2000年より、実写映画の『X-MEN』が公開され、以降も関連映画が定期的に公開されるようになる。クレアモントが『X-MEN』と『アンキャニィX-MEN』のライターとして復帰した。アニメ『X-MEN Evolution』が放送された。
2001年から脚本にグラント・モリソンが加わり、X-メンの関連雑誌で「X-メン・マンス」と呼ばれる大規模な改変が行われた。X-メンが「恵まれし子らの学園」の教師になり、学園の様子を原点回帰させるなど、設定や人員を整理することで脚本の質を上げ対象年齢を引き上げることに成功した。人気のないシリーズは廃刊し、既存シリーズは改題と共に内容を刷新した（『X-MEN』114号で『New X-MEN』に改題。『The Uncanny X-MEN』394号で『Uncanny X-MEN』に改題。『X-Treme X-MEN』創刊）。『Ultimate X-MEN』創刊（この世界は別次元アース1610にあたる）。
2004年に創刊された『Astonishing X-MEN』でアイズナー賞の長編シリーズ賞を受賞する。『New X-MEN』が『X-MEN』に改題。
2009年 ウルヴァリンを中心にしたテレビアニメ、『ウルヴァリン・アンド・ジ・X-メン』が放送開始。
2011年、日本のアニメ会社マッドハウスが制作したテレビアニメ、『ウルヴァリン』、『X-メン』が放送開始。 日本語版は日本で年数を置いて断片的に刊行されている。 1980年代に光文社がアメリカンコミックと日本の漫画を半分ずつ掲載した月刊誌ポップコーンにおいて、クラコアとの戦いで第二期X-MENが結成される話などが2号分収録されている。 1990年代にゲームの制作やアニメの放映により、日本語版の出版も盛んになった。小学館プロダクション（現・小学館集英社プロダクション）からジム・リーが活躍していた頃の作品を中心に全17巻の『X-MEN』が発売。続いてウルヴァリンのスピンオフである『ウェポンX』、シリーズのガイド本である『アンキャニィX-MEN』が発売された。マーヴルコミックのオムニバス雑誌『マーヴルクロス』全17巻においては様々な短編エピソードや長編シリーズが収録された。そしてクロスオーバーを集中的に収録した、『エイジ・オブ・アポカリプス』全3巻、『オンスロート』全4巻、『ゼロトレランス』全6巻が発売された。 原作コミックの出版を受け、メディアワークス（現・アスキー・メディアワークス）の電撃文庫から日本語版オリジナル展開のライトノベルが全3巻が出版された。他にも、日本人漫画家によるアニメ版などの再漫画化版が竹書房の『コミックガンマ』に連載され、後に全13巻の単行本に纏められた。これらの漫画作品は後にアメリカで英語訳されマーベル社からも『X-MEN:THE MANGA』として99年までに26巻発売された。 2000年代には新潮社よりパラレルワールド（アルティメット・マーベル・ユニバース）を舞台としたリメイク作『アルティメットX-MEN』が発売された。だが脚本家のマーク・ミラーが継続して担当した33話分、全11巻を期に発売中止となった。同時期に麻宮騎亜がアーティストとして参加した『アンキャニィX-MEN』も発売された。2000年代後半からヴィレッジブックスと小学館集英社プロダクションより『ウルヴァリン:オリジン』、『アストニッシングX-MEN』、『ハウスオブM』などが発売された。二社は2010年代に入ってからも継続してX-MENの邦訳コミックを出版しているが、X-MENの出版が最優先されていた90年代とは異なり、アベンジャーズやスパイダーマンがメインでX-MEN関連タイトルの出版頻度は低く、シリーズ出版が中断したり、通常書店に流通しない通販専売タイトルとなることも多い（X-MEN系でもウルヴァリンやデッドプール関連のタイトルはこの時期でも積極的に翻訳されている）。 2020年末に小学館集英社プロダクションがマーベル・コミックス社と日本語版の独占翻訳権契約を締結したため[12]、X-メン関連タイトルも2021年1月以降契約分は同社の発売となる。なお、それ以前にヴィレッジブックスより翻訳されたタイトルについては、各タイトルごとの翻訳契約が切れるまで引き続き販売を行うが、それ以降は書店在庫のみになるとの告知がされている[13]。
日本語版の出版状況
作品
アンキャニィX-MEN
（Vol.1）1963年?2011年。全544号。（Vol.2）2012年。全20号。（Vol.3）2013年?2015年 。全36号。（Vol.4）2015年?2017年。全19号。（Vol.5）2019年。全22号。
X-メン: レガシー
「X-Men」というタイトルで1991年に始まった第2のメインシリーズ。号数は継続したまま、何度もタイトルが変更されている。「X-Men」1991年?2001年。#1?#113まで。「New X-Men」2001年?2004年。#114?#156まで。「X-Men」2004年?2008年。#157?#207まで。「X-Men: Legacy（Vol.1）」2008年?2012年。#208?#275まで。「X-Men: Legacy（Vol.2）」2012年?2014年。#1?#25。
X-Treme X-Men（英語版）
（Vol.1）2001年?2004年。全46号。（Vol.2）2012年?2013年。全13号。（Vol.3）2022年?2023年。全5号。
X-Factor（英語版）
チームを離れた初代X-MENを描いたシリーズ。途中から彼らに保護された若手ミュータントチームに変更された。第二シリーズはハボック、第三はフォージがリーダーを務めた。（Vol.1）1986年?1998年。全149号。（Vol.2）2002年。全4号。（Vol.3）2006年?2013年。全94号。（Vol.3）2020年?2021年。全10号。
New Mutants（英語版）
消息不明になった X-MEN に代わり結成された若いミュータントチームを描く。（Vol.1）1983年?1991年。全100号。（Vol.2）2003年?2004年。全13号。「New X-Men: Academy X」へとタイトルが変更。（Vol.3）2009年?2012年。全50号。（Vol.4）2019年?2023年。全33号。
X-Force（英語版）
ケーブルが指導者となったニューミュータンツから変更されたシリーズ。第二シリーズはチームがX-Statixと改名されるまでを描いた短期シリーズ。ウルヴァリンがリーダーとなった第三シリーズは暗殺を行うなど攻撃的なチームとなり、X-MENの暗部を担った。（Vol.1）1991年?2002年。全129号。（Vol.2）2004年?2005年。全6号。（Vol.3）2008年?2010年。全28号。（Vol.4）2014年?2015年。全15号。（Vol.5）2018年?2019年。全10号。（Vol.6）2019年?
Astonishing X-Men（英語版）
（Vol.1）1995年。全4号。エイジ・オブ・アポカリプスのストーリーの為「Uncanny X-Men」から変更されたシリーズ。（Vol.2）1999年。全3号。（Vol.3）2004年?2013年。全68号。（Vol.4）2017年?2018年。全17号。
ジェネレーションX
（Vol.1）1994年?2001年。
