当初のヘイズの脚本では次のようなストーリーとなっていた。「近未来の人類社会では、人類はペストによって絶滅寸前にあった。遺伝学者ウィル・ロビンソンは、ペストは旧石器時代に遺伝的に組み込まれたものだと論じ、妊娠中だった同僚ビリー・レイ・ダイヤモンドと共に石器時代にタイムスリップして原因を探ろうとした。そこで二人は、人類がドレイク将軍の率いる進化した猿類と生存戦争を繰り広げている事実を知り、その中で二人はアヴィという次の進化の段階を経た人類の少女を発見する。戦場の中で、二人は猿類が人類を死滅させるウイルスを開発したことを知り、二人は協力してウイルスからアヴィを守り、未来の人類の生存を確保する。人類を守った後、ビリー・レイは男児を出産し、アダムと名付けた」[8]。
脚本を読んだピーター・チャーニンは、「私が読んだ脚本の中で最良のものだ」と絶賛した[8]。チャーニンは『Return to the Planet of the Apes』の続編やスピンオフのテレビドラマの製作に期待していた[10]。1994年3月にはアーノルド・シュワルツェネッガーのロビンソン役での起用が決まった。また、特殊メイクにはベイカーの代わりにスタン・ウィンストンを起用し、監督にはフィリップ・ノイスが起用された[7][10][11]。しかし、20世紀フォックスはヘイズの脚本に対するストーンの解釈に不満を抱いた。マーフィーは「テリーは『ターミネーター』を書き、フォックスは『原始家族フリントストーン』を望んでいた」と述べた[8]。20世紀フォックスはコメディ要素を盛り込むように求めたが、ヘイズはこれを拒否したため解雇され、ノイスも『セイント』製作のため1995年12月に監督を離れた[7][8]。 その後、ストーンも他の映画の製作に専念するため降板し、チャーニンはトーマス・ロスマン
クリス・コロンバスの企画
ハムの脚本では次のような物語となっていた。「ニューヨーク港に猿の宇宙飛行士が操縦する宇宙船が不時着し、未知のウイルスが蔓延し人類が絶滅寸前となる。アメリカ疾病予防管理センターの職員スーザン・ランディス博士とエリア51の科学者アレクサンドル・トロイ博士は、解毒剤を見付けるため猿の宇宙船に乗り込み未知の惑星に向かうが、その惑星ではザイアス卿の率いる猿類が文明の支配者として人間狩りを行っていた。ランディスとトロイは解毒剤を見付け地球に帰還するが、二人が帰還した地球では74年間が経過して猿の文明が成立しており、自由の女神像は猿の顔に彫り直されていた」[12]。
主演は引き続きシュワルツェネッガーの予定となっていたが、1995年後半にコロンバスは『ジングル・オール・ザ・ウェイ』製作のため降板し、20世紀フォックスは1996年1月にローランド・エメリッヒに監督就任を打診した[7]。同時に『タイタニック』製作中のジェームズ・キャメロンにも監督就任を打診したが、彼は『タイタニック』の興行的成功後に打診を断った[12]。