RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism、制限酵素断片長多型）とは、制限酵素によって切断された DNA 断片の長さが、同一種内の個体間で異なる（多型を示す）ことを指し、また転じてそれを検出する手法も意味する。一塩基多型によってこの違いが現れることもある。遺伝病を持つ人と持たない人でこれが異なる場合があり、診断や遺伝病の原因遺伝子の同定に利用される。得られた断片長は、電気泳動によって既知の断片長のDNA（サイズマーカー）と比較して求める。

ゲノムプロジェクトの進行に伴ってPCRに用いるプライマーの設計が容易になったため、現在ではPCRでDNAを増幅し、その反応生成物を制限酵素で切断する手法であるPCR-RFLPが一般的となった。PCR-RFLP以前はヒトを対象とした場合、
生きた細胞の採取

細胞の培養（数日）

比較的高品質なDNAの抽出

DNAの切断

電気泳動

ブロッティング

放射性同位元素等でラベルしたプローブのハイブリダイズ

X線フィルムへの感光・現像

といった手順を踏んだ。一方、PCR-RFLPでは、
比較的粗雑なDNAの採取

PCR（2時間程度）

DNAの切断

電気泳動

紫外線によるDNAの可視化

と、半日程度で可能となった。
断片長の差で対立遺伝子等を識別する方法

以下にサザンブロッティングを利用した原法を模式的に示す。個体A a b c 。 2 kb 。 1 kb |DNA -----------|---------------------|---------|------- SfaN I SfaN I SfaN I ========= プローブと相補的な領域個体B a b c 。 3 kb |DNA -----------|-------------------------------|------- SfaN I SfaN I ========= サザンブロッティングの結果 ↓ 5 kb _____ 4 kb _____ 3 kb _____ ______ 2 kb _____ ______ 1 kb _____ サイズ　 個体A 個体B マーカー 上段: ある生物種2個体のゲノムDNAと制限酵素SfaN Iによる断片長。 個体Bにはbの位置の制限酵素認識部位が存在しない==はプローブが結合する領域。下段: サザンブロッティングの結果。個体Aでは2 kbの、個体Bでは3 kbの位置にバンドが見える。