2000年度（平成12年度）から5:00起点の24時間放送を実施[注 48]。2006年度（2006年4月3日月曜深夜以降）は基本的に5:00から翌日2:00の21時間放送とし、特別編成や災害・地震などの緊急報道が行われる場合およびその日の総合テレビの管内全域放送休止による終夜放送振り替えを除き放送休止となる。
なお、送信所の点検・整備を行う場合を除き、原則として停波は行われない。「緊急ニュース等がある際には 総合テレビをお休みしている地域では ご覧のチャンネルでお伝えします（一部地域を除く）」の告知画面となる。この告知は東京の放送センターから送信しているため「NHKEテレ」→「NHKE」のウォーターマークも表示されたままとなる。ちなみに総合テレビが停波（放送休止）する場合、その日の総合テレビ放送休止対象地域のみ終夜放送し、緊急放送に備える。放送局管内全域で休止となる場合に限られ、送信所個別による放送休止では適用されない。ただし、放送局管内全域で総合・教育とも休止となる場合もある。
休止中は各地の放送局で独自の試験を行うことがあるが、4:35からは、全国共通で5.1チャンネルサラウンドステレオ、2重音声やマルチ編成などの試験を行っている。アナログ放送では14:9、16:9の画角切り替えの試験も行われている[注 49]。なお、青森放送局では、アナログ放送終了までアナログ放送では途中で停波した。
また、やむを得ずごく一部の地域で日中の時間帯に2分ほど放送休止となる場合もある[注 50]。
他に年2回[注 51]の放送機器メンテナンスの実施日と、年末年始[注 52]、夏季の『NHK高校講座ライブラリー』の放送ストック調整のための休止日は下表の表記時間より25-90分の範囲で放送終了を繰り上げた。
2007年度（平成19年度）以後は『高校講座ライブラリー』が月曜 - 木曜深夜（2007年度は1:30-3:00）に移動などの編成替え、更に2008年度（平成20年度）からの地球環境対策（後述）の一環での時間短縮などで以下の表のとおり放送終了時間が設定されている。特に、2012年度からは地デジへの完全統合のため、高校講座ライブラリーの時間を月-金曜の日中にマルチチャンネル編成で行うなど、地球温暖化抑制のための取り組み強化のため、更に放送終了が繰り上げられており、2019年度からはさらに0時台の段階での放送終了日が強化されている。2019-20年度は月・火・日曜が翌日の0:45-50の間で終了していたが、2021年度はさらに増え、水曜のみ同1:00までの放送となっている以外は0時台での終了となり、特に月・火・木・土曜日は0時台前半での終了となった。なお、2021年度は、夏期の東京オリンピック開催による日中の競技中継実施により、日曜日の『第71回NHK杯テレビ将棋トーナメント』と『第69回NHK杯テレビ囲碁トーナメント』が深夜に繰り下げとなった為、臨時で深夜放送が復活した[注 53]。
2023年度[31]は0時（前日24時）台を「戦略的アンコール枠」と位置付け、全体的に1時（同25時）台前半まで放送時間を延長する。
なお、1日の放送開始・終了時はそれまでは単に「放送休止」「開始・終了映像」としか表記されていなかったが、2021年3月29日の新年度番組改編以後、放送開始時[32]は「開くいちにち」、同終了時[33]は「閉じるいちにち」として電子番組ガイド（EPG）に記載されている[34]。それ以前はロダン・考える人の銅像[注 54]、自然の芽吹き、Mr.脳のアニメーションなどが放送開始・終了時（終了時は国旗掲揚と君が代の演奏、24時間放送実施時のジャンクションの時間帯は国旗掲揚とファンファーレも）がそれぞれ放送されていた。
年度月曜日 - 木曜日[注 55]金曜日[注 55][注 56]土曜日[注 55][注 57]日曜日
2006年度上半期2:00
（木曜のみ2:30）3:001:00
2006年度下半期月 2:10
火・水 2:00
木 2:30
2007年度3:00原則1:35[注 58]1:500:30[注 59]
2008年度上半期2:45
（月曜日のみ2:50[注 60]）原則2:15（金曜日のみ[注 61]）1:35
2008年度下半期原則1:40[注 61]1:350:35
2009年度2:50原則1:101:150:40[注 61]
2010年度2:40
（木曜日のみ2:50[注 62]）原則1:151:101:00
2011年度2:351:451:200:45[注 63]
2012年度1:25
（木曜日のみ原則2:20[注 64]）原則2:00[注 61]原則1:501:25
2013年度上半期月・火 1:25
水 1:40
木 原則2:20[注 64]原則1:45原則1:351:35
2013年度下半期月 2:05
火 1:25
水 1:40
木 原則2:20[注 64]
2014年度月 1:40
火・水 1:25
木 原則1:50[注 64]2:00原則2:001:10