その後もコンスタントにアルバムを発表。サンプリングを激しく活用し商業的失敗に終わったが評価の高い1989年の『ポールズ・ブティック』、再び楽器を手にし原点回帰したような1992年の『チェック・ユア・ヘッド』、ヒップホップとギターサウンドを融合させ、再びビルボード・チャート1位に輝いた1994年の『イル・コミュニケーション』（「サボタージュ」収録）などで人気を高め、1998年にはよりストレートなヒップホップを展開した『ハロー・ナスティ』がグラミー賞を受賞するなど、世界的な地位を確かなものとした。
2004年に『トゥ・ザ・5ボローズ』をリリースしており、ライブやシングル発行などの活動はこの間も絶えず行っているものの、アルバムリリースのペースは次第に遅くなっている。政治的な活動も行っており、1990年代半ばにチベット独立の支持を明らかにし、1996年には多くのアーティストを集めた大規模な「Tibetan Freedom Concert（英語版）」を行いサンフランシスコに10万人を集め、以後も継続的に開催しチベット支援を続けている。また、911テロの被害者支援コンサート、イラク戦争に対するプロテストソングのリリースなど、2000年代に入り政治的主張の機会も増えている。
2006年に、彼らのライブを50人のファンが撮影したドキュメンタリー映画「ビースティ・ボーイズ 撮られっぱなし天国」が公開された。
2012年5月4日、MCAが癌で亡くなる。47歳没。これを受けて今後ビースティ・ボーイズとしてのライヴを行う予定がないことを残りのメンバーが明言した[11]。 1992年にはデフ・ジャムを離れ、キャピトル・レコードの支援で自身のレコード会社「グランドロイヤル (Grand Royal) 」を発足させ、同レーベルにはルシャス・ジャクソンをはじめアタリ・ティーンエイジ・ライオット、ショーン・レノン、ベン・リー、チボ・マット、バッファロー・ドーターなど多くの新進アーティストが契約し話題を呼んだ。 翌1993年にレコードのリリース事業を始めたほか、雑誌「Grand Royal Magazine」を発行し、1970年代の映画やテレビドラマ、大衆文化が好きな彼らの趣味に走った編集方針でアメリカのユース・カルチャーに影響を与えた。創刊号のブルース・リーの特集や史上最高のバスケットボール選手カリーム・アブドゥル＝ジャバーのインタビュー、「世界最悪の髪型」マレット特集など反響を呼ぶ記事を多く掲載した。 以後もブラン・ヴァン3000など優れたアーティストとの契約を進めたものの、経営難で2001年には閉鎖し、彼ら自身はキャピトル・レコードに移籍した。
グランドロイヤル
メンバーマイクDアドロックMCA
Mike D（マイクD）
本名：Michel Diamond（マイケル・ダイヤモンド）MC、ドラム担当。母は有名なアートディーラーで、ニューヨークの裕福な家庭で育つ。
King Ad-rock（キング・アドロック）
本名：Adam Horovitz（アダム・ホロヴィッツ）MC、ギター担当。父は著名な劇作家、脚本家で『いちご白書』や『喝采の陰で』を執筆したイスラエル・ホロヴィッツ
MCA（エムシーエー）
本名：Adam Yauch（アダム・ヤウク）MC、ベース担当。グループのリーダー的存在。2009年、左耳下腺に悪性の唾液腺腫瘍があることが判明。幸い声帯に影響は無く、手術も無事に成功した。同年9月に発売予定の新作『ホット・ソース・コミッティー・パート1』の発売は、MCAの復帰を待っての無期限延期となったが、2012年5月4日に他界。
ツアーメンバー
Mix Master Mike（ミックス・マスター・マイク）
本名 ; Michael Schwartz（マイケル・シュワーツ）DJ担当。ターンテーブリスト。
Money Mark（マニー・マーク）
本名 ; Mark Ramos-Nishita（マーク・ラモス＝ニシタ）キーボード担当。
マイクD、アドロック、MCA、ミックス・マスター・マイクの4人はユダヤ系である。MCAは仏教徒で、チベット仏教を信仰している。 先述の通り、2012年5月4日、MCAが癌で亡くなる。47歳没。ジャンルを超えた数多くのアーティスト、テレビやTwitter、その夜のライヴで追悼の意を述べた。追悼コメントを寄せた主なミュージシャンは、以下の通り。
MCAの死
ザ・ストロークス
ウィーザー
レッド・ホット・チリ・ペッパーズ
トム・ヨーク
コールドプレイ[12]
エミネム
Run-D.M.C.
チャック・D（パブリック・エナミー）
ショーン・レノン
ビリー・ジョー・アームストロング（グリーン・デイ）
