しかし、これらのサービスを開始することにより、教育テレビの編成における制約が徐々に少なくなっていった。この動きに合わせるかのように、それまで総合で放送されていたジャンルの一部が、衛星テレビジョン本放送開始も相まってジャンル整理の一環として教育テレビに移ってくるようになった。総合で放送されていた子供向け番組は、平成時代に入ると姿を消し、教育テレビに集約された。総合の空いた時間帯には、報道・情報番組が編成されるようになっていった。

なお、衛星放送は当初、1984年5月12日に試験放送の名目で、2チャンネル同時開局して、衛星第2放送を使って教育テレビとの完全サイマル放送を行う予定だったが、ゆり2号aの太陽電池の不具合の発生に伴い、当初総合テレビジョンの完全サイマルを予定していた衛星第1放送のみの開局[12]となった際、一部の番組の時差編成を中心に放送が開始され、1986年12月26日から衛星第2放送が開局後から正式に教育テレビとの完全サイマル[13]に移行した。

その後1987年7月4日から、衛星第1放送が完全自主編成による24時間放送となったのに伴い、地上波難視聴対策放送は衛星第2放送に集約[14]されるが、大半の時間は総合テレビとの同時生放送が主であり、教育テレビは地上波からの時差放送が主となり、1989年6月3日（6月1日より本放送開始）以後[15]は衛星第2放送でも自主編成を主体とした放送に移行したため、地上波の難視聴対策編成は時差編成（報道・スポーツ・連続テレビ小説・大河ドラマ等一部は同時生放送）が主体となる。特に、語学・一般向け教養番組は深夜0-3時台、学校向け放送は4時台[16]に編成されることが多くなる。2011年3月31日でBS2の放送が終了、NHK BSプレミアムへ移行[17]し、（新）BS1同様完全自主編成となったため、地上波難視聴対策放送は事実上終了した。ただし、地上デジタル放送の難視聴地域対策の一環で、2010年3月11日より2015年3月31日まで[18]の暫定処置として、BS292を使用した衛星のセーフティーネットによる同時放送は行われていた。
時間枠の拡大・縮小

後述の表でも説明するが、放送開始当初は1日5時間[注 12]で、早朝、および日中のうち午後の時間帯は放送休止となっており、その時間帯は放送設備点検のためのテストパターン画像とレコード音楽を延々流す程度[注 13]だった。その後放送時間の拡大が進み、1964年には午後0時台（午前12時台）の休止が廃止、さらに早朝放送も開始するようになった。終日放送[注 14]となったのは1967年4月度の改編の時である。

時間枠の拡大は、長らく編成上止むを得ずどうしてもという場合に限られていた。山田誠浩のアナウンスによる放送終了告知[注 15]も存在したが、放送されることは極めて稀であった。

教育テレビが大規模に時間枠拡大に向けた動きを見せたのは、1989年（平成元年）11月頭に3夜連続で編成した『Channel E ウィークエンドラリー』が最初であった[19]。ただしこれは終夜放送ではなく、午前2時前後に終了するものであった。実験的編成であったため、この時は継続して行われることは無かった。

1990年代後半になって、少しずつ「24時の壁」が破られるようになる[注 16]。1998年（平成10年）度には語学講座の深夜編成により月-金曜の一部は0:35（放送日基準24:35）終了となった。翌1999（平成11）年度はさらに拡大され、月-金曜は2:00（放送日基準26:00）までに。そして翌2000年（平成12年）には遂に、原則第2・4・5週の日曜深夜=月曜未明[注 17]を除き、5:00基点の24時間放送を開始した。ただ当時は第2・4・5週の日曜の翌日が祝日や振替休日になる場合、放送休止の編成に対する批判の声が多かった[注 18]。大地震や津波が発生した場合以外の自然災害=災害対策基本法履行、及び大事件など有事発生時の速報義務が、いわゆる「全波全中」を伴うものを除き、教育放送系チャンネルには無いため、2000年（平成12年）7月以後も放送休止は全国一斉に行われている。但し24時間放送実施時の平日のメンテナンスは各局任意だった。

しかし、一連の不祥事による受信料収入の減少の影響で、経営再建と経費削減を行う観点から、2006年（平成18年）4月2日から3日にかけての深夜の放送を以って衛星ハイビジョンと共に24時間放送を中止し、深夜は再び原則としてメンテナンスタイム（放送休止枠）に充てることとなった。その後、地球温暖化防止対策として2008年（平成20年）10月からアナログ放送で、翌2009年（平成21年）4月からは三大都市圏のデジタル放送でもそれぞれ完全停波するようになった。ただし、全国放送終了後の深夜時間帯に各地の放送局が不定期にその地域向けに番組を放送する場合もあるほか、高校野球地方大会など地域番組に差し替えた関係で放送できなかった番組の時差放送が行われることもある。なお、休止時間については後述する。

2012年度からは月曜から金曜の放送開始時刻が1999年度から続いていた5:00から5:30に繰り下がることになった。土日は従来どおり5:00開始となる。2015年度は日・月が5時、他が5:30となり、2016年度からは日が5時、それ以外が5:30である。[注 19]
デジタル化

2003年（平成15年）

11月10日 10:00からデジタル放送の試験放送開始[20]。

12月1日 それまでのアナログ放送を置き換えることを主目的としたデジタル放送は、三大都市圏（東京、大阪、名古屋）からスタートした[21]。デジタル放送（アナログ放送は2006年1月）のクロージング時はNHKのロゴを表示した後に『教育テレビジョン』の文字が追加されている。

2008年（平成20年）7月24日よりアナログ放送において、3年後の同日までにアナログ放送が終わる予定であることを周知するためとデジタル放送への円滑な移行を促進するため、画面右上に「アナログ」の字幕を出すようになった。

2010年（平成22年）

2月11日未明まで上下に黒帯が出るときは「アナログ」の表示位置が異なった。

3月11日、DpaがBSデジタル放送の292chで、東京教育デジタルテレビジョンの衛星によるセーフティネット[注 20]を期間限定で始めた。

新年度開始日となった3月29日、アナログ放送では地上デジタル放送の完全移行を前提として、一部を除いて全ての番組が画角16:9のレターボックス放送に移行した。

例外として『NHK手話ニュース』各番組、『てれび絵本』などは4:3コンバートだったが、同年7月5日の放送開始以降は一部のSD4:3制作時代に放送された番組の再放送[注 21]を除いてほぼ全番組がレターボックス16:9となった。

10月25日からは、アナログ総合テレビとアナログ衛星第2テレビで行なっていたアナログ放送終了に関するお知らせが、アナログ教育テレビでも前者2波とともに常時表示の形で実施されるようになった[注 22]。

2011年（平成23年）

3月11日、東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）の発生直後から予定されていた番組のほぼ全てを休止し、津波警報[22]、安否情報・生活関連情報を繰り返し生放送した[23]。同月末での廃局が決まっていたBS2（BSデジタル102ch）でも、衛星によるセーフティーネット（BSデジタル292ch）とは別に、18日まで暫時的に教育テレビの番組の同時配信を実施した。19日以降も暫く一部時間帯で避難所にいる被災者名簿の放送を行った。

この震災により、盛岡・仙台・福島の各局では、アナログの廃局予定が2011年度末に延ばされた。