PhyloCode (ファイロコード) は、正式名称を International Code of Phylogenetic Nomenclature (国際系統命名規約)といい、系統学に基づいた命名に関する規約の草案として提案されているものである。最新版は特にクレードの命名を規定することに主眼を置いており、種名については階級に基づいた既存の命名規約 （ICN,ICZN,ICNB,ICTV）に委ねることになっている。なお、日本語の「学名」はこれらの命名規約に従うものを指すため、本記事ではPhyloCodeに基づくものは単に「名前」とする（英語では必ずしも呼び分けられず、実際の規約でも「name」と呼ばれる）。PhyloCodeは、既存の学名を置き換えるものではなく、あくまでその補完を目指すものとされる[1][2]。

PhyloCodeは、ISPNの管理下にある[3]。PhyloCodeに基づいた命名は、2020年の『Phylonyms』出版により、初めて行われた。また、それらの名前についてはオンラインデータベースの『RegNum』が準備されている。目次

1 概要

2 系統の命名

3 バージョン

4 構成

4.1 目次


5 登録データベース

6 歴史

6.1 影響


7 将来

8 脚注

9 文献

10 外部リンク

概要

PhyloCodeは、どの名前及び定義が有効で、どの名前がホモニム[4]またはシノニム[5]で、どの名前が実際に使われるべきか（ふつうは最初に登録されたもの）といったことを定めることで、系統の命名規約としようとする[6] 。PhyloCodeでは、単系統群のクレードに対する名前のみが認められ、側系統群や多系統群は認められず[7]、定義には標本・種・共有派生形質のみが用いられる[8]。
系統の命名

階級に基づいた命名規約 (ICN,ICZN,ICNB,ICTV)とは異なり、PhyloCodeは階級の使用を必須としないが、用いてもよい[9][10]。

階級に基づいた命名規約は、属や科などの階級を用い、通常はタイプ標本またはタイプ分類群によって[11]を分類群を定義している。ここでは、ある名前の分類群がタイプ以外に何を含むかは限定されない。

一方、系統の命名においては、ある名前の分類群が実際に何を含むかということは、系統（祖先と子孫）に基づいて定義・限定され、実際の生物を指定するのには種・標本・共有派生形質が用いられる。定義はその分類群の共通祖先に関するもので、実際の分類群はその全ての子孫を含むグループとなる。したがって、系統的に定義された分類群が実際に何を含むかは、どの系統仮説を採用するかに依存する。

以下は系統的な定義の例である[12]。

分岐点（ノード）に基づく定義: AとBの最も近い共通祖先に由来するクレード」または「AとBを含む最小のクレード。

枝（ブランチ）に基づく定義: Zとの共通祖先よりAとの共通祖先の方が新しいすべての生物または種にＡ自身を加えたクレード」または「Aを含むがZは含まないクレードのうち最大のもの。ステムに基づく定義とも。

派生形質（アポモルフィー）に基づく定義: Aのもつ派生形質Mを有する最初の生物または種に由来するクレード。

これら以外にも、現生種がいるかどうかなど、他の基準を加えた定義も可能である。

以下の表では、従来の命名規約に基づいた階級のある分類群を、系統によって定義した例を示す。以下における哺乳類のように、ノードに基づいた定義において、現存する標本・種のみが用いられる場合、 それはクラウングループとなる。（伝統的な定義では、哺乳類は化石でしか見つかっていないグループを含めた、クラウングループより広いものとなる[13]。）

学名階級タイプ系統的な定義として可能な例
ティラノサウルス科
Tyrannosauridae科ティラノサウルス
Tyrannosaurus
Osborn 1905年Tyrannosaurus rex Osborn 1905、Gorgosaurus libratus Lambe 1914、Albertosaurus sarcophagus Osborn 1905を含む最小のクレード
哺乳類
Mammalia綱該当なしヒト（Homo sapiens Linnaeus 1758）とカモノハシ（Ornithorhynchus anatinus Shaw 1799） の共通祖先に由来するクレード
齧歯目
Rodentia目該当なしトウブワタオウサギ（Sylvilagus floridanus Allen 1890）を含まないが、ハツカネズミ（Mus musculus Linnaeus 1758）を含む最大のクレード
新鳥亜綱
Neornithes
(現生鳥類)亜綱該当なしイエスズメ（Passer domesticus Linnaeus 1758）を含むがステゴサウルスの1種Stegosaurus armatus Marsh 1887を含まないような最大のクレードに属する全ての現生種の最も新しい共通祖先に由来するクレード
四肢動物
Tetrapoda上綱該当なしヒト（Homo sapiens Linnaeus 1758）に遺伝した指趾のある肢を持つ最初の祖先に由来するクレード

バージョン

PhyloCodeの草案は何回かの改訂を経ている。 古いバージョンはすべてWebサイトに残っている。2020年1月時点での最新版であるバージョン5は、2014年1月に完成し、2019年1月21日にリリースされたものである。
構成

他の命名規約と同様に、PhyloCodeの規則は各条にまとめられ、各条はさらに各章にまとめられている。条には注釈や、例、勧告が含められている。
目次

⇒序文 ( ⇒引用文献 を含む)

⇒前文

⇒第1節 原則

⇒第2節 細則

⇒第1章 分類群 (第1-3条)

⇒第2章 公開 (第4-5条)

⇒第3章 名称 (第6-8条)

⇒第4章 クレード名 (第9-11条)

⇒第5章 名称の選定 (第12-15条)

⇒第6章 雑種に関する規定 (第16条)

⇒第7章 正書法 (第17-18条)

⇒第8章 命名者 (第19条)

⇒第9章 命名者および登録番号の引用 (第20条)

⇒第10章 種名 (第21条)

⇒第11章 管理 (第22条)


⇒用語集

⇒目録

⇒付録

⇒付録A 登録手順とデータ要件

⇒付録B 倫理規定


登録データベース

まだ実現してはいないが、PhyloCode に関連するデータベースとしてRegNum があり、ここに全てのクレード名と定義が登録・保存される[14]。これにより、クレード名を定義に関連づける一般利用可能なツールが提供されることとなり、さらにTreeBASEなどの系統樹データベースを介して下位分類群や標本とも関連づけられることが期待される。

しかしながら、現在のところ、 RegNum の最も重要な目的は、シノニムのホモニムのうちどれを用いるべきかを、（保存名の場合を除き）登録番号の最も若いものとして決定することである。
歴史

(PhyloCode の序文[15]の要約)

PhyloCodeは、1998年8月にハーバード大学において開かれたワークショップで、その範囲と内容が決められたことから始まった。後にさらに数人がプロジェクトに加わり、ワークショップ参加者の多くと共にアドバイザーとして貢献した。 2000年4月、ウェブ上で草案が公開され、科学界からのコメントが求められた。

2002年7月にイェール大学で第2回ワークショップが開催され、PhyloCode の規則と勧告にいくつかの変更が加えられた。 その他にも何度か改訂が実施されている。