ヌーペディアが上手く機能できなかったことの反省点として、サンガーは、複雑なシステムでも指示さえ明確にしていれば我慢強く利用してくれると思い込んでいたことを挙げている[26]。ウェールズは、2007年のインタビューでヌーペディアが失敗した理由を尋ねられて、「なぜ失敗したかというと、参加するのが難しかった、そして面白くなかったのが理由だと思います 」[43]と振り返っている。
仕組みと編集方針

ヌーペディアの記事の利用許諾ライセンスは、GNUのライセンスを基にしたヌーペディア・オープン・コンテント・ライセンス(Nupedia Open Content License)が作られ、採用されていた[44]。このライセンスでは、ウィキペディアのように記事作成者ではなく、サイトに出資するボミスが著作権者となっていた[45]。ただし、途中からGNUフリー・ドキュメンテーション・ライセンス(GNU Free Documentation License)に移行している[44]。サイトのソフトウェアはNupeCodeという共同作業用のソフトウェアで動いていた[46]。閲覧は無料で、広告を掲載することで収益を確保する予定だった[2]。

記事の執筆や査読はボランティアによって行われた[44]。ラリー・サンガーが編集主幹の役職を務め、彼のみがボミスに雇われる形で有給でヌーペディアの編集に携わっていた[47]。博士号取得者、大学の教授、その他実績のある専門家を対象に参加者を募っていた[22][48]。記事が公開されるまでに厳格な7段階の工程を経る必要がある。記事の作成から公開までのプロセスは次のようになっている[49]。
割り当て

リード・レビュアーの選定

リード・レビュー

オープン・レビュー

リード・コピー・リーディング

オープン・コピー・リーディング

最終承認とマークアップ

執筆の方針やガイドラインを備えており、ウィキペディアの中核方針の1つである「中立的な観点」の原形も、この中にすでに存在していた[50]。記事の難度は、予備知識の無い大学生が読んで理解できる程度のレベルを目標としていた[51]。
完成した記事

完成した記事の一覧を投稿順で以下に示す。ヌーペディアが閉鎖する直前の2003年8月8日付のインターネットアーカイブより[1]。

投稿順記事参考日本語名
1Atonality (brief version)無調（ショート版）
2Hydatius (brief version)ヒュダティウス（ショート版）
3The Donegal Fiddle Tradition (brief version)ドニゴール・フィドル音楽の様式（ショート版）
4Irish Traditional Music (brief version)アイリッシュ伝統音楽（ショート版）
5Atonality (longer version)無調（ロング版）
6Classical Era (Music) (longer version)古典派音楽（ロング版）
7Classical Era (Music) (brief version)古典派音楽（ショート版）
8Charles S. Peirce (brief version)チャールズ・サンダース・パース（ショート版）
9Herodotus of Halicarnassus (brief version)ハリカルナッソスのヘロドトス（ショート版）
10The SNOBOL 4 Programming Language (brief version)プログラミング言語SNOBOL4（ショート版）
11Vergil (brief version)ヴァージル（ショート版）
12Procopius of Caesarea (brief version)プロコピオス（ショート版）
13Pylos (brief version)ピュロス（ショート版）
14Case-Based Reasoning (brief version)事例ベース推論（ショート版）
15The Theory of Computation (brief version)計算理論（ショート版）
16New Zealand (brief version)ニュージーランド（ショート版）
17Karl Raimund Popper (brief version)カール・ライムント・ポパー（ショート版）
18Functional Programming (brief version)関数型プログラミング（ショート版）
19Genotype and Phenotype (brief version)遺伝子型と表現型（ショート版）
20Plasmids (medium-length)プラスミド（ミドル版）
21Polymerase Chain Reaction (brief version)ポリメラーゼ連鎖反応（ショート版）
22Foot-and-Mouth Disease (brief version)口蹄疫（ショート版）
23Polymerase Chain Reaction (longer version)ポリメラーゼ連鎖反応（ロング版）
24Imperative Programming (brief version)命令型プログラミング（ショート版）
25The Quasispecies model (brief version)疑似種モデル（ショート版）
26Bacteria (brief version)細菌（ショート版）
27source code (brief version)ソースコード（ショート版）

脚注[脚注の使い方]^ a b “NUPEDIA: NEWEST ARTICLES”. Nupedia. Bomis. 2003年8月10日時点の ⇒オリジナルよりアーカイブ。2015年7月22日閲覧。