Open Babel
開発元Open Babel development team
初版2005年6月2日 (18年前) (2005-06-02)
最新版3.1.1 / 2021年5月9日 (3年前) (2021-05-09)
リポジトリgithub.com/openbabel/openbabel
Open Babelは フリーソフトウェアであり、主に化学構造ファイルフォーマット（英語版）を変換するために用いられる化学ツールである[2] 。情報学との関連が強いため、このプログラムは分子モデリング（英語版）というよりはケモインフォマティクスに属するものといえる。Windows、UNIX、Linux、macOS、Androidで利用可能で、GNU GPL 2.0ライセンスのもとで配布されている。
このプロジェクトでは、「Open Babelが、クロスプラットフォームなプログラムとして、ユーザーと開発者をともに支援するコミュニティ指向の科学的プロジェクトとなり、ファイル形式とデータの内部変換を含む分子構造モデリング（英語版）、化学、その他の多くの関連分野を支援するように設計されたライブラリとなる」ことを目標と掲げている。 Open BabelとJOELib
歴史
主な機能
110種以上の化学構造ファイルフォーマット（英語版）をサポート
相互変換
分子探索
キラリティの検出
分子の重ね合わせ
R・C++・C#・Java・Perl・Python・Ruby・Scalaインターフェイス
SMARTS記法を用いた部分構造フィルタリング
分子動力学法による構造最適化
水素原子の付加・削除
フィンガープリント計算
脚注^ “Debian -- Details of package openbabel-gui in jessie”. 2017年3月10日閲覧。
^ O'Boyle, N. M.; Banck, M.; James, C. A.; Morley, C.; Vandermeersch, T.; Hutchison, G. R. (2011). “Open Babel: An open chemical toolbox”. Journal of Cheminformatics 3: 33. doi:10.1186/1758-2946-3-33. PMC 3198950. .mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}PMID 21982300. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3198950/.
参考文献
The Blue Obelisk-Interoperability in Chemical Informatics, Rajarshi Guha, Michael T. Howard, Geoffrey R. Hutchison, Peter Murray-Rust, Henry Rzepa, Christoph Steinbeck, Jorg K. Wegner, and Egon L. Willighagen, J. Chem. Inf. Model.; 2006; doi:10.1021/ci050400b
関連項目.mw-parser-output .side-box{margin:4px 0;box-sizing:border-box;border:1px solid #aaa;font-size:88%;line-height:1.25em;background-color:#f9f9f9;display:flow-root}.mw-parser-output .side-box-abovebelow,.mw-parser-output .side-box-text{padding:0.25em 0.9em}.mw-parser-output .side-box-image{padding:2px 0 2px 0.9em;text-align:center}.mw-parser-output .side-box-imageright{padding:2px 0.9em 2px 0;text-align:center}@media(min-width:500px){.mw-parser-output .side-box-flex{display:flex;align-items:center}.mw-parser-output .side-box-text{flex:1}}@media(min-width:720px){.mw-parser-output .side-box{width:238px}.mw-parser-output .side-box-right{clear:right;float:right;margin-left:1em}.mw-parser-output .side-box-left{margin-right:1em}}ポータル FLOSS
化学データベース
Ghemical（英語版） - Openbabelに基づいた分子力学プログラム
JOELib（英語版） - OpenBabel/OELib（英語版）のJava版
XDrawChem - OpenBabelに基づいた2D 描画プログラム
分子モデリングソフトウェア（英語版）
Blue Obelisk（英語版）
外部リンク
OpenBabelホームページ
⇒blueobelisk.org
⇒E-BABEL 対話式のOpenBabel - Virtual Computational Chemistry Laboratory
⇒Online Molecule Format Converter
Geoff Hutchison(プロジェクトの先導的開発者)のポッドキャストでのインタビュー ⇒chemCast Episode 003
⇒Design flaws in OELib
表
話
編
歴
計算化学ソフトウェア
ケモインフォマティクス
オープンソース
Avalon Cheminformatics Toolkit
Bioclipse
Blue Obelisk
Chemistry Development Kit
ECCE
JOELib
OELib
Open Babel
RDKit
プロプリエタリ
Canvas
Chemicalize
Discovery Studio
化学反応速度論
オープンソース
APBS
Cantera
KPP
プロプリエタリ
Autochem
Chemical WorkBench
CHEMKIN
COSILAB
DelPhi
Khimera
分子モデリングおよび可視化
分子グラフィックスシステムの一覧
オープンソース
Ascalaph Designer
Avogadro
BALL
Biskit
CPMD
Gabedit
Ghemical
Jmol
Molekel
PyMOL
QuteMol
RasMol
プロプリエタリ
Abalone
ACD/ChemSketch
Atomistix ToolKit
ChemDraw
EzMol
Gaussian
HyperChem
Maestro
MarvinSketch
MarvinView
MODELLER
Molecular Operating Environment
Spartan
