1995-96シーズン、一時は2位につけて優勝争いをしたが、後半戦は全く振るわず、12位と、かろうじて降格を免れた[9]。1997-98シーズン以降、セリエBへの降格とセリエAへの昇格を繰り返し、チーム財政状況の悪化に伴い2004年夏に破産宣告され、セリエCへと降格した。

2004年から新生チームとして名前を改め再スタートした。オーナーは映画監督で資産家のアウレリオ・デ・ラウレンティスがナポリを3300万ユーロ（約56億1000万円）で買い取り就任する。若手を中心とした長期的目標に基づくチーム作りが掲げられた。2005-06シーズンにセリエBに昇格。この年にスタジアム観客数の合計がギネスブックには記載されなかったが世界記録を樹立した。2006-07シーズンにユヴェントスに次いでセリエBで2位となり、セリエA昇格を果たした。

2007-08シーズンはMFマレク・ハムシーク、FWエセキエル・ラベッシ、MFワルテル・ガルガノら若い新戦力が攻守に活躍して、昇格初年度ながら8位に躍進し、UEFAインタートトカップ経由でUEFAカップ出場権を獲得した。2007年10月にはエドアルド・レヤ監督が指導者キャリア通算1000試合を飾った。2008年夏には主力が軒並み残留し、アルゼンチン・プリメーラ・ディビシオンで27得点を挙げて得点王に輝いたFWヘルマン・デニスを加え、UEFAカップとリーグ戦での上位進出を目指した。

2008-09シーズン、7節のユヴェントス戦に勝利して首位に浮上し、2008年12月途中までUEFAチャンピオンズリーグ出場圏内を保ったが、前半戦だけで7点を決めたハムシークなどの攻撃陣が後半戦は調子を落とし、2009年1月から4月末まで約4カ月も未勝利が続いた。3月にセリエC1からチームの指揮を執ってきたレヤ監督を解任し、ロベルト・ドナドーニ監督が就任したが、ドナドーニが指揮を執った11戦で2勝5分4敗と調子を取り戻せず、12位でシーズンを終えた。

2009-10シーズンはGKモルガン・デ・サンクティス、MFルカ・チガリーニ、FWファビオ・クアリャレッラ、DFウーゴ・カンパニャーロ、DFフアン・スニガなど即戦力を大量に確保した。しかし、開幕から失点の多い不安定な戦いを続け、10月6日にドナドーニ監督が解任された。後任のワルテル・マッツァーリ監督はボローニャFCとのデビュー戦を白星で飾り、フィオレンティーナ、ACミラン、ユヴェントスと7日間のうちに戦った3連戦を2勝1分と結果を残すなど15試合無敗記録と5試合無失点記録などを作り、UEFAヨーロッパリーグ出場権を獲得し、シーズンを6位で終えた。

2010-11シーズンは、同じくUEFAヨーロッパリーグ出場を果たしたパレルモからウルグアイ人FWのエディンソン・カバーニを獲得、移籍市場の締切直前にファビオ・クアリャレッラがユヴェントスへ移籍した。セリエAでは前半戦終了の時点で単独2位につけ、UEFAヨーロッパリーグにおいても決勝トーナメント進出を果たした。ディエゴ・マラドーナを擁した時代以来約20年ぶりのスクデット獲得が期待されたが、結果3位に終わった。しかし、4位以内に入り、UEFAチャンピオンズリーグの出場権を獲得した。

2011-12シーズンは、コッパ・イタリアで25年ぶりの優勝を果たし、UEFAヨーロッパリーグの出場権を獲得した。UEFAチャンピオンズリーグでは、死のグループと言われていたグループAを2位で通過し、グループリーグ突破を果たした。ベスト16ではチェルシーFCと対戦し1stレグは3-1でチェルシーを破ったが、2ndレグで延長戦の末1-4でチェルシーに敗れ、ベスト16敗退に終わった。

2012-13シーズンは、FWエセキエル・ラベッシがパリ・サンジェルマンに移籍し、MFワルテル・ガルガノがインテルにレンタル移籍した。インテルからレンタルしていたFWゴラン・パンデフを完全移籍で獲得し、フィオレンティーナからMFヴァロン・ベーラミ、DFアレッサンドロ・ガンベリーニ、ブレシア・カルチョからMFオマル・エル・カドゥーリ、サンパウロFCからDFブルーノ・ウビニ、ジェノアCFCからMFジャンドメニコ・メストを獲得した。スーペルコッパ・イタリアーナでは、北京でユヴェントスと対戦した。この試合では、後半40分に副審に暴言を吐いたとしてパンデフが、後半アディショナルタイムに2回目の警告でスニガが退場した。このプレーに抗議したマッツァーリ監督には退席処分が言い渡された。後半が終了して2-2となり、9人で延長戦を戦わなければいけなくなったナポリは、延長前半にクリスティアン・マッジョのオウンゴールとミルコ・ヴチニッチの得点により延長戦の末2-4でユヴェントスに敗れた。このシーズンはリーグ2位に終わったが、ヨーロッパリーグでは決勝トーナメント1回戦で敗れた。シーズン終了後、マッツァーリは退団し翌シーズンからインテルの監督となることが決定。