3回戦では第5回（2005年）からネタの順番などにより敗退した芸人の中から数組が審議によって追加枠として準々決勝（第9回（2009年）までは準決勝）に進出できる（進出者が出ない可能性もある）追加合格制度も行われている。また、第8回（2008年）からは2回戦にも追加合格制度が導入されている。

第13回（2017年）以降では、7月末までにエントリーして1回戦敗退に終わった出場者に限り、再度2000円を支払い再エントリーすることが可能。

1回戦の開催地一覧年開催地
2001年9都道府県[注 17]北海道・宮城・東京・静岡・愛知・大阪・広島・香川・福岡
2002年7都道府県北海道・東京・神奈川・愛知・大阪・広島・福岡
2003年7都道府県北海道・宮城・東京・愛知・大阪・広島・福岡
2004年
2005年
2006年
2007年
2008年
2009年
2010年9都道府県北海道・宮城・東京・新潟・愛知・大阪・広島・愛媛・福岡
2015年10都道府県北海道・宮城・埼玉・千葉・東京・愛知・大阪・広島・福岡・沖縄
2016年
2017年
2018年
2019年
2020年
2021年
2022年
2023年11都道府県北海道・宮城・埼玉・千葉・東京・静岡・愛知・大阪・広島・福岡・沖縄

ナイスアマチュア賞 / ベストアマチュア賞

第12回（2016年）からはアマチュア漫才師の応援を目的として、「ナイスアマチュア賞」「ベストアマチュア賞」が新設された[35]。

「ナイスアマチュア賞」は1回戦でMCが印象に残ったと判断したアマチュアを対象にしたもので[注 18]、獲得したコンビには副賞としてオリジナルTシャツが進呈され、ネタ映像がYouTubeにて順次公開される。

「ベストアマチュア賞」は、予選を通じてアマチュアの中で最も高い得点を取った者に贈られる。賞品として特製のブレザーが贈られ、第15回（2019年）大会の開幕記者会見に於いては受賞した漫画家が着用し登場した[36]。第17回（2021年）までは翌年の開会記者会見の際に発表されたが、第18回（2022年）からは準決勝で発表され、オープニングアクトとして漫才を披露するようになった。

プロとアマチュアが入り混じっているコンビは「プロ」として扱われ、これらの対象外となる。

ベストアマチュア賞 受賞コンビ一覧年コンビ名結成年最終成績1回戦会場備考
2016年晴天サンティ2016年準々決勝進出東京中央大学落語研究会と東京学芸大学お笑いサークルGOCの女子大生コンビ。
2017年2月解散。ボケの吉岡は後に「シンクロニシティ」を結成。
2017年完熟フレッシュ2016年準々決勝進出東京詳細は該当記事参照。
2018年漫画家2018年準々決勝進出東京森田まさのりと長田悠幸の現役漫画家コンビ。
森田は第8回（2008年）?第10回（2010年）で大会広告を手掛けていた。
2019年ラランド2014年準決勝進出東京詳細は該当記事参照。
2020年ガーベラガーデン2007年2回戦進出名古屋
2021年軍艦2021年準々決勝進出大阪
2022年深海魚2022年準々決勝進出大阪
2023年ナユタ2022年準々決勝進出東京

なお、第4回（2004年）・第5回（2005年）にはナイスアマチュア賞と同じく1回戦で最も印象に残ったアマチュアに与えられる「NTT西日本賞」が存在し、こちらの副賞は1万円だった[37][38]。

第19回（2023年）では、ナイスアマチュア賞に加え、1回戦全日程を通して「小学生以下のメンバーのみで構成された組」の中から印象に残った漫才師たちへの「ナイスキッズ賞」、同じく1回戦全日程を通して方言や伝統衣装を使用したり、名物や名跡をテーマとしたり、日本全国の民俗的特色を活かした漫才で各エリアを盛り上げてくれた漫才師たちへの「ジモトスター賞」が追加された[39]。
シード権

第2回（2002年）

前回大会の準決勝進出者は1回戦免除、決勝進出者は2回戦も免除。


第3回（2003年）から第18回（2022年）

前回大会の準決勝進出者は1回戦免除。


第19回（2023年）

前回大会の準々決勝進出者は1回戦免除。


特例シード

第6回（2006年）

優勝経験者のフットボールアワーは1回戦免除[注 19]。


第16回（2020年）

出場資格がある者の中で過去大会の準決勝進出経験者は1回戦免除[注 20]。

基本、シード権は翌年の大会のみ有効となっており、シード権を得た翌年の大会を欠場または準々決勝以前に敗退した場合はシード権が無効になる。ただし歴代の優勝コンビは優勝特典として出場資格がある間無期限でシード権を保持できる。また、シード権は同一メンバーであればコンビ名の変更や事務所を移籍しても翌年のシード権は認められるが、メンバーの人員に変更があった場合にはシード権は無効になる[注 21]。

第2回（2002年）から第10回（2010年）までは前年のシード組はエントリーナンバーが1回戦出場組より後ろに配置されていた[注 22]が、第11回（2015年）以降はシード組とノーシード組でエントリーナンバーが分けられることはなくなり、シード組でも早いエントリーナンバーが割り当てられることもある。
準々決勝

第10回（2010年）から、3回戦と準決勝の間に準々決勝が導入されている。これにより、70組弱が進出していた準決勝の枠が30組以下に削減されている。

初めて導入された第10回（2010年）では、準々決勝で敗退したコンビも敗者復活戦に参加できた。導入当初は従前の準決勝進出者に近い組数まで絞られていたが、その後進出者数が若干増加している傾向にある。

第19回（2023年）からは前年の準々決勝進出コンビにも翌年のシード権が付与されるようになった。

準々決勝の会場と出場組数一覧年会場出場組数
2010年メルパルク東京
なんばグランド花月75組
2015年浅草公会堂
なんばグランド花月86組
2016年NEW PIER HALL
なんばグランド花月97組
2017年メルパルクホール大阪
浅草公会堂105組
2018年なんばグランド花月
NEW PIER HALL101組
2019年106組
2020年114組
2021年なんばグランド花月（2日間）
ルミネtheよしもと（2日間）127組
2022年ルミネtheよしもと（3回）
なんばグランド花月116組
2023年なんばグランド花月
ルミネtheよしもと（2日間）123組

準決勝

準決勝は決勝の2週間前頃（第4回（2004年）までは4週間前頃）に行われる。第9回（2009年）までは東京会場、大阪会場で2日続けて行われていたが（順序は年により異なる）、第10回（2010年）以降は準々決勝の導入により枠が大幅に削減されたため、東京での1日だけの開催となっている。

準決勝終了後、決勝進出となる8?10組に絞られる。また、第2回（2002年）以降では準決勝で敗れたコンビ（第10回(2010年)のみ準決勝、準々決勝敗退コンビ）に敗者復活戦への挑戦権が与えられる。

準決勝の会場と出場組数一覧
（「+1組」はワイルドカード枠）年会場出場組数
2001年ルミネtheよしもと
なんばグランド花月35組
2002年57組
2003年70組
2004年なんばグランド花月
ルミネtheよしもと66組
2005年ルミネtheよしもと
なんばグランド花月67組
2006年64組
2007年67組
2008年なんばグランド花月
メルパルク東京66組
2009年なんばグランド花月
よみうりホール68組
2010年両国国技館24組
2015年EX THEATER ROPPONGI27+1組
2016年よみうりホール28+1組
2017年NEW PIER HALL29+1組
2018年25+1組
2019年
2020年
2021年
2022年27+1組
2023年30+1組

ワイルドカード枠

第11回（2015年）から、準々決勝で敗退したコンビのうちGYAO!で配信されるネタ映像の再生回数（第17回は動画視聴人数）が所定期間内で1位だった1組が準決勝に進める「GYAO!ワイルドカード」が導入された。第15回（2019年）までにおいて公表された準決勝の順位には、第13回（2017年）まではGYAO!ワイルドカード枠での進出者も含まれていたが、第14回（2018年）からは含まれなくなった。

2023年3月31日をもってGYAO!がサービスを終了[40]。これに伴い、第19回（2023年）ではネタ映像の配信移行先であるTVerにて「ワイルドカード」として引き続き実施される[41]。GYAO!時代とは異なり、TVerで配信されるネタ動画を観て最も面白かったコンビに投票し、獲得票数が1位のコンビが準決勝進出となる。

ワイルドカード枠での進出者は、準決勝の出番順が必ずトップバッターに割り振られ（第12回（2016年）を除く）、敗者復活戦への出場権は与えられない（第11回（2015年）を除く）。

ワイルドカード枠での
準決勝進出者一覧年コンビ名
2015年ニッポンの社長
2016年馬鹿よ貴方は
2017年アキナ
2018年魔人無骨
2019年金属バット
2020年ラランド
2021年滝音
2022年金属バット
2023年ダブルヒガシ

日程

年1回戦2回戦3回戦準々決勝準決勝
2001年9月9日-10月29日11月4日-17日11月18日、24日12月1日、2日
2002年8月24日-10月5日10月19日-11月2日11月16日、17日11月30日、12月1日
2003年8月30日-10月13日10月18日-11月2日11月8日-16日11月29日、30日
2004年9月4日-10月17日10月23日-11月6日11月13日-21日11月27日、28日