以下はアーケード版の最新バージョンで収録されているモードを記述。
ノーマルモード (NORMAL)
AC20より導入された通常プレイ用モード。過去に存在した同名のモードとは異なり、チャレンジモード・超チャレンジモード・NET対戦モードを統合する形で登場。AC20・21ではこれまでのチャレンジポイント制に代わりエクストラポイント制が導入され、演奏した曲のレベル数値分のポイントを基準に、オジャマの難易度、コンボ数、取得したメダルの種類、獲得スコアなどのリザルトから自動的に算出されたポイントを既定ポイントまで貯めることでEXステージに到達できた（到達できなかった場合はポイントの一部を次回プレイへ持ち越し）。内容は超チャレンジモードにおけるスーパーEXステージにオジャマを使えるようにした仕様となった。AC22以降ではポイント制そのものが廃止され、EXステージはPASELIプレイ時に1曲クリアするごとに1つ点灯するEXTRAランプを5つ貯めることでプレイできる方式となっている。AC6からのプレイ保障も残されており、AC20・21では2曲目が、AC22以降はコインプレイ・PASELIプレイともに全ステージがコンティニューなしで遊べるようになった。NET対戦はこのモードでのプレイ中、選曲毎にシングルプレイ・オジャマあり対戦・オジャマなし対戦の選択をする形式となった。また最大で6人同時対戦（AC23で4人に削減）が可能となり、これまでにあったアイテムによるオジャマ装備システムは廃止された。AC21以降はEASYモードもこちらへ統合され、初心者用に新設されたEASY譜面もこのモード内で選択する形式に変更された。EASY譜面が用意されているのは一部の曲のみで、この変更に伴って5ボタン譜面が廃止され、ボタン数の選択が無くなった。AC23以降は譜面難易度をEASYに設定して楽曲にカーソルを合わせると、その曲のEASY譜面で使用されるボタン数が表示されるようになった。
バトルモード (BATTLE)
AC6で初登場、家庭用ではCS7から登場した、2人での対戦プレイ専用モード。プレイヤーは両端のボタン3つずつを使用し、得点を競って対戦する。なお実際のプレイで使うボタンは白・黄・緑で、青は相手へのオジャマ攻撃用。譜面は一部楽曲を除き、NORMALとHYPERの二種が用意されている。全3曲のスコアを競い合い、得点が高い方がそのラウンドの勝者となる。規定曲数プレイして勝利数が多いプレイヤーが勝ち、少ないプレイヤーが負けとなる。このモードのみキャラクター毎に性能差があり、攻撃時に発動するオジャマが異なる。なお、AC7以降「オジャマ攻撃の打ち返し」が設定され、画面下のキャラクターを青ボタンで操作して相手が放ってきたオジャマを逆に反射する事ができた。その後、AC17・18でオジャマ攻撃の打ち返しの廃止、キャラクターセレクト及びオジャマの仕様が変更されたが、19以降は従来の形式に戻った。
ローカルモード (LOCAL)
2台以上接続された筐体限定。ローカル対戦を行える。AC21までのNORMALモードにおける「店内のプレイヤーと対戦」を、AC22で独立モードとして分化したもの。稼働初期には設定されず、後のアップデートでネットワーク対戦の開始とともに追加されることが多い。AC25・26では稼働終了まで実装されなかったが、AC27の稼働途中より復活実装された。
過去に存在したモード

以下はアーケード版の最新バージョンには収録されていないモードを記述。
ノーマルモード（旧） (NORMAL)
AC1から11まで設定された基本的なモードで、AC12でCHALLENGEモードに吸収される形で廃止された。選択難易度は9ボタンのNORMAL、HYPERの2種、およびAC6以降は5ボタン、CS8から10まではEX譜面も出現済みなら選択できる。AC6からは、1曲目のみゲージ不足によるゲームオーバーが無くなったため、必ず2曲はプレイが保証されるようになった。AC8ではこのモードに限り小節線が表示され、特定条件を満たすとBONUS STAGEも出現し、このステージに限りEX譜面も選択できた。クリアに必要なゲージ量は約4分の3から約3分の2（シリーズにより異なる）。後にAC20で同名のモードが搭載されたが、先述のように仕様が大きく異なる。
ビギナーモード (BEGINNER)
AC1-3、およびCS4に設定された初心者向けのモードで、NORMAL譜面よりも簡単な譜面でプレイ出来る。AC12以降のENJOYモードに近い。AC1から3までは1ステージ目が強制的に練習ステージとなり、その後2曲をプレイする事になる。選択できるのは一部の楽曲のみで、プレイヤーキャラクターはミミかニャミしか使用できないという制限がある。CS4ではNORMALモードとほぼ同じ仕様で、譜面だけが簡単になっていた。このため、リミックス4曲を除いた全曲が選択可能で、プレイヤーキャラクターも自由に選択する事ができる。
ハードモード (HARD)、エキサイトモード (EXCITE)
HARDはAC1、EXCITEはAC2 - 4に設定。2で名称が変更されたが、モード内容は同じ。NORMALモードと基本ルールは同じだが、曲の途中で画面を隠すエフェクトが出現したり、画面が揺れたり、ポップくんが降ってくる途中で列移動などといった、選択した曲担当のキャラ固有のオジャマが自動発動するモードとなっていた。AC5以降はチャレンジモードのオジャマ「オジャマ攻撃!」として形を変え、AC12まで続けられたのち廃止。現在は「オジャマ攻撃!」も削除され、その名残がオジャマの「EXCITE」や「地震でぐらぐら」に残る。アニメロシリーズのEXCITEモードは、さまざまなオプションが設定出来る特殊モードとなっている。
パーティーモード (PARTY)
AC2から5まで設定。多人数プレイを推奨したモード。基本はNORMALモードだが、通常のポップくんに加え、様々な形のイベントポップくんが画面を埋め尽くす。叩くとオジャマが発動するものがほとんどだが、ゲージが増えるといったプラス効果のものもある。portable2にも同名のモードが登場するが、仕様が全く異なる（後述）。
エキスパートモード (EXPERT)、コースモード (COURSE)
AC6より「エキスパートモード」として初導入された「やりこみ」モード。AC17まで設定されていたがAC18で廃止され、AC22に限り2014年12月22日のアップデートより「コースモード」と名称を変えて復活した。テーマに沿って指定された4曲で構成されたコースをプレイするモードで、インターネットランキングにはこのモードを使用して参加する形式となっていた。ゲージは100%から始まりBAD判定を出す度に減少していくタイプで、ケージが尽きた時点で曲が強制終了し、ゲームオーバーとなる（コンティニューは不可能）。AC6からAC14までのゲージは、ステージ中にはCOOLやGREATを出しても一切増加せず、ステージをクリアする毎に少量回復するものとなっていた。しかし、AC15以降のゲージは仕様が変更され、BAD判定を出さなければ少しずつ回復して行くが、BAD判定を出した時のゲージ減少率は通常ゲージより遥かに大きいものになっている。初実装のAC6当時から「GREAT」よりも厳しい判定である「COOL!!」が加わり、高得点を取るにはより正確にボタンを叩く必要がある（後にこの「COOL判定」は通常のモードにも設定された）。恒例の隠しコースとして、シリーズごとの新曲の中から難易度の高い曲を集めた「HELLコース」が設定された。主に、店舗対抗インターネットランキングの最後に解禁されることが多く、AC15以降では個人イベントの最後にてHELLコース担当の最後の楽曲の解禁を持ってコースが解禁という流れになっていた。AC18ではモード自体は設定されなかったが、「きほん検定10-2」が事実上の「HELL18」とされている。AC22ではコースモードの設定とともに前作の難曲を集めた「HELL Sunny Park」が登場し、後のアップデートで「HELL ファンタジアコース」、「HELL TUNE STREETコース」、「せんごく地獄コース」も追加された。過去のAC版では、過去に筐体内部や携帯電話のJavaアプリケーションでオリジナルのコースを独自に設定できる「オリジナルコース」(AC8-12)、直前にチャレンジモードをプレイした人の曲順履歴がその筐体に残る「HISTORYコース」(AC6-10)、自分のプレイした回数上位4曲で構成された「MY BEST」（AC9・10）、指定したレベル付近の譜面（-2 - ±0の範囲）からランダムに選曲される「ランダムコース」(AC15-18) などが設定された。CS版ではCS14までオリジナルコースとMY BESTのみ残存していた。ミッキーチューンズ!のネットマニアモードや、AC15・AC17・AC22の一部コースでは強制的にオジャマが発動される。
ハイパーモード (HYPER)
譜面の種類のHYPERとは別で、AC3のみに設定された上級者向けのモード。ミスをすると減るゲージでコースごとに決められた3曲を連続でプレイするという、前述したEXPERTの原型と言えるモード。プレイするのは全てHYPER譜面で、当時このモードのために追加された譜面もあった。また、当モードでは全ての楽曲が、モード専用の青い背景で統一されるという特徴がある[2]。EXPERTとの相違点として、ゲージが尽きてもすぐにはゲームオーバーにはならず数秒間猶予があり、この間にポップ君を叩けばゲージを回復して続行する事が出来た。
スコアバトルモード (SCORE BATTLE)、パーティーバトルモード (PARTY BATTLE)
AC4・5のみ存在したモードで、筐体を2台接続しての店内対戦バトルモード。スコアバトルは純粋にスコアを競ういわゆる「ガチバトル」、パーティーバトルはゲージを溜めてオジャマポップ君を叩き相手にオジャマ攻撃を送るという、現在のNET対戦モードの原型とも言えるモードである。どちらかがクリアゲージに届いていれば次のステージに進めるが、現在のNET対戦とは異なり、どちらもクリア出来なかった場合はそこでゲームオーバーとなる。また、同キャラクター戦の場合は両者が同じカラーを使って対戦することはできない。
フリー2モード (FREE2)
AC5にのみ設定。2曲しかプレイできないが、その代わりに1曲目をクリアできなくても必ず2曲目がプレイできる上に、同じ曲を選択することもできたモード。演奏中、リアルタイムにGREAT数、GOOD数、BAD数のカウントが表示されていた。AC6以降はNORMALモードに同じ仕様が搭載されたため消滅し、リアルタイムのカウンター表示はAC7から標準仕様となった。