吉本興業ホールディングスの子会社であるKYORAKU吉本.ホールディングスが事業者となっている[注釈 16]。2016年10月、AKB48の運営会社であるAKSに運営権を譲渡したが、2019年6月に復帰した[4]。同年12月よりShowtitleがマネジメントを担当しており、実質的な運営も行っていた[4]。また、所属事務所と異なる系列のレーベルである他の姉妹グループと違い、所属レーベルのよしもとミュージック（laugh out loud! records）も吉本興業ホールディングスの子会社である。なお、NMB48メンバーがAKB48グループとして活動する場合はAKSが統括する。

NMB48の商標権は、AKSではなく、運営会社のKYORAKU吉本.ホールディングスが保有している[1]。このため関連商品に標記される著作権標記は「cNMB48」あるいは「cNMB」となっている。

総合プロデューサーは姉妹グループと同様に秋元康であるが、プロジェクトプロデューサーである剱持嘉一が事実上の運営の最高責任者であり、チーフマネージャーの關根清隆が各種活動やメンバー、スタッフの統括を担っている。さらに、姉妹グループと同様、「劇場支配人」と呼ばれる役職が置かれている。シングル発売後行われる握手会においては「支配人部屋」が設けられ、劇場支配人に対するファンの意見陳述の場となっている。NMB48劇場支配人は発足時から一貫して金子剛が務めていて、2013年1月のAKB48リクエストアワーにおいて姉妹グループの支配人異動が発表された際も留任となっている。
略歴
2010年

7月10日、代々木第一体育館で行われたAKB48のコンサート『サプライズはありません』において、NMB48のプロジェクト開始が発表される[25]。

10月9日、東京・葛西臨海公園で行われた『Visit Zooキャンペーン応援プロジェクト AKB48 東京秋祭り supported by NTTぷらら』において、1期研究生26名がお披露目[5]。同日放送の『スター姫さがし太郎』でも紹介され、その後も密着取材が続いた。

12月31日、『第61回NHK紅白歌合戦』に初めてAKB48として出場[26]。

2011年

1月1日、1期研究生の選抜メンバー16名により、NMB481期研究生公演『誰かのために』初公演を行う[14][27]。

3月10日、1期研究生から選抜された16名により、チームNを結成[28][29]。

4月4日、チームN劇場初公演。

5月25日、AKB48の21stシングル「Everyday、カチューシャ」がリリースされ、山本彩と渡辺美優紀がNMB48のメンバーとして初の選抜入り[30]。

5月 - 6月、『AKB48 22ndシングル 選抜総選挙「今年もガチです」』（第3回選抜総選挙） で山本彩がアンダーガールズ入り。

7月16日、選抜じゃんけん大会の予備戦[注釈 17]が行われ、これを勝ち抜いた山口夕輝・肥川彩愛・島田玲奈・藤田留奈・與儀ケイラが本戦出場権を獲得[31]。

7月20日、デビューシングル「絶滅黒髪少女」をリリースし、オリコン週間チャート1位を記録[8]。

8月13日、2期研究生劇場初公演[32]。

9月20日、日本武道館で『AKB48 24thシングル選抜じゃんけん大会』が開催され、山口夕輝・肥川彩愛が選抜入りとなる。

10月26日、2ndシングル「オーマイガー!」をリリースし、デビューから2作連続となるオリコン週間チャート1位を記録[33]。さらに女性グループ史上初の快挙となるデビューから2作連続での初週売上20万枚突破[33]。

2012年

1月26日、1期研究生5名と2期研究生11名の計16名によりチームMを結成[34]。

2月8日、3rdシングル「純情U-19」をリリースし、デビューから3作連続となるオリコン週間チャート1位と初週売上20万枚超えを記録[9]。ともに女性アーティスト史上初の快挙となる[9]。

3月2日、初の公式ガイドブック『NMB48 COMPLETE BOOK』（光文社）を発売[35]。

3月24日、コンサート『業務連絡。頼むぞ、片山部長! inさいたまスーパーアリーナ』で、チームN渡辺美優紀のAKB48チームBとの期間限定兼任を発表[36]。過去にAKB48の楽曲へ参加した例はあるものの、NMB48とAKB48を兼任するのはNMB48のメンバーでは初の例となる。