1969年に会長に就任したコッラード・フェルライーノ（2002年2月までクラブを所有した不動産開発業者）の下で、積極的なチーム強化が行なわれた。1984-85シーズン、ディエゴ・マラドーナを獲得、1986-87シーズン、オッタヴィオ・ビアンキ監督が率い、マラドーナ、ジョルダーノ、デ・ナポリ、バーニらを中心として、ユヴェントスFCに競り勝って初のリーグ制覇を果たした[5]。更にコッパ・イタリア決勝でもアタランタを2戦合計4-0で破り、破って優勝を果たした[6]。

1987-88シーズンにカレッカを獲得した[7]。1988?89シーズン、決勝でシュトゥットガルトを破り、初のヨーロッパタイトルとなる、UEFAカップを獲得した[7]。1989-90にはアルベルト・ビゴン監督に率いられ、2度目のスクデットを獲得した[8]。

1990-91シーズン途中、マラドーナがドーピングによる出場停止処分を受けた。1991-92シーズン、カレッカ、ジャンフランコ・ゾラらの活躍で優勝争いに絡んだが[7]、その後、1992-93シーズン、ゾラ、カレッカが退団、1993-94シーズン終了後、フェラーラ、フォンセカが退団、フランチーニ、コッラディーニが引退、黄金期を支えたメンバーたちが続々とチームを去った。

1995-96シーズン、一時は2位につけて優勝争いをしたが、後半戦は全く振るわず、12位と、かろうじて降格を免れた[9]。1997-98シーズン以降、セリエBへの降格とセリエAへの昇格を繰り返し、チーム財政状況の悪化に伴い2004年夏に破産宣告され、セリエCへと降格した。

2004年から新生チームとして名前を改め再スタートした。オーナーは映画監督で資産家のアウレリオ・デ・ラウレンティスがナポリを3300万ユーロ（約56億1000万円）で買い取り就任する。若手を中心とした長期的目標に基づくチーム作りが掲げられた。2005-06シーズンにセリエBに昇格。この年にスタジアム観客数の合計がギネスブックには記載されなかったが世界記録を樹立した。2006-07シーズンにユヴェントスに次いでセリエBで2位となり、セリエA昇格を果たした。

2007-08シーズンはMFマレク・ハムシーク、FWエセキエル・ラベッシ、MFワルテル・ガルガノら若い新戦力が攻守に活躍して、昇格初年度ながら8位に躍進し、UEFAインタートトカップ経由でUEFAカップ出場権を獲得した。2007年10月にはエドアルド・レヤ監督が指導者キャリア通算1000試合を飾った。2008年夏には主力が軒並み残留し、アルゼンチン・プリメーラ・ディビシオンで27得点を挙げて得点王に輝いたFWヘルマン・デニスを加え、UEFAカップとリーグ戦での上位進出を目指した。

2008-09シーズン、7節のユヴェントス戦に勝利して首位に浮上し、2008年12月途中までUEFAチャンピオンズリーグ出場圏内を保ったが、前半戦だけで7点を決めたハムシークなどの攻撃陣が後半戦は調子を落とし、2009年1月から4月末まで約4カ月も未勝利が続いた。3月にセリエC1からチームの指揮を執ってきたレヤ監督を解任し、ロベルト・ドナドーニ監督が就任したが、ドナドーニが指揮を執った11戦で2勝5分4敗と調子を取り戻せず、12位でシーズンを終えた。

2009-10シーズンはGKモルガン・デ・サンクティス、MFルカ・チガリーニ、FWファビオ・クアリャレッラ、DFウーゴ・カンパニャーロ、DFフアン・スニガなど即戦力を大量に確保した。しかし、開幕から失点の多い不安定な戦いを続け、10月6日にドナドーニ監督が解任された。後任のワルテル・マッツァーリ監督はボローニャFCとのデビュー戦を白星で飾り、フィオレンティーナ、ACミラン、ユヴェントスと7日間のうちに戦った3連戦を2勝1分と結果を残すなど15試合無敗記録と5試合無失点記録などを作り、UEFAヨーロッパリーグ出場権を獲得し、シーズンを6位で終えた。

2010-11シーズンは、同じくUEFAヨーロッパリーグ出場を果たしたパレルモからウルグアイ人FWのエディンソン・カバーニを獲得、移籍市場の締切直前にファビオ・クアリャレッラがユヴェントスへ移籍した。