また、地震や津波、さらに周辺近隣諸国の危険行為に伴いJアラートが発動し、避難指示・勧告などが発令された場合の際には全波共通放送（緊急警報放送）、阪神・淡路大震災や新潟県中越地震・東日本大震災では「安否情報」を編成。通常放送に戻す場合でも状況に応じて字幕情報を放送する。1995年の阪神・淡路大震災では1月17日から5日間、通常番組を全日、または一部休止し、安否情報特番を行ったが、数日間にまたいで教育テレビの番組を差し替えたケースはこのときが初であった。また2011年の東日本大震災においても、3月11日の震災発生時から3月18日24時の放送終了まで通常番組の大半を休止した。特に11日の発生当初から3月13日の2日半は、当初から予定していた番組を全休し、地震・大津波警報についての報道、安否情報放送を行い、3月14日以後は視聴者保護のため、一部の児童向け番組（7・8時台と16・17時台）に限り通常編成に戻した[30]。また、18日までBS2とサイマル放送を行った。この他、1983年の日本海中部地震による大津波が発生した時にも、数時間、総合テレビ・ラジオ第1・第2・FMとの5波全中[注 40]が、1989年の昭和天皇崩御に際しても、宮内庁によって発表された午前8時前後と、新元号が発表された午前10時前後に7（8）波全中としてその関連放送が実施されている。その他、災害時の緊急報道の際は総合テレビでの関東地方もしくは関東甲信越ブロック向けのローカルニュース・気象情報がEテレで全国向けに差し替え無しでそのまま放送される場合もある（2022年1月16日のトンガ海底火山噴火津波発生時などが該当[注 41]）。

また2005年9月6日のように、総合テレビで選挙の政見放送が放送される場合は、政見放送のスケジュールが公職選挙法の取り決めで変更することができないため、突発的な事件・事故が起こった場合などに教育テレビで番組を差し替えて放送するケースもある。

昭和天皇が崩御した際、NHKは当初全波で関連特別番組を放送していたが、崩御の報道が最初にされた2時間後程で、教育テレビについては各地の放送局の判断で順次通常番組に戻していった。このため、CSも民放BSもなかった当時、教育テレビは総合・BS2や民放が特別編成を実施した2日間、日本のテレビで、当チャンネルとBS1[注 42]の2局[注 43]だけが通常番組を放送する局となった。詳細は「1989年のテレビ (日本)」を参照

2010年6月11日に総合テレビで放送された『いよいよ開幕　世紀の祭典を楽しもう! ?2010 FIFAワールドカップ?』（19:30 - 20:45）は北海道地方では特別番組『生中継!YOSAKOIソーランナイト2010』（19:30 - 20:45）を優先したため、教育テレビで編成した。
デジタル放送

2003年（平成15年）から地上デジタルテレビ放送が始まった（リモコンキーIDは全放送局で例外なく「2」）。2004年9月から一部時間帯でマルチ編成を実施している。022chと023chで別の番組（過去に教育テレビなどで放送された番組やNHKワールドTVの番組の放送）を放送、2006年4月以後は023ch（サブチャンネル3）のみ実施。2007年度（平成19年度）は主に22:00以降に放送している趣味・教養番組を翌日20時から放送するほか、土曜・日曜は他の時間帯も含めてもう一度1週間分すべてを放送している。2009年度のマルチ編成は夜間の編成が廃止された代わりに、夕方14-15時台に組み、更に2010年度で、14時台の廃止（金曜日は継続）の代わりに早朝5時台に『NHK高校講座』の再放送（月 - 木）を編成。2011年度は月 - 水曜日が14:00 - 15:00、木・金曜日が14:00 - 15:30。

マルチ編成はメインチャンネル（021）、サブチャンネル（023）とも標準画質でBS1、三重テレビなどのようにメインチャンネルが、チバテレのようにサブチャンネルもハイビジョン画質にはなっていない。

また、BS1、BS日テレ、WOWOWとは異なり色ボタンでは、選局できない。

なお、高校講座のマルチチャンネル編成による「アーカイブ」放送（半年ずれ）は、インターネットのオンデマンド配信の普及、並びに2025年度に予定されるNHKラジオ第2放送の廃止計画などに伴う抜本的な編成変更により、2023年9月をもって終了され、10月以後は当該時間帯（2023年度上半期は平日10時台）のマルチ放送がなくなった。

2007年（平成19年）9月7日の夜のマルチ編成では、前日に総合テレビで台風情報を放送したことに伴い教育テレビに移動して来た『世界体操競技選手権』により放送されなかった番組をマルチ編成の方が先行して放送する形になった。

近年多くの全国紙や地方紙やブロック紙が第2テレビ・ラジオ番組面でデジタルサブチャンネルの番組表を掲載するケースが増えている。『朝日新聞』はEテレの番組の末尾に、『日本経済新聞』はメインテレビ面（中面）の総合テレビの番組の下に掲載している。なお掲載サイズはいずれも小サイズ、または極小サイズである[注 44]。かつては『北海道新聞』でもデジタルサブチャンネルの番組表を掲載していたが、2011年10月以降は掲載されていない。

地上デジタル放送開始後もハイビジョン番組が少なく、4:3標準画質で制作された番組が多かった。2008年（平成20年）4月以降、標準画質のマルチ編成でも16:9の画面比率で制作された番組は増加の傾向にあり、標準画質制作された番組にサイドパネルを付けてハイビジョン画角で放送することも増えた。総合テレビと同じく4:3番組では画角情報も送信されている。

完全停波しない限りデータ放送もEPGも利用可能となっている。かつては放送休止中はデータ放送が利用できなかった[注 45]。

総合テレビと併せて受信機のファームウェアアップデートなどのエンジニアリングサービスのデータを送信している。
データ放送

データ放送は地域ごとによる差し替えはなく、全国一律の内容となっている。主に、『きょうの料理』など、教育テレビ（Eテレ）で放送されている番組と連動した構成になっている。2009年度（平成21年度）・2011年度（平成23年度）・2015年度（平成27年度）にトップページのリニューアルを実施。
ワンセグ放送

NHKは放送法令等の規定により、ワンセグ放送は通常のデジタル放送（12セグ放送）とのサイマルを続けてきたが、2009年（平成21年）4月6日から、民放に続いて、ワンセグ独立放送を開始することとなった。その後、2009年（平成21年）2月18日に概要を発表し、この独立放送を「NHKワンセグ2」と命名。

開始時点では、月曜から金曜までの12時から1時間、同日の深夜及び土曜の13時から1時間、12セグとは別の番組を放送。その後、実績を踏まえ編成・番組の見直しが随時行われていた。総合ではなく教育とした理由は、教育が全国完全同一放送を基本としていること、この時間帯の総合はニュースなど、発局が入れ替わり立ち替わりとなる状態で技術的な難しさがあることとなっている。

2012年度から月-金曜12時台の生放送の帯番組を廃止するなど、ワンセグ用の独自番組の差し替えが大幅に削減され、2014年度は『青山ワンセグ開発』と『ワンセグ☆ふぁんみ』、および一部のミニ番組のみだったが、2015年3月をもってこれらはすべて終了となり、事実上ワンセグ2は廃止となった[注 46]。

また、ワンセグでは、開始・終了時の法定局名表示は各局の表示ではなく、全国裏送りの回線で表示される「NHK教育テレビジョン」の統一表示であり、番組も全国共通の内容で、地域ごとの差し替え番組は放送されない。
放送形態詳細は「日本放送協会の放送形態」を参照

編成上の1年の基点は原則として4月第1月曜日であるが、暦の関係で3月最終月曜日となる場合もある[注 47]。ただし学校放送については、3月最終週が春休みと重なるため、ほぼ必ず4月第1月曜に新番組へ更新される。
ネットワークEテレのリモコンキーID。