複数の個人らがUSBフラッシュドライブの発明者となる権利を主張した。1999年4月5日に、イスラエルの会社エム・システムズ （英語: M-Systems）（1989 - ）のアミール・バン （英語: Amir Ban）、ドブ・モラン （英語: Dov Moran）、オロン・オグダン（英語: Oron Ogdan）はArchitecture for a Universal Serial Bus-Based PC Flash Diskと題する応用技術を特許出願した。[7][8][9]その特許は引き続き2000年11月14日に登録されそしてこれらの個人らはしばしばUSBフラッシュドライブの発明者として認知されてきた。同じく1999年、IBMの技術者シモン・シュムエリ（英語: Shimon Shumueli）はUSBフラッシュドライブを彼が発明したと主張する発明の提示を行った。[8]トレック2000インターナショナル （英語: Trek 2000 International）と称するシンガポールの会社はUSBフラッシュドライブを売ったとして知られる最初の会社である、そしてそれがその装置のオリジナルの発明であることも管理した。[10]日本では2000年6月にこの会社のThumb Driveと称するUSBメモリが日本で初めてのUSBメモリとして発売される。容量は16MB、32MB、64MB。当時普及していたOSはWindows 98がメインであるが、マスストレージドライバを標準実装しておらず、ドライバを別途インストールする必要があったため、出先でのデータ交換（フロッピーディスクの代替）には向かなかった[11]。最後にマレーシアの技術者プア・ケンセン （英語: Pua Khein-Seng）もその装置の考えられる数名の発明者の内の一人として認知されてきた。[12]

上記の特許権についての主張のこれらの争いがあるとすれば、数年にわたるUSBフラッシュドライブを巻き込んだ論争をする発明が起きた。トレック2000インターナショナルとネタック・テクノロジー （英語: Netac Technology）はともにUSBフラッシュドライブに関する彼らの特許の侵害をしたその他の者を告発した。[13][14][15]しかしながら、これらの民事訴訟にも関わらず、誰が始めにUSBフラッシュドライブを発明したかという問いは最終的には確立しておらずまた複数の主張が存在する。
技術
ファイルシステム詳細は「フラッシュファイルシステム」を参照

多くのフラッシュドライブシップは予めFAT32、またはexFATファイルシステムにフォーマットされる。FAT32ファイルシステムの偏在性はそのドライブがUSB支援によっていかなるホスト装置からも仮想的にアクセスできることを許す。それに、標準FAT管理ユーティリティ（英語版）（例えば、スキャンディスク）も壊れたデータ（英語版）を補修または再使用するのに用いることができる。しかしながら、ホストシステムに対してUSBで繋がったハードディスクドライブとしてフラッシュドライブは現れるので、そのドライブはホストオペレーティングシステムによって支持されるどのようなファイルシステムにも再フォーマットできる。
無断片化

フラッシュドライブは無断片化できる。無断片化は（断片から断片へと移動する機械的読み取りヘッドが無い為）少しの利益しかもたらさず、なおかつ無断片化は不必要な書き込みをさせることでドライブの寿命を短くするという主張が広がっている。[16]しかしながら、幾つかの文献は[17]或るフラッシュドライブの無断片化は性能を向上させ、そしてフラッシュドライブでのその追加のソフトウェアは著しくならないだろうことを主張する。
配置均等化

幾つかのファイルシステムは、単純なフラッシュメモリ装置の寿命を延ばす様に、任意の部分における利用空間（例えば、或るディレクトリ）を集中させることなく、与えられた記憶装置における利用空間を分散するよう設計されている。幾つかのUSBフラッシュ装置は装置の寿命を延ばす為そのソフトウェア制御装置のなかに組み込まれたこの'ウェアレベリング'仕様となっている、しかし他方ではそうではない、従って、それはこれらのファイルシステムの一つを導入するのに必ずしも役立つ訳ではない。[18]
ハードディスクドライブ

セクターは、512長であって、ハードディスクドライブと互換性があり、最初のセクターはマスターブートレコードとパーティションテーブルを含められる。従って、USBフラッシュ記憶部品は丁度ハードディスクのように区画割りできる。
寿命

フラッシュドライブの記憶装置は、概ね3,000-5,000のプログラム消去回数に対して適するところの、多値記憶素子(MLC)を基本とする記憶装置によって大抵組み立てられている。[19]現今は、単値記憶素子(SLC)を基本とする記憶装置をもつ最高級フラッシュドライブのそれはおおよそ30,000回の書き込みに適する一方で、物理セクタ当たり500の書き込み回数に及ぶものである三値記憶素子(TLC)もしばしば使われる。