shRNA(small hairpin RNA:小ヘアピンRNAもしくは short hairpin RNA:短ヘアピンRNA)とは、RNA干渉による遺伝子サイレンシングのために用いられるヘアピン型のRNA配列である。shRNAはベクターによって細胞に導入され、恒常的に発現されるようU6もしくはH1プロモーターを利用する。通常このベクターは娘細胞に受け継がれ、遺伝子サイレンシングの効果も受け継がれる。shRNAのヘアピン構造は細胞機構によってsiRNAへと切断され、RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)と結合する。この複合体はsiRNAと相補的な配列を持つmRNAに結合し、切断する。
shRNAはRNAポリメラーゼIIIによって転写される。哺乳動物細胞におけるshRNA産生は時折、細胞がウイルスの攻撃と認識したものから自分を守るように、インターフェロン反応を引き起こす。この問題はRNAポリメラーゼIIによって転写されるmiRNAには観察されていない。
shRNAは植物や他の生物でも使われるが、必ずしもU6プロモーターが使われるわけではない。植物では強い恒常発現を可能にする伝統的プロモーターであるCaMV35S（カリフラワーモザイクウイルス35Sプロモーター）が存在し、この場合にはRNA干渉の始まりとなる転写開始にRNAポリメラーゼIIが使われることになる。
参考文献
McIntyre G, Fanning G (2006). ⇒“Design and cloning strategies for constructing shRNA expression vectors”. BMC Biotechnol. 6: 1. doi:10.1186/1472-6750-6-1. PMC 1343552. .mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}PMID 16396676. ⇒http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=1343552.
Harper S, Staber P, He X, Eliason S, Martins I, Mao Q, Yang L, Kotin R, Paulson H, Davidson B (2005). ⇒“RNA interference improves motor and neuropathological abnormalities in a Huntington's disease mouse model”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (16): 5820--5. doi:10.1073/pnas.0501507102. PMC 556303. PMID 15811941. ⇒http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=556303.
Nielsen M, Pedersen F, Kjems J (2005). ⇒“Molecular strategies to inhibit HIV-1 replication”. Retrovirology 2: 10. doi:10.1186/1742-4690-2-10. PMC 553987. PMID 15715913. ⇒http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=553987.
Paddison P, Caudy A, Bernstein E, Hannon G, Conklin D (2002). ⇒“Short hairpin RNAs (shRNAs) induce sequence-specific silencing in mammalian cells”. Genes Dev. 16 (8): 948--58. doi:10.1101/gad.981002. PMC 152352. PMID 11959843. ⇒http://www.genesdev.org/cgi/content/full/16/8/948.
Cao W, Hunter R, Strnatka D, McQueen C, Erickson R (2005). ⇒“DNA constructs designed to produce short hairpin, interfering RNAs in transgenic mice sometimes show early lethality and an interferon response”. J. Appl. Genet. 46 (2): 217--25. PMID 15876690. ⇒http://jag.igr.poznan.pl/2005-Volume-46/2/pdf/2005_Volume_46_2-217-225.pdf.
表
話
編
歴
核酸
構成要素
核酸塩基
ヌクレオシド
ヌクレオチド
リボ核酸
mRNA
pre-mRNA/hnRNA
tRNA
rRNA
aRNA
gRNA
miRNA
ncRNA
piRNA
shRNA
siRNA
snRNA
snoRNA
stRNA
ta-siRNA
tmRNA
デオキシリボ核酸
cDNA
cpDNA
gDNA