幾つかのファイルシステムは、単純なフラッシュメモリ装置の寿命を延ばす様に、任意の部分における利用空間（例えば、或るディレクトリ）を集中させることなく、与えられた記憶装置における利用空間を分散するよう設計されている。幾つかのUSBフラッシュ装置は装置の寿命を延ばす為そのソフトウェア制御装置のなかに組み込まれたこの'ウェアレベリング'仕様となっている、しかし他方ではそうではない、従って、それはこれらのファイルシステムの一つを導入するのに必ずしも役立つ訳ではない。[18]
ハードディスクドライブ

セクターは、512長であって、ハードディスクドライブと互換性があり、最初のセクターはマスターブートレコードとパーティションテーブルを含められる。従って、USBフラッシュ記憶部品は丁度ハードディスクのように区画割りできる。
寿命

フラッシュドライブの記憶装置は、概ね3,000-5,000のプログラム消去回数に対して適するところの、多値記憶素子(MLC)を基本とする記憶装置によって大抵組み立てられている。[19]現今は、単値記憶素子(SLC)を基本とする記憶装置をもつ最高級フラッシュドライブのそれはおおよそ30,000回の書き込みに適する一方で、物理セクタ当たり500の書き込み回数に及ぶものである三値記憶素子(TLC)もしばしば使われる。[20]そのようなフラッシュメモリからの読み出し回数の限界は事実上無いので、個々のセルの確実な寿命を確保する様に、或る十分痛んだUSBドライブは書き込み保護されるかもしれない。

SLC／MLC／TLCの記憶装置の形式、フラッシュメモリチップの規模、そして実際の使用様式に依存するところの、フラッシュメモリの耐久性の評価は難しい問題である。結論として、或るUSBフラッシュドライブは数日から数百年にかけて長持ちし得る。[21]

記憶装置自体の耐久性に関わらず、USBコネクタ（端子）のハードウェアはたったおおよそ1,500回の着脱回数に耐えられるようにしか仕上げられていない。[22]
紛らわしい製品

紛らわしいUSBフラッシュドライブはそれらの有する実際よりも大容量を有する触れ込みをもってしばしば売られる。これらは大抵小容量のUSBドライブである。それのフラッシュメモリー制御組み込みソフトウェアは改造されているのでそれらは大きな容量のドライブを模擬する（例えば、或る2GBドライブは或る64GBドライブとして売買されるようになる）。コンピューターに差し込んだ時に、それらは売られた通りにそれら自体が大きな容量の物になるよう応答する、しかしそれらにデータが記録された時、もしくは書き込みに失敗した時、そのドライブは停止する、もしくは既存のデータに上書きされる。偽造USBドライブを検査並びに検知するソフトウェアツールが在る、[23][24]そして幾つかの場合においてその偽の容量の情報を取り除きそれらの装置を補修できてそれの実際の記憶容量で使える。[25]

このあたりの事情は、同じくフラッシュメモリ製品であるSDカードについても同様である[26]。
対応環境

USB Mass Storage Classが実装された OS は多く普及し、インストール台数ベースでは対応したOSが多くなった。情報家電やゲーム機などでもサポートしている。また、多くのOSや機器ではFATファイルシステムをサポートしており、異なるOSや機種の間でデータの交換が可能である。USB 2.0環境の普及、近年のフラッシュメモリの大容量化、低価格化に伴い、データを持ち運ぶ補助記憶装置として、従来の小容量なフロッピーディスクを代替する形で広く普及した。
Windowsシリーズ
Windows MeやWindows 2000以降で標準で対応する。Windows 98の場合、単体では対応しないが、USBメモリを製造するメーカーが提供する専用のドライバをインストールすることで使用可能な場合もある。なお、Windows 95ではUSBを扱えるOSR2以降のバージョンであっても、Windows 98と違い、専用ドライバが用意されることはまずなかった。USBをサポートしない初期バージョンを含むWindows 95や、Windows NT、もしくはUSBインターフェースを持たないPDAなどの環境においてUSBメモリにアクセスするには、ネットワーク共有を介す方法や、かつて挑戦者から発売されていたUSBマスストレージデバイスをコンパクトフラッシュとして変換するアダプタ[27]を使ってPCカードATAデバイスとして認識させる方法があった。またアイ・オー・データ機器では一部の同社製USBインターフェースについて特殊なSCSIドライバを用意していた時期があり、Windows 95やNT4.0からでも一部のUSBマスストレージ機器（ただし同社製のみ）を扱えるようにしていた[28]。
Mac
Mac OS 8.6でアップルが提供しているUSB Mass Storage Support 1.3.5 をインストールすることで利用可能となり、Mac OS 9以降で標準で利用可能である。
iPad
iPadOSのインストールにより、標準搭載の「ファイル」Appやその他のアプリで利用可能となる。これ以前にもiPhone/iPad向けのUSBメモリは存在したが、専用のアプリ及びUSBメモリが必要だった。なおUSB-Cを搭載するiPad ProはUSB-C搭載USBメモリもしくは一般的なUSB-C to USB-Aの変換アダプター、それ以外のiPadではLightning搭載USBメモリ、もしくは専用のアダプター(Lightning - USB 3カメラアダプタ等)が必要となる。
UNIXやLinux
ある時期よりも新しい版のUNIX系OS（例：FreeBSD、Solarisほか）やLinuxバージョン2.4以降[29]でも対応し、USBメモリをブロックデバイスとして用いることができる。FATファイルシステムやNTFSファイルシステムをマウントできる他、UNIXやLinuxのファイルシステム（例：UFSやext2ほか）を構築して記憶領域として使用できる。尚、NTFSファイルシステムについては、条件によっては読み出しのみに限定されることがある。
情報家電・ゲーム機
USB端子を備えたミニコンポやAVアンプなどの音響機器、カーオーディオやカーナビゲーションシステム、DVDプレイヤーやデジタルフォトフレーム等でもUSBメモリ内のファイルを再生可能なものがある。