このほか、囲碁・将棋・俳句・短歌を扱った番組、科学番組などを放送。報道に関する番組はほとんどないが、耳が聞こえない・聞こえにくい人も対象にした「NHK手話ニュース」を放送している。

教育やくらしといった真面目な番組を中心とする一方で、1990年代以降、『ハッチポッチステーション』、『ストレッチマン』、『ピタゴラスイッチ』のようなシュールな番組を制作することでも知られる。学校放送や語学番組、若者向け番組ではアイドルやお笑い芸人が出演したり、バラエティー番組の演出を取り入れたりと、内容を時代の波長にわずかながら合わせている箇所もある。普段テレビでは姿を見せない人選や、声優が顔出しで出演していることもある。そのためか教育テレビの熱狂的ファン層が存在し、教育テレビを特集した雑誌もある。

教育テレビで放送される番組の多くは、東京のNHK放送センターで制作されているが、中には、『バリバラ?障害者情報バラエティー?』（大阪局）や『中学生日記』（名古屋局）、『俳句王国』（松山局、BS2から移動）など、NHK放送センター以外で制作されている全国向け番組もある。この他、各地の放送局が制作する地域向け番組も教育テレビで放送される事がある。

なお、毎年12月31日から1月3日（曜日配列によっては12月30日、1月4日も。2013年12月30日が該当(1月4日は現時点で該当なし。)）は通常の番組編成を深夜の一部を除いてほぼ全て休止し、年末年始特別番組編成が行われる。ちなみに毎年12月31日は8時台から18時台まで、NHKで放送されているアニメ作品の特番を放送することが恒例だったが、ポケモンショックが起きた翌年の1998年（平成10年）より長時間の編成はされなくなった。2004年（平成16年）以降の年末年始からは本放送中の作品を中心とした数話連続放送が行われるようになっている。また、近年では『おかあさんといっしょファミリーコンサート』等の再放送も行われる。

また学校の休校シーズンに当たる7月下旬 - 8月末、12月中旬 - 1月初旬、および3月下旬については、『手話ニュース』や一部の生活・福祉情報・教養・スポーツ中継番組などを除き、新規の番組制作を休みにし、これまでに放送された番組の再構成番組（学校番組は「（夏・冬・春）のテレビクラブ」名義のコンプレックス形式。ただし実際の放送ではこのタイトルは出ない）を中心とした内容になる。
番組の差し替え

基本的に番組編成の差し替えは行わず、ラジオ第2など他の一部のチャンネルも同様である。ただ、番組編成の差し替えという例は教育テレビではラジオ第2より多い。2012年度で定時に差し替え放送が行われるのは近畿地方[注 36]と沖縄県[注 37]のみ。

国会中継、大相撲中継、高校野球やオリンピックなどのスポーツ中継を総合テレビから代替放送[注 38]する事がある。高校野球の地方大会やNHK全国学校音楽コンクールの地方大会など各放送局が独自編成することがある。またそれらローカル番組と総合テレビの長時間特番が重複した場合、特番を当該時間帯のみ教育テレビにリレーすることがある[注 39]。

また、地震や津波、さらに周辺近隣諸国の危険行為に伴いJアラートが発動し、避難指示・勧告などが発令された場合の際には全波共通放送（緊急警報放送）、阪神・淡路大震災や新潟県中越地震・東日本大震災では「安否情報」を編成。通常放送に戻す場合でも状況に応じて字幕情報を放送する。1995年の阪神・淡路大震災では1月17日から5日間、通常番組を全日、または一部休止し、安否情報特番を行ったが、数日間にまたいで教育テレビの番組を差し替えたケースはこのときが初であった。また2011年の東日本大震災においても、3月11日の震災発生時から3月18日24時の放送終了まで通常番組の大半を休止した。特に11日の発生当初から3月13日の2日半は、当初から予定していた番組を全休し、地震・大津波警報についての報道、安否情報放送を行い、3月14日以後は視聴者保護のため、一部の児童向け番組（7・8時台と16・17時台）に限り通常編成に戻した[30]。また、18日までBS2とサイマル放送を行った。