四博士
ヒルツ教授
声 - 藤原啓治宇宙遺跡調査団のリーダー的人物であり、ヌーの宿主になった後も実質的なリーダー的ポジションにあった。寄生したヌーは「闇」の恐ろしさとそれを支配するヌーの讃歌を常に声高かに述べている。作中では最後まで残ったヌーであり密度行列砲によって地球を消し去り「門」を破壊する計画を考案するもギリギリの所で地球は本来の位置に戻され、代わりに「門」より出でたアルカディア号の全兵装によってファタモルガーナごと完全に破壊しつくされる最期をたどった。
レニ博士
声 - 高山みなみ調査団の紅一点で生前は眼鏡をかけていた。寄生したヌーは恐怖による支配を好み、彼女によってファタモルガーナ討伐艦隊は恐怖で屈服させられ同士討ちの結果壊滅させられた。後にその宙域に訪れたアルカディア号に対しても同様の手段で服従を強いるも誰一人[8]として服従しなかった上に手痛い反撃を受け、逆に自身がハーロックとアルカディア号に対して恐怖を抱いた末に発狂する[9]。その後は他の三博士の肉体に寄生したヌーにより拘束され密度行列砲の前に吊るされるも錯乱は治ることが無く、その最期はアルカディア号に向けて密度行列砲を発射する際に砲のエネルギーをまともに受けて体が四散した。
パク博士
声 - 高木渉小太りで背の低い調査団最年長の男性研究者。寄生したヌーは人間を「自分達の奴隷の末裔」という見解を最後まで捨て去ることは無かった。作中では一人が発狂、一人がハーロックの精神力によって逆に打ち倒されたことにより、アルカディア号が自分達にとってどれほど脅威であるかを悟り破壊工作の為、寄生していたパク博士の体を捨て去り生死の危機にあった有紀螢に寄生する。その後はアルカディア号艦内で破壊工作を行うも、艦内で最も「安全」な区画である中枢大コンピュータールームにおびき寄せられ一切の火器を無効化させられた。加えてそこに居た台羽正の挑発を受け、彼の体を乗っ取ろうとするも返り討ちに遭い存在が消滅した。
ドクターハッサン
声 - 納谷六朗調査団メンバーの一人、薬学の知識を有しており砂時計星雲に訪れる際にファタモルガーナの乗員は彼の調合した強力な向精神薬を服用することで発狂することなく「門」までたどり着いた[10]。