ファーストラウンドのネタ順番は、第11回（2015年）までは決勝進出コンビの代表者がエントリーナンバー順に抽選[注 35]を行い決定した（第4回のみゲストの吉田沙保里を迎えての代理人抽選）。番組中に決定する敗者復活組は、自動的に最後の9番目に登場することになっていた。

第1回（2001年）・第4回（2004年）では決勝のテレビ放送の番組冒頭で、第2回（2002年）では決勝のテレビ放送開始前の舞台上で、第3回（2003年）では朝日放送・テレビ朝日などの一部の系列局で直前特番の放送で、第5回（2005年）から第9回（2009年）では決勝進出コンビ決定の翌日に行われる記者会見の場で、第10回は準決勝後即発表・抽選会を行い、第11回（2015年）では準決勝当日の決勝進出者発表会見の場で抽選を行った。

第12回（2016年）では希望順に予備抽選を実施したうえで、引いた番号の若い組から希望するネタ順を自ら選択させた[注 36]。この時は準決勝翌日の決勝進出者発表会見の場で決定した。

第13回（2017年）から、決勝の当日、生放送中に司会者またはゲストが1本ずつ「笑神籤（えみくじ）[注 37]」を引いてから、引いたくじに名前が書かれているコンビが発表され、引かれた組は即漫才を披露する方式へと変更された。そのため、敗者復活組の出番がファーストラウンドの最後とは限らなくなっている。また、ファイナリストはすぐにネタを披露できるように、全組舞台裏で待機する[注 38][注 39]。

第13回（2017年）・第16回（2020年）以外では、くじ引き役のゲストとして「勝負の世界を知るアスリート」が出演している。

第13回（2017年）・第16回（2020年）：司会の今田が抽選、上戸がくじを引き、発表する役を担った。

第14回（2018年）：吉田沙保里が1 - 3組目、阿部一二三が4 - 6組目、井上尚弥が7 - 9組目のくじ引き役のゲストで出演。上戸と共に抽選の結果を発表した。なお、最後に残った10組目のくじは今田が引き、発表。

第15回（2019年）：この年に日本国内でラグビーワールドカップが初めて開かれたことにちなんで、日本代表チームへ参加していた選手から、堀江翔太が1 - 3組目、福岡堅樹が4 - 6組目、稲垣啓太が7 - 10組目のくじ引き役のゲストで出演。いずれも、3人が声を揃えて引いたコンビ名を発表している。

第17回（2021年）：この年に行われた東京オリンピック[注 40]の金メダリストから、阿部詩が最終10組目を除く偶数組、水谷隼が奇数組のくじ引き役のゲストで出演。なお、最後に残った10組目のくじは今田が引き、上戸が発表。

第18回（2022年）：2022年6月19日にキックボクシングを引退した、那須川天心がくじ引き役のゲストで出演。那須川が全組分のくじを引いて発表した。

第19回（2023年）：この年に行われたWBCで優勝した日本代表から、栗山英樹前監督が奇数組、岡本和真が偶数組のくじ引き役のゲストで出演。

暫定ボックス

第5回（2005年）からは出場者の漫才終了後、合計点が暫定上位3位以内に入っていれば、「暫定ボックス」[注 41]と呼ばれる部屋に入ることができる[注 42]。ただし後続のコンビに得点で上回られ4位以下となり、敗退が決定した場合は、そこから出ることになる[注 43]。また、漫才終了後の採点で合計点が暫定4位以下となり、即座に敗退が決定した場合は入ることができない。いずれの場合でも敗退コメントを求められ、敗者は最後のひと笑いを取ろうとすることが多い[注 44]。
最終決戦

ファーストラウンドで勝ち残った上位3組（第1回（2001年）のみ2組）が2ネタ目を披露し、審査員が一番おもしろいと思ったコンビに投票する「指名投票制」で行われ、最も多くの票を集めたコンビが優勝となる。第2回（2002年）から第4回（2004年）までは審査員のモニターで一斉に表示したが、決勝会場を移した第5回（2005年）以降は大型スクリーンで発表され、左から1人ずつ順に開票する形式となっている。また、第6回（2006年）以降は司会の今田が開票結果を1つずつ読み上げていく。

ファーストラウンドの得点は最終決戦に持ち越されないが、同じ得票数になった場合にはファーストラウンドの順位が上のコンビが上位となる[注 45][注 46][48]。最終決戦進出組の公式順位は最終決戦での順位が優先される。

第5回（2005年）以降、最終決戦で3組全てが漫才を披露した後、審査員が投票を終えた後に司会の女性が「（今年も）CMのあとです！」と言い、ステージに集合した3組がオーバーリアクションしながらズッコケるのがお約束となっている。CM後、司会の今田が3組にインタビューを行い、改めて最終審査の開票を行う。

第18回（2022年）では最終決戦の出囃子が、ファーストラウンド、最終決戦通して初めて変更された。また、最終決戦のCM前ジングルも第5回（2005年）以来、実に13大会ぶり（17年ぶり）に変更された。
ネタ順番の決定方法

第1回（2001年）、第2回（2002年）、第4回（2004年）：決勝1回戦および決勝戦（ファーストラウンド）の得点順に再抽選。

第3回（2003年）：決勝戦（ファーストラウンド）のネタ順に再抽選。

第5回（2005年） - 第15回（2019年）：ファーストラウンド1位から順に任意で選択。

第16回（2020年）・第17回（2021年）：ファーストラウンド3位→2位→1位の順に自動的に決定。最終決戦開始前のVTRにて、ネタ順が通過順位とともに紹介される。

第18回（2022年） - ：従来と同様の任意選択。ネタ順選択の様子は放送されず、最終決戦開始前にテロップにて通過順位とともに発表。また、最終決戦開始前のVTRも廃止されている。

上記の通り、第5回（2005年）以降は基本的に任意選択となっているが、ファーストラウンドを1位通過したコンビは全て3番、2位通過したコンビは第5回（2005年）の麒麟（1番を選択）を除いて全て2番を選んでいるため、この形式は事実上形骸化している。
出演者
レギュラー出演者（第19回〈2023年〉時点）

今田耕司 - 司会（2003年 - ）

上戸彩 - 司会（2008年 - ）

陣内智則 - 敗者復活戦司会（2015年 - ）、リポーター（2016年、2018年）


ナレーション：畑中ふう（2003年 - ）、アラン・J（2003年 - 2010年、2018年 - ）、亀井佐代子[クレジット 1][注 47]（2019年 - ）

歴代出演者
司会・リポーター・ゲスト

年司会リポーターゲスト
男性女性歴代優勝者笑神籤
2001年島田紳助赤坂泰彦菊川怜（不在）
2002年西川きよし山寺宏一中山エミリ木村祐一中川家
2003年今田耕司小池栄子（不在）
2004年今田耕司井上和香
2005年小池栄子アンタッチャブル
2006年眞鍋かをりブラックマヨネーズ
2007年小池栄子チュートリアル
2008年上戸彩サンドウィッチマン
2009年（不在）
2010年
2015年ヒロド歩美[注 48]
2016年陣内智則
2017年ヒロド歩美[注 48]トレンディエンジェル
銀シャリ（不在）
2018年ヒロド歩美[注 48]
陣内智則とろサーモン吉田沙保里
阿部一二三
井上尚弥
2019年川島明（麒麟）霜降り明星堀江翔太
福岡堅樹
稲垣啓太
2020年ヒロド歩美[注 48]ミルクボーイ（不在）