チャールズ・エグゼビアことプロフェッサーXは生まれながらにして超人的な能力を持つ新人類「ミュータント」である。彼はミュータントの子供たちのためにニューヨーク州ウェストチェスター郡のセイラムセンターに「恵まれし子らの学園」と言う私設学校を設立し、テレパシー能力を使って、5人の子供たち（マーベルガール・サイクロップス・アイスマン・ビースト・エンジェル）を集め、日々能力の正しい使い方と正義の心を説いていた。エグゼビアの指導を受け成長した子供たちはX-MENと名乗るようになる。ある日、磁力を操るミュータント・マグニートーがケープ・シタデルにある米軍のミサイル基地の略奪を企てる。事件をいち早く知ったX-MENは現場に駆けつけ、マグニートーを相手にチームワークを武器に戦い退ける。この戦いを機に、X-MENと悪との戦いが始まっていく。マグニートーはX-MENに対抗するべく悪のミュータント（マスターマインド・ブロブ・クイックシルバー・スカーレットウィッチ）を集め「ブラザーフッド・オブ・イビルミュータンツ」を結成し、X-MENと幾度と戦い続けていった。
マグニートーはナチスの強制収容所送りとなった少年時代に家族を皆殺しにされ、成人した後はミュータント能力を発現させたため迫害されていた。そうした過去から人類に強い憎悪を抱き、ミュータントが人類を統べるべきと信じるようになった。プロフェッサー・Xが人類とミュータントとの平和的共存を目指しているのに対し、マグニートーはミュータントの将来のために人類の根絶または隷属を目的としていた。マグニートーの行いは、しばしばナチスと変わらないとX-MENなどから批判されることもあったが、それでも改心することはなかった。
その後も魔石サイトラックの力を宿す巨漢ジャガーノートなどの強敵たちが次々登場する一方で、世界征服を企む悪のミュータント集団「ファクター・スリー」の一員であったバンシーは正義に目覚めX-MENに参入した。かつてはX-MENの敵だったミミックもX-MENに加わったが、横暴な性格のためX-MENを追放された。
X-MENの敵は悪のミュータントだけでなく、先天的に超能力を持つが故に浴びせられる人類からの差別や憎悪も問題となった。当初は悪のミュータントを撃退したことで英雄扱いをされていたX-MENだったが、次第に暴徒化した群集から言われも無い暴力を受けるようになった。日増しに世間からの反ミュータント感情が高まっていく中で、そうした思想に取り付かれた科学者のボリバー・トラスクは「ミュータントがいずれ人類を征服する存在になるだろう」と報道機関を通じて発表し、さらにミュータントを殲滅すべく「センチネル」と呼ばれるロボットを開発した。だがセンチネルは人間を脆弱な存在と見做し、ミュータントと同じく自らの管理下に置こうとした。過ちに気付いたトラスクはセンチネルを巻き込み自爆した。センチネルは爆散したものの、その設計図は失われていなかったため、この後もトラスクの思想を次ぐ科学者などによってセンチネルは増産と改良を続けている。
マグニートーはストレンジャーと言う超人を仲間にする。だがストレンジャーは異星人であり、拉致されたマグニートーは辺境の星に放逐されてしまう。この間、マグニートーに暴徒から助けられた過去に報いるべく協力していたクイックシルバーとスカーレットウィッチの姉弟だったがマグニートーの行動や思想を信じられなくなったためチームを離脱し、ブラザーフッドは解散となった。姉弟はこれまでの罪を清算するため「アベンジャーズ」へ参加する（後にマグニートーの実子であることが明らかになる）。脱出の機会を探っていたマグニートーは地球へと交信している電磁信号があることを探り当て、能力を駆使して自らを電磁転送し帰還をした。
X-MENは地底人グロテスクとの最後の戦いで師プロフェッサー・Xを失ってしまい、そのショックからチームを一時解散し学園を後にするが、後に再びX-MENを結成した。メスメロが持つ催眠術の能力によって洗脳されていたポラリスや、サイクロップスの弟のハボックも仲間に加わり、新型のセンチネルや恐竜人ソウロン、マグニートーなどの強敵との死闘を繰り広げた。 プロフェッサー・Xの訃報は誤りで、死んだのは彼の影武者を買って出た変身能力を持つチェンジリングであったことが告げられる。異星人ジノックスの侵略を知ったプロフェッサー・Xは、思念波を高めるべくXマンションの地下に秘密裏に製造した特殊な部屋ジノックス・サイチェンバーに身を潜めていた。ジノックスの退治に成功したプロフェッサー・Xは全てを打ち明け、再びX-MENに合流した。 X-MENは生きている島のミュータント・クラコアとの戦いに敗れ、捕らわれの身となってしまう。唯一逃げ延びたサイクロップスから、窮地を聞かされたプロフェッサー・Xは世界の援軍をかき集めた。この時に集まった、バンシー、サンファイア、サンダーバード、ウルヴァリン、ナイトクロウラー、ストーム、コロッサスら7人の協力により、クラコアは宇宙に放逐される。彼らは新たなX-MENとなった。この後、サイクロップスを除くX-MENは学園を去った。しかし、一匹狼が性分のサンファイアはチームに馴染めなかったためすぐに離脱、イタリアの犯罪王ネファリア伯爵との戦いでサンダーバードが死亡するなど困難が続いた。荒くれ者のウルヴァリンと真面目なサイクロップスは折り合いが付かず喧嘩が絶えなかった。 マグニートーは自らの遺伝子工学の知識を駆使して人造ミュータント・アルファを作りだす。だが究極パワーを持つアルファは主人に逆らい、マグニートーを赤ん坊へと退行させてしまう。マグニートーを保護したプロフェッサー・Xは、彼をミューア島に研究所を構えるモイラ・マグダガート博士に預ける。ミュータント学の権威であるモイラは、プロフェッサー・Xとは友人でありX-MENの良き協力者であった。後にマグニートーは地球圏の混乱を望むシャイア帝国の科学者ダバン・シャカリによって、若々しい成人の姿となって復活を果たす。 宇宙でのセンチネルとの戦いを終え帰還する際、X-MENは膨大な量の放射線に遭遇する。スペースシャトルを操縦していたマーベルガールは、仲間達を放射線を完全に遮断できる防護部屋に閉じ込めるが、自らは致死量の放射線を浴びてしまい墜落してしまう。間もなくパワーを増幅させて復活したマーベルガールは自らをフェニックスと名乗るようになり、別人のような性格になっていた。 その頃、宇宙の列強国シャイア帝国では、国王ディケンがエムクランと呼ばれる超神秘的なクリスタルの力を悪用して宇宙を征服しようとしていた。ディケンの妹である王女のリランドラは、プロフェッサー・Xに応援を頼み一行はシャイア帝国へ向かう。ディケンはエムクランを制御できると考えていたが、戦いの中でその力は暴走し、銀河中を飲み込もうとする。だが、フェニックスがエムクランの力を飲み込むかの如く凄まじい力を使って見事に制御し宇宙を破滅から救った。プロフェッサー・Xは新たな女王となったリランドラと恋人になり、シャイアに残った。シャイアによって齎された先進的な工学技術によって、X-MENの施設や乗り物は大幅に増強された。 南極のある人工的に造られたジャングル「サベッジランド」の活火山の麓に新たな基地を構えたマグニートーは、未開の原住民スワンプ・メンに遺伝子操作を施し後天的なミュータント「ミューテイツ」へと変え手駒にした。X-MENはマグニートーと戦い彼を追い詰めるが、基地の保護機能が損傷し、火山の噴火と共に溶岩流に飲まれ行方不明となる。生き残ったフェニックスはX-MENが死んだものと思い、プロフェッサー・Xに報告する。フェニックスは傷心のなか世界中を旅して回った。 生きていたX-MENはサベッジランド、日本、カナダを経てアメリカへと戻りフェニックスと合流した。日本ではウルヴァリンが日本有数のヤクザ・ヤシダ組の親分の一人娘であるヤシダマリコと恋に落ちた。周囲の反対を押し切り結婚しようとするが、マスターマインドがマリコを洗脳し強引に婚約を破談させた。洗脳が解けた後もマリコとウルヴァリンは良き友人であり続けたが、後にマリコはヤシダ組の敵対組織である悪の忍者集団「ザ・ハンド」の手によりフグ毒を盛られて死亡する。カナダでは政府の極秘機関デパートメントHの傘下にあるミュータント・ヒーローチーム「アルファフライト」と戦ったが、後に和解した。
1970年代
1980年代