2006年2月8日に、TBSの金曜ドラマ『夜王?YAOH?』の主題歌でもある『Mr.Traveling Man』を発売、オリコンチャート初登場1位。2年4か月ぶりのシングル首位を獲得した[26]。6月21日にシングル『Get Your Dream』がリリースされた。TBSサッカーワールドカップの応援歌となっていて、曲のタイトルはサッカー日本代表の中村俊輔選手が命名した[27]。7月12日に、TVなどで見せる「仲間同士で遊ぶ」というコンセプトにマッチしたという理由から、マイクロソフトのXbox 360のイメージキャラクターに起用が決定[28]。8月23日には『宙船(そらふね)/do! do! do!』をリリース。オリコンチャートで初登場1位を獲得した[29]。収録されている「宙船」は、長瀬が主演した日本テレビの土曜ドラマ『マイ★ボス マイ★ヒーロー』の主題歌。同曲の作詞・作曲を手掛けたのはシンガー・ソングライター中島みゆき。「ハードな歌謡ロック」をイメージしたという「宙船」により、TOKIO(ジャニーズ)と中島みゆきというコラボレーションが実現した。なお、翌2007年3月開幕の「第79回選抜高等学校野球大会」では、開会式の入場行進曲にも採用された[30]。10月18日に1年8か月ぶりとなるアルバム『Harvest』をリリース[31]。
2007年3月28日に『ひかりのまち/ラン・フリー(スワン・ダンスを君と)」をリリース。大物アーティストとのコラボ第2弾となるこの曲は甲斐よしひろが作詞・作曲をした[32]。8月15日にシンガーソングライター中島みゆきとのコラボ2作目となる『本日、未熟者/Over Drive』をリリース。山口達也主演で日本テレビの土曜ドラマ『受験の神様』の主題歌である[33]。11月28日には「青春 SEISYuN」をリリース。長瀬智也主演でTBSの金曜ドラマ『歌姫』の主題歌となり、作詞、作曲はシンガーソングライターの長渕剛が手掛けた。大物アーティストとのコラボは3度目となり、1年3か月ぶりのシングル初登場で首位を獲得した[34]。
2008年3月8日、山口が5歳年下の元モデルと入籍。同日夜の日本武道館ライブでファンに報告した。7月に松岡が主演を務める日本テレビのドラマ『ヤスコとケンジ』の主題歌となるシングル『雨傘』(作詞/作曲:椎名林檎、編曲:東京事変)から、ジェイ・ストームに移籍することを発表。
2010年4月11日に、『ザ!鉄腕!DASH!!』の企画「ソーラーカー 一筆書きで日本一周」を7年かけてスタート地点の東京・晴海にゴールした。6月16日に『-遥か-』をリリース。『ザ!鉄腕!DASH!!』の企画「DASH海岸」のテーマソングであり、TUBEの前田亘輝・春畑道哉から詞曲提供を受けた。『青春 SEISYuN」以来、2年7か月振りの首位獲得となり、ジェイ・ストーム移籍後は初の首位獲得となった[35]。また、初動のみで前作の累計売上を上回った。2010年7月に『ザ!鉄腕!DASH!!』の企画「DASH海岸」が国土交通省から評価され、「海の日表彰(関東地方整備局港湾空港関係功労者表彰)」を受けた[36][37]。2010年8月28日・29日、『24時間テレビ 「愛は地球を救う」 ありがとう?今、あの人に伝えたい?』において、3度目のパーソナリティを務めた[38]。 2011年5月に松岡が『高校生レストラン』で7度目の主演を務め、日本テレビ土曜ドラマ枠での主演回数が過去最多となった[39]。9月23日に『テレビ朝日ドリームフェスティバル2011』(日本武道館)出演[40]。 2012年9月23日に『TOKIO LIVE TOUR 1718』 の最終公演(日本武道館)がライブシネマとして、和歌山県・鳥取県を除く全国45都道府県94ヶ所の映画館で同時生中継される[41]。 2013年2月20日にシングル「リリック」をリリース[42]。これ以降のシングルはほとんど長瀬が作詞・作曲している。
2011年 - 2015年