SARS-CoV-2 の対応する系統名称[35]PANGO 系統 (命名規則の提案, Nature を参照)PANGO 系統への注記 (Alm et al. を参照)Nextstrain クレード, 2021[36]GISAID クレード注目すべき変異株
A.1?A.619BS参照配列 である WIV04/2019 を含む[2]
B.3?B.7, B.9, B.10, B.13?B.1619AL
O[注釈 1]
B.2V
B.1B.1.5?B.1.7220AGPANGO 系統における系統 B.1
B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37GH
B.1.3?B.1.6620CCAL.20C を含む[37]
20G一般的に米国で優勢、2021年1月[37]
20HB.1.351 別名 20H/501Y.V2 または 501.V2 系統を含む
B.1.120BGRB.1.1.207を含む
20DP.1とP.2を含む[38]
20F
20I系統 B.1.1.7 別名 VOC-20DEC-01 or 20I/501Y.V1 を含む
B.1.17720E (EU1)[36]GV[注釈 1]20A から派生[36]

SARS-CoV-2に対する一貫した命名法は確立されていない[40]。政府や報道機関を含め、変異株に関しては、最初に特定された国を呼称することもあるものの[41][42][43]、 2021年1月 (2021-01)現在[update]、世界保健機関 (WHO) は「地理的な場所を参照しないSARS-CoV-2変異株の標準的な命名法」に取り組んでいる[44]。

SARS-CoV-2には何千もの変異株が存在し[45]、ウイルスの亜種は、系統や系統群などのより大きな分類群へ分類できる[注釈 2]。主要かつ一般的に使用される下記3種類の命名法[40]が提案されている、

2021年1月 (2021-01)現在[update]、 GISAID（SARS-CoV-2を「hCoV-19」と呼称[46]）は、 8つのグローバルクレード (S, O, L, V, G, GH, GR, GV) として識別する[47]。

2017年、 Hadfieldらは、「病原体の進化をリアルタイムで追跡する」ことを目的とした Nextstrain（英語版） を発表した[48]。Nextstrain は後に SARS-CoV-2 の追跡に使用され、 2021年1月 (2021-01)現在[update]において 11 のクレード (19A, 19B, 20A ? 20I) [注釈 3] を識別する[49]。