2000年度（平成12年度）から5:00起点の24時間放送を実施[注 49]。2006年度（2006年4月3日月曜深夜以降）は基本的に5:00から翌日2:00の21時間放送とし、特別編成や災害・地震などの緊急報道が行われる場合およびその日の総合テレビの管内全域放送休止による終夜放送振り替えを除き放送休止となる。

なお、送信所の点検・整備を行う場合を除き、原則として停波は行われない。「緊急ニュース等がある際には 総合テレビをお休みしている地域では ご覧のチャンネルでお伝えします（一部地域を除く）」の告知画面となる。この告知は東京の放送センターから送信しているため「NHKEテレ」→「NHKE」のウォーターマークも表示されたままとなる。ちなみに総合テレビが停波（放送休止）する場合、その日の総合テレビ放送休止対象地域のみ終夜放送し、緊急放送に備える。放送局管内全域で休止となる場合に限られ、送信所個別による放送休止では適用されない。ただし、放送局管内全域で総合・教育とも休止となる場合もある。

休止中は各地の放送局で独自の試験を行うことがあるが、4:35からは、全国共通で5.1チャンネルサラウンドステレオ、2重音声やマルチ編成などの試験を行っている。