第22回（2024年）におけるネタの持ち時間は、1回戦・2回戦では2分、準々決勝・準決勝・決勝では4分。以前の制限時間は以下の通り。

1回戦：5分（2002年）、3分（2004年 - 2006年）

2回戦：3分（2004年 - 2008年）

3回戦：3分（2009年 - 2020年）

準決勝：10分（2002年）、5分（2004年）、4分（2005年 - 2011年）、3分（2012年 - 2023年）

サバイバルステージ：3分（2009年 - 2010年）

復活ステージ：3分（2015年 - 2023年）

決勝：10分（2002年）、5分（2004年）、4分（2005年 - 2011年）、3分（2012年 - 2023年）

決勝出場枠の変遷

年枠内訳
200212準決勝通過者12名
20048準決勝通過者8名
2005
2006
2007
2008
200910準決勝通過者8名+サバイバルステージ上位2名
20109準決勝通過者8名+サバイバルステージ勝者
20118準決勝通過者8名
201212準決勝通過者12名
2013
2014
2015準決勝通過者9名+復活ステージ上位3名
2016
2017
2018準決勝通過者10名+復活ステージ上位2名
2019
2020準決勝通過者11名+復活ステージ勝者
202110準決勝通過者9名+復活ステージ勝者
20228準決勝通過者7名+復活ステージ勝者
2023
20249準決勝通過者9名

予選

毎年開催年の前年12月から2月にかけて東京と大阪で予選が行われ、1回戦・2回戦（2004年 - ）・3回戦（2009 - 2020年）・準々決勝（2017年 - ）・準決勝へと進んでいく。

過去1度でも準決勝以上に進出した者（2011年までは前年度の準決勝進出者）と特別に主催者が指定した者にはシード権があり、1回戦が免除される。準決勝は東京会場（年によって異なる）と大阪会場（なんばグランド花月）で2日間に分けて行われていたが、観客投票が実施された2012年から同日開催となり、準々決勝が新設された2017年からは1会場開催（東京、2019年、2020年は大阪）となった。

2016年までは、準決勝の数日後に決勝進出者を発表（2009年と2010年はサバイバルステージ出場者も同時に発表）していた。その後は準決勝終了後に2017年は関西テレビ東京支社から、2018年はニッショーホールからニコニコ生放送・Periscope・Facebook Live・LINE LIVE等、2019年はGYAO!、2020年はLINE LIVEで生配信された。2021年以降は有楽町朝日ホールから2021年・2022年はR-1グランプリ公式YouTubeにて（ただし、2021年はU-NEXT presentsで配信)、2023年・2024年はTVer Special Liveにて生配信された。また、2022年・2023年は生配信内で決勝進出者が決定された。
敗者復活戦
サバイバルステージ

第7回（2009年）および第8回（2010年）に導入。決勝の2日前に開催され、その模様は決勝同様生中継で放送された。

出場者は準決勝敗退者のうち上位10名で、ネタの持ち時間は3分。審査方法は、会場の一般観客およびゲスト審査員計200名（持ち票は1人2票、1票10点）が出場者全員のネタ終了後面白かった芸人2名を選び（同じ出場者に1人で2票入れることはできない。また押し忘れは無効票となる）、スイッチを押す形式の投票で敗者復活者を決定した。

勝者は番組内で即座に発表。最下位から順に発表され、第7回（2009年）では上位2名、第8回（2010年）では上位1名のみが決勝に進出した。
第7回（2009年）（サバイバルステージ）

ゲスト審査員は石田純一、南野陽子、IKKO、加藤晴彦、マリエ。

順位名前
所属事務所キャッチコピー出番得点
1位キ/岸学
ケイダッシュステージあの海外ドラマのキャラで大人気!6番840点
2位シ/夙川アトム[注 5]