当シリーズでは、コールソンが結成した精鋭チームによる超常現象の調査と戦闘を軸に物語が展開する。
シーズン1
復活したコールソンによって精鋭チームを結成されると、さまざまな任務に尽力。その後、組織内部崩壊を機にヒドラとの戦いが勃発し、コールソンがS.H.I.E.L.D.新長官に任命される。
シーズン2
デイジー/スカイの出生の秘密と彼女の家族にまつわる謎を軸に、組織崩壊と共に生まれたもう一つのS.H.I.E.L.D.との内乱と統合、デイジーの実母のジャーイン率いるインヒューマンズとの闘争が描写される。
シーズン3
前シーズンラストにおいて世界各地で覚醒したインヒューマンズの対策と、クリー人によって生み出されながらも宇宙に追放された末に地球に帰還し、全人類のインヒューマンズ化を企むハイヴとの戦いに奔走する。
シーズン4
新長官となったメイスの元、ゴーストライダーの出現や、ダークホールドの影響で凶悪な自我に覚醒したアンドロイドA.I.D.A.の暴走に立ち向かう。