基本、シード権は翌年の大会のみ有効となっており、シード権を得た翌年の大会を欠場または準々決勝以前に敗退した場合はシード権が無効になる。ただし歴代の優勝コンビは優勝特典として出場資格がある間無期限でシード権を保持できる。また、シード権は同一メンバーであればコンビ名の変更や事務所を移籍しても翌年のシード権は認められるが、メンバーの人員に変更があった場合にはシード権は無効になる[注 21]。

第2回（2002年）から第10回（2010年）までは前年のシード組はエントリーナンバーが1回戦出場組より後ろに配置されていた[注 22]が、第11回（2015年）以降はシード組とノーシード組でエントリーナンバーが分けられることはなくなり、シード組でも早いエントリーナンバーが割り当てられることもある。
準々決勝

第10回（2010年）から、3回戦と準決勝の間に準々決勝が導入されている。これにより、70組弱が進出していた準決勝の枠が30組以下に削減されている。

初めて導入された第10回（2010年）では、準々決勝で敗退したコンビも敗者復活戦に参加できた。導入当初は従前の準決勝進出者に近い組数まで絞られていたが、その後進出者数が若干増加している傾向にある。

第19回（2023年）からは前年の準々決勝進出コンビにも翌年のシード権が付与されるようになった。

準々決勝の会場と出場組数一覧年会場出場組数
2010年メルパルク東京
なんばグランド花月75組
2015年浅草公会堂
なんばグランド花月86組
2016年NEW PIER HALL
なんばグランド花月97組
2017年メルパルクホール大阪
浅草公会堂105組
2018年なんばグランド花月
NEW PIER HALL101組
2019年106組
2020年114組
2021年なんばグランド花月（2日間）
ルミネtheよしもと（2日間）127組
2022年ルミネtheよしもと（3回）
なんばグランド花月116組
2023年なんばグランド花月
ルミネtheよしもと（2日間）123組

準決勝

準決勝は決勝の2週間前頃（第4回（2004年）までは4週間前頃）に行われる。第9回（2009年）までは東京会場、大阪会場で2日続けて行われていたが（順序は年により異なる）、第10回（2010年）以降は準々決勝の導入により枠が大幅に削減されたため、東京での1日だけの開催となっている。

準決勝終了後、決勝進出となる8?10組に絞られる。また、第2回（2002年）以降では準決勝で敗れたコンビ（第10回(2010年)のみ準決勝、準々決勝敗退コンビ）に敗者復活戦への挑戦権が与えられる。

準決勝の会場と出場組数一覧
（「+1組」はワイルドカード枠）年会場出場組数
2001年ルミネtheよしもと
なんばグランド花月35組
2002年57組
2003年70組
2004年なんばグランド花月
ルミネtheよしもと66組
2005年ルミネtheよしもと
なんばグランド花月67組
2006年64組
2007年67組
2008年なんばグランド花月
メルパルク東京66組
2009年なんばグランド花月
よみうりホール68組
2010年両国国技館24組
2015年EX THEATER ROPPONGI27+1組
2016年よみうりホール28+1組
2017年NEW PIER HALL29+1組
2018年25+1組
2019年
2020年
2021年
2022年27+1組
2023年30+1組

ワイルドカード枠

第11回（2015年）から、準々決勝で敗退したコンビのうちGYAO!で配信されるネタ映像の再生回数（第17回は動画視聴人数）が所定期間内で1位だった1組が準決勝に進める「GYAO!ワイルドカード」が導入された。第15回（2019年）までにおいて公表された準決勝の順位には、第13回（2017年）まではGYAO!ワイルドカード枠での進出者も含まれていたが、第14回（2018年）からは含まれなくなった。

2023年3月31日をもってGYAO!がサービスを終了[40]。これに伴い、第19回（2023年）ではネタ映像の配信移行先であるTVerにて「ワイルドカード」として引き続き実施される[41]。GYAO!時代とは異なり、TVerで配信されるネタ動画を観て最も面白かったコンビに投票し、獲得票数が1位のコンビが準決勝進出となる。

ワイルドカード枠での進出者は、準決勝の出番順が必ずトップバッターに割り振られ（第12回（2016年）を除く）、敗者復活戦への出場権は与えられない（第11回（2015年）を除く）。

ワイルドカード枠での
準決勝進出者一覧年コンビ名
2015年ニッポンの社長
2016年馬鹿よ貴方は
2017年アキナ
2018年魔人無骨
2019年金属バット
2020年ラランド
2021年滝音
2022年金属バット
2023年ダブルヒガシ

日程

年1回戦2回戦3回戦準々決勝準決勝
2001年9月9日-10月29日11月4日-17日11月18日、24日12月1日、2日
2002年8月24日-10月5日10月19日-11月2日11月16日、17日11月30日、12月1日
2003年8月30日-10月13日10月18日-11月2日11月8日-16日11月29日、30日
2004年9月4日-10月17日10月23日-11月6日11月13日-21日11月27日、28日
2005年9月3日-10月29日10月30日-11月13日11月19日-27日12月10日、11日
2006年9月2日-10月29日10月29日-11月12日11月18日-26日12月9日、10日
2007年9月1日-10月28日11月2日-11日11月17日-25日12月8日、9日
2008年8月30日-10月26日10月30日-11月9日11月14日-30日12月6日、7日
2009年8月29日-11月1日11月3日-15日11月25日-30日12月5日、6日
2010年8月21日-10月24日10月29日-11月7日11月12日-24日12月3日、4日12月12日
2015年8月17日-10月4日10月5日-16日10月21日-28日11月3日、5日11月19日
2016年8月1日-10月1日10月3日-14日10月18日-27日11月6日、7日11月19日
2017年8月1日-10月1日10月3日-12日10月20日-26日11月2日、3日11月15日
2018年8月1日-9月30日、10月7日10月2日-13日10月15日-24日11月5日、6日11月15日
2019年8月1日-10月4日10月7日-23日10月28日-11月11日11月18日、19日12月4日
2020年8月1日-10月4日10月26日-11月5日11月16日、11月17日12月2日
2021年8月1日-10月5日10月8日-10月20日10月25日-11月2日11月10日、11日、16日、17日12月2日
2022年8月1日-10月5日10月6日-10月19日10月24日-10月31日11月12日、13日、15日、16日11月30日
2023年8月1日-10月6日10月16日-10月27日10月29日-11月6日11月20日-11月22日12月7日

制限時間

第19回（2023年）の制限時間は1回戦が2分、2回戦・3回戦が3分、準々決勝・準決勝・敗者復活戦・決勝が4分。以前の制限時間は以下の通り。

1回戦：3分（2001年 - 2005年）

3回戦：5分（2001年・2002年）、4分（2003年 - 2005年）

準決勝：5分（2001年・2002年）

敗者復活戦：4分（2002年 - 2010年）、3分（2015年 - 2018年）

決勝：5分（2001年・2002年）

第1回（2001年）は当初、準決勝・決勝が8分の予定だった[42]。

予選ではこれらの時間を15秒ほど経過すると終了時間の目安となるサイレンが鳴り、さらに15秒が経過すると爆発音と共に赤照明が点灯し[注 23]、強制終了となる。第19回（2023年）からは1回戦のみ2分5秒を経過すると目安のサイレンが鳴り、2分15秒で強制終了と、よりシビアになっている。ただし、強制終了になっても即失格にはならない[43][注 24]。派手であるためサイレンや強制終了の演出を逆手に取り、オチとして利用するコンビも存在する[注 25]。

敗者復活戦は予選同様、制限時間を超えるとカウントと爆発音が鳴るが強制終了にはならない。決勝では、カウントと爆発音もならないため、制限時間をオーバーした場合、減点するかどうかは、審査員の裁量次第である。第17回（2021年）でハライチが5分半にわたってネタを披露したことに対し、ナイツ・塙は、自身のラジオで「時間をオーバーしていたから減点した」と明かしている。第15回（2019年）で優勝したミルクボーイは、「暗黙の了解として、決勝は5分くらいまでなら延びても大丈夫だと言われていた」と語っている[46]。
敗者復活戦第11回（2015年）から第18回（2022年）まで敗者復活戦の会場となっていた六本木ヒルズアリーナ

第2回（2002年）から導入。決勝戦当日の昼[注 26]から準決勝敗退コンビ（第10回（2010年）は準々決勝敗退コンビも）[注 27]が敗者復活戦に参加して漫才を披露、そこでの審査において勝者1組だけが「敗者復活組」として決勝戦に出場することができる。

敗者復活戦の勝者を発表するタイミングについては、大会が回を重ねるにつれて変化している。

第2回（2002年） - 第10回（2010年）：決勝戦のテレビ生中継において、2組目のネタ終了後に発表。

第11回（2015年）：8組目のネタ終了後、すなわち敗者復活組の出番直前に発表され、すぐに決勝会場へ移動し出番に臨む。

第12回（2016年）：3組目のネタ終了後に発表。

第13回（2017年）・第14回（2018年）：「笑神籤（えみくじ）」の導入によりネタ順が固定ではなくなったため、決勝戦開始前に発表。

第15回（2019年） - 第18回（2022年）：「笑神籤（えみくじ）」で「敗者復活組」が引かれた直後に発表、そのまま決勝会場に移動し、即出番となる。

第19回（2023年）：後述の審査方法の大幅な変更により、敗者復活戦番組内で発表。

敗者復活戦の模様は第4回（2004年）よりスカイ・A sports+（CS）で生放送されている。これに加え第8回（2008年）は朝日放送、テレビ朝日、メ?テレ、北海道テレビ、九州朝日放送のワンセグ独立編成でも放送され、Yahoo!プレミアム会員向けのインターネット中継でも配信され、さらに第9回（2009年）からは朝日放送とテレビ朝日系全国ネットで放送されるようになった[注 28]。