PS3、XB360版の全DLCは2013年12月をもって配信を終了している。PS4版、Xbox One版は全てのDLCを収録している。
MARVEL VS. CAPCOM 3
コスチュームパック
2011年3月1日に有料配信されたリュウ、クリス、ダンテ、キャプテン・アメリカ、アイアンマン、ソーの新コスチューム。
DREAM BATTLE CPU01
2011年3月1日に無料配信されたCPU思考ルーチン。プロデューサーの新妻良太、アシスタントプロデューサーの門脇章人、本作のバランス調整担当スタッフ(氏名不明)の3名のプレイヤーをモデルとして、「癖」や「強さ」を調整している。
ダウンロードキャラクター「ジル」「シュマゴラス」
2011年3月15日(PS3版では2011年3月17日)に有料配信された追加キャラクター。アルティメットに引き継いだ場合、自動的に新コスチュームが追加される。
DL チャレンジモード
2011年3月25日に無料配信されたチャレンジモードの追加パック。
DREAM BATTLE CPU02
2011年3月29日に有料配信されたCPU思考ルーチン。
DREAM BATTLE CPU03
2011年4月22日に有料配信されたCPU思考ルーチン。
DREAM BATTLE CPU04
2011年4月26日に有料配信されたCPU思考ルーチン。PS3版ではPlayStation Networkに障害が起きたため、以降に配信されたDREAM BATTLE CPU10までの7種のダウンロードコンテンツをPlayStation Storeが復旧した7月6日に配信した[62]。
DREAM BATTLE CPU05
2011年5月10日に有料配信されたCPU思考ルーチン。
DREAM BATTLE CPU06
2011年5月24日に有料配信されたCPU思考ルーチン。
DREAM BATTLE CPU07
2011年6月3日に有料配信されたCPU思考ルーチン。
DREAM BATTLE CPU08
2011年6月7日に有料配信されたCPU思考ルーチン。
DREAM BATTLE CPU09
2011年6月15日に有料配信されたCPU思考ルーチン。
DREAM BATTLE CPU10
2011年6月21日に有料配信されたCPU思考ルーチン。
アルティメット
ニューエイジオブヒーローズ パック
特定店舗の先着予約特典として配布されたセンチネル、ドクタードゥーム、ストライダー飛竜、豪鬼の新コスチューム[63]。2012年1月17日から有料配信。