主人公であるピーター・パーカー（スパイダーマン）は、叔父であるベン・パーカーの死や恋人MJとの破局を乗り越え、ヒーローとして8年に渡り活動を続けていた。
そんなある日、裏社会のボスであるウィルソン・フィスク（キングピン）を捕らえるチャンスが到来する。激闘の末、ついにフィスクを逮捕することに成功するが、逆にニューヨーク全体を未曾有の大混乱に陥れる事件の幕開けになることは知る由もなかった。 フィスクとデーモンが消えた穴を埋めるかのように台頭し始めた犯罪組織マギア。組織内ではニューヨークを支配しようとするドン達の権力争いが勃発していた。 そんな中、突如として現れたかつての恋人フェリシア・ハーディ（ブラックキャット）、マフィアの復興を企む新たな敵ハンマーヘッドがスパイダーマンの前に立ちはだかる。スパイダーマンはニューヨークの街を守るために、シルバー・セーブルらと協力する。
DLC「摩天楼は眠らない」
システム
全般
移動
空中で×ボタンを押したり、壁などの近くの空中でR2ボタンを押し続けたり、街灯や信号機などの上に◎マークが表示されるオブジェクトを正面付近に捉えてR2＋L2を押したり、といった操作をすることでウェブをくっつけて移動することができる。これらが作中における移動の基本で、それぞれウェブ・ジップ、スイング、ポイント・ジップと呼ばれる。ウェブ・ジップは正面に糸を伸ばしてビルなどに貼りつけ、自身を手繰り寄せることで空中でも高度をあまり落とさず正面に移動する。また、方向転換にも便利。ただし、一回使うと一度スイングやポイント・ジップをしないと再使用ができない。ただし、スキル（後述）によって、回数を一回増やすことができる。他二つに比べると、移動の仕方が分かりやすい。スイングは、名前の通り糸にぶら下がることで振り子移動をする。R2を離すか×ボタンを押すとその角度に応じて正面にジャンプする。落下エネルギーを移動速度に転換することができ、R2を振り子の下端辺りで離すことで高速で前方へ移動できる。振り子の最高地点では自動的にジャンプし、勢い次第ではかなりの高度まで移動できる。移動における主要アクションであるが、R2を離すタイミングを把握しないと正確さが求められる状況下では使いづらい。ポイント・ジップは対象となったオブジェクトめがけてウェブを伸ばし、その場所に一気に移動することができる。さらに、その場所に移動する前に×ボタンを押すことで、そこを足場にしてさらに前方へ勢いよくジャンプする「ポイント・ジャンプ」もできる。特定の場所に一気に移動でき、ウェブ・ジップよりも長距離移動が可能で、高所や公園などスイングに不向きな場所でも使える。ただし、対象オブジェクトは手すりなどバリエーション豊富で急いで移動している時に適切でないオブジェクトに移動してしまう場合があるため、スイングとは別の慣れが必要。他にも、壁に向かって移動することで、壁に張り付いて移動することができる。この時、R2を押すことで壁面をダッシュすることができる。また、高高度では、L3ボタンで急降下もできる。スキル「エア・トリック」を獲得すると、スイングからのジャンプ中にコマンドを入力することで空中前回りなどのトリックを決めることができ、微量ながら経験値とフォーカス（後述）が獲得できる。
レベル
敵を倒したりミッションをクリアしたりすると獲得できる経験値を稼ぐと、レベルアップが発生する。一定レベルに到達することでスーツ作成・スーツ改造・ガジェットのアンロックが可能となったり格闘威力・スイング速度・ライフなどが上昇したりする。また、スキルを獲得するために必要なポイントが獲得できる。
スキル
レベルアップで獲得できるポイントを規定量消費することで、パッシブスキルや新規アクションを追加できる。新規アクションはメニューの技リストページに追加され、操作方法を確認可能。スキルは「イノベーター」「ディフェンダー」「ウェブスリンガー」の3つの系統に分かれている。
イノベーター：攻撃能力の強化。投げつけ、フィニッシュ系アクション、ホールド系アクションに新機能を追加する。
ディフェンダー：回避・回復能力の強化。パーフェクト・ドッジやフォーカスなどのアクションを強化するほか、「グラウンド・ストライク」という攻撃技も習得可能。
ウェブスリンガー：ウェブ能力の強化。ジップ系アクションの強化や空中戦向けの能力などを獲得できる。
スーツ
本作のスパイダーマンのデフォルトスーツ（アドバンススーツ）は胴体前後の蜘蛛のマークが巨大な白抜きになっているのが原作との大きな違いである。原作準拠のスーツも含め、全38種類が用意されている。序盤のイベントを終えることでスパイダースーツをカスタマイズできるようになる。可否はレベルアップでアンロックされるが、実際のスーツの作成・改造には様々なサブイベントで獲得できるトークンが必要となる。作成したスーツは、イベント中でなければいつでも着替えることが可能。一見防御力が高そうなものもあるが、性能は同一。また、作成することによってスーツパワーという能力が解放される。スーツパワーはパッシブタイプの必殺技のようなもので、R3＋L3ボタンで発動する。発動すると選択したスーツパワーに応じて一定時間攻撃力が4倍になったり敵から認識されにくくなったりする。非常に強力だが、再使用には時間経過が必要なため多用はできない。選択できるのは1つのみ。習得にはスーツの作成が必要だが、作成したスーツ以外にも設定可能。改造では、トークンを消費してアンロックされている改造項目を使用可能にすることで、最大3つまで様々なパッシブ効果を付与できる。また、合わせて攻撃力や防御力なども上昇する。一度作成すれば自由に装着可能で、コストなしでほぼ常時機能する（ライフ残量など条件付きの場合もある）。
ガジェット
ウェブ・シューターを始めとする、スパイダーマンの活動を補佐する機械。L1を押しながら左スティックで切り替え、R1で使用できる。弾数は有限で、消耗した弾は敵を倒していると追加される（スーツ改造によってはそれ以外でも増える）。スーツなどと同様、トークンを消費して改造を行うが、大半はイベントの過程で作成する。また、改造は「弾数増加」「効果範囲拡大」など個別に段階的に行う形となっている。
チャレンジ
壁を一定距離を登ったり特定のアクションを一定回数決めることで、少量の経験値が獲得できる。必要回数が多い一方、経験値はエア・トリックで稼いだ方がよほど効率がいいため、基本的におまけ要素である。特にトロフィーなどにも関与しない。後述のタスクマスターのものとは無関係で、トークンも入手できない。
戦闘
概要
各種イベントでは、戦闘に発展する場合があり、敵を全員撃破することで勝利となる。一方、ライフが尽きたりなど敗北条件を満たすと敗北となり、チェックポイントまで巻き戻される。主なアクションは□・△ボタンで攻撃を行い、○ボタンで回避を行う。ボタンの組み合わせやジャンプ中などの状況によって様々なアクションに派生する。イベントによっては、□ボタン連打、タイミングを合わせて○などのボタンを押す、左スティックでカーソルを合わせてR1を押す、といったQTEが発生する場合がある。