパス。他人の心を読む、記憶を操作する、メンタルブラストを放つなど様々なサイオニック能力を持つ。10代で能力に目覚めるが、力を上手くコントロールできなかった。オックスフォード大学に進学した頃には能力を活用できるようになり「精神医学の魔術師」とのあだ名を持っていた。大学時代に同僚となるモイラ・マグダガードと恋に落ちるが、エグゼビアのアメリカ軍入隊（従軍は作品によって朝鮮戦争、またはベトナム戦争と異なる）により別れる。除隊後は世界を巡る旅に出た。ホロコースト生存者のために精神的な治療を施す診療所で医者として働いていた時に、エリック（マグニートー）と出会い、ミュータントの未来を語りあう親友となる。だが、ヒドラ幹部のバロン・フォン・ストラッカーとの戦いで力を無慈悲に行使するエリックの姿を見て、相容れないことを実感し袂を分かつ。また、看護婦のガブリエル・ハラーと付き合い息子（リージョン）を妊娠させるが、当時のエグゼビアはこの事を知らず後になって告げられる。エリックと別れた後、凶悪な宇宙人ルシファーを撃退するが、その攻撃により脊髄を損傷したため車椅子を用いるようになった。悪意を持つミュータントがいることやミュータントに対する偏見が日増しに拡がっていくことから、人類とミュータントの平和的共存を願い、莫大な遺産（30億ドル超の遺産を核兵器研究者の父親から受け継いだ）を元手にニューヨーク州セイラムセンター郊外にミュータントのための学園、「恵まれし子らの学園」を設立した。エグゼビアはセレブロを開発して各地に点在する子供のミュータントを保護し、力の正しい使い方を説いた。また戦いの際にはテレパシー能力を利用して生徒達（X-メン）に指示を出し、チームの司令塔として活躍した。表向きにはミュータントであることを公表せず、ミュータント学の権威としてその地位向上に尽くした。X-メンがクラコアとの戦いで危機に陥った際には、二期メンバーを自ら集めその救出にあたらせた。星間帝国シャイアを統べる邪悪な皇帝ディケンの打倒に協力したことが縁となり、新たに女帝となったリランドラと恋仲となる。マグニートー裁判の折り暴徒のせいで重傷を負い、治療のためにシャイアへ行き一時チームを脱退する。