作品に毎回必ず登場する3人。
伊達 京介（だて きょうすけ）
声 - 斎賀みつき本作の主人公。寄宿学校に通う17歳の少年。普通の日常を送っていたが、母の死を契機に「ソウルテイカー」と呼ばれる超人的存在に変身する能力が覚醒する。外見は穏やかに見えるがとても一本気で実直な性格。約束事は絶対に守り、自分が納得の行かない事は徹底的に追求する。それでいて素直で優しく申し分ない人柄。そして作中で誰よりも雰囲気が変わりやすい登場人物でもあり、覚醒前の物静かな少年としての姿、覚醒後の放浪者としての姿、エイリアンとしての自分に囚われかけた姿、そしてソウルテイカーとしての姿を見せる。胸に母親の水脈に刺された傷跡があり、ソウルテイカー変身時にもこの傷は残っている。琉奈の双子の兄で、彼女自身とその分身であるフリッカーと共鳴する力を所持している。初めて出会ったフリッカーであり、自分を助けてくれた真夜にほのかに想いを寄せている。ソウルテイカー時の姿は悪魔をイメージして描かれている。シャープで、紺色か紫に近い青色で塗られている事が多い。翼で空を飛ぶ事ができる。空間を歪曲させ敵を空中に磔にする「ソニッククロス」で動きを止め、魂の煌めきを拳から放つ「ライトニングブレイカー」で粉砕する。後者を単独で使う事も多い。小説版では設定が変更されており、母である椿と共に吉祥寺に暮らし、年上の看護婦である真夜に恋をする、ごく平凡な剣道部の高校生である。しかしシローの接触、ホスピタルの襲撃、母の死をきっかけに覚醒。攫われた真夜を助け出すための戦いの中で妹の存在やフリッカーなどの真実を知っていくが、それ故に自分を殺しに現れた父リチャードを手に掛けたショックで一時は廃人状態に陥る。シローと小麦の看護によって正気を取り戻したのちは、フリッカーたちを守り、真の悪魔である琉奈を殺害するためキリハラに戦いを挑む。
壬生 シロー（みぶ シロー） / 桐原 シロー（きりはら シロー）
声 - 小野坂昌也母の墓場でホスピタルの刺客・ドクトル凶也に襲われた京介を助けた、京介・小麦と行動を共にするスカーフェイスの青年。25歳。戦闘ではナイフ、金属バット、機関銃、時限爆弾などの多種多様な方法で戦う。ハッキングの技術もそれなりにあるらしく、桐原のコンピュータに侵入するといった活躍を見せる。桐原グループと関係しているために京介や琉奈の秘密をある程度把握しており、ホスピタルとも接触を持っている。外見や口調はキザで渋いハードボイルド。だが性格はかなりの熱血漢で義理人情に堅く、京介など他の登場人物に説教のようなことを言うこともしばしばある。夕映の実弟で、本名は「桐原 シロー」。「壬生」は母方の姓。京介とのやりとりはあまり噛み合わず、煙に巻くことが多い。小麦には邪険な態度を取るが会話は妙にはまっている。茎のしっかりした雑草のような葉をよく口に咥えている。まれにその葉が煙草にすがたを変えたり、煙草が葉になったりする。フリッカーである恋人の「サキ」を夕映に殺害されたことにより、夕映に強い復讐心を持っており、そのためだけに行動しているといっても過言ではない。
中原 小麦（なかはら こむぎ）
声 - 桃井はるこ「世界の治療」を掲げる謎の集団「ホスピタル」のミュータント。看護師（看護婦）。16歳。能天気で素直な明るい性格の少女。外見は小柄で愛らしい容姿をしている。髪型はツーサイドアップで、下ろした後ろ髪を三つ編みの一本結びにしている。フリッカー・岬真夜略奪のために動いていたドクトル凶也と共に行動し、フリッカーと共鳴することのできる京介の周囲を諜報していた。凶也の死後は単独で京介を監視していたが、桐原の武装霊柩車に轢かれそうになったところを身を挺（てい）して助けた京介に惚れ、ホスピタルを裏切り京介と行動を共にすることになる。本人によると、女性が結婚を理由に退職する、いわゆる寿退職（ことぶきたいしょく）のつもり。この事についてはホスピタル側も放任している。身寄りの無かった自分を見守ってくれたリチャードを父のように慕っており、彼と京介との対決に心を痛めた。三つ編みを鎖に変える能力を持ち、その先端についた巨大な注射器を武器として用いる。また、その鎖でメスを誘導して投射する。その他、高い身体能力に加えて、虹彩の輝きで相手を催眠術にかけて軽い記憶の操作を施したり、物質を復元して傷を回復する能力も持つ。趣味はコスプレで、作中には様々な衣装で登場する。マスコット兼オアシス的な存在で、作品のシリアスな雰囲気になじまない強烈な個性を持つ。シローの事を「ちゃん」付けで呼んでいる。その一方、京介への恋心は一途で、また他人を思いやる場面も多く、意外と思慮深い一面もある。小説版ではホスピタルにいた頃から横領に手を染めており、その膨大な資産が京介、シロー、小麦ら三人の活動資金となっている。後に「こむぎ大作戦」として自ら主人公となるスピンオフ企画を立ち上げ、その中からアイドルと魔法少女を掛け合わせたパラレルものとして『ナースウィッチ小麦ちゃんマジカルて』がOVAシリーズなどメディアミックスという形で展開された。こちらでは性格はもっと陽気かつエキセントリックになっている。ミュータント変身姿は最後まで見せることは無かったが、『ソウルテイカー ?魂狩?コンプリートバイブル』には終盤でウサギのコスプレをした際のウサ耳や尻尾が自前の物であるという記述から、変身後の姿はうさぎのような姿をしているのではないかという説が後の『ナースウィッチ?』に表れている。
フリッカー

命の危機を感じた琉奈がミュータントの力で作り出した身代わり。性別だけは琉奈と共有しているが年齢・容姿・性格などさまざまな点で違いが見られる。まれに琉奈の記憶の一部を残している者も何人かいる。
岬 真夜（みさき まや）
声 - 大谷育江誤って埋葬されてしまった京介を墓の中から掘りだし、助けだした。どこか懐かしさのある女性看護師。京介が最初に出会ったフリッカー。年齢は京介よりも上。長い髪に上品な大人の女性の雰囲気を感じさせる。