第1回のみ、一般客による審査が導入された。この審査方法は、審査員7名のほかに、大阪・福岡・札幌の劇場にいる一般客各100名（合計300名）が1人1点で審査する方法であるが、東京から決勝進出したおぎやはぎ、DonDokoDonに対しての大阪会場の得票が低かったことで、「公平性に欠ける」との批判が相次ぎ、第2回（2002年）からは廃止された。
セットのリニューアル

第1回の平均視聴率は関西地方が21.6%だったが、関東地方は9%だった。2002年からM-1に参加し、2003年から2009年までM-1のプロデューサーを務めた朝日放送の森本茂樹は第1回の視聴率について、「今は10とれたらすごいって言われますけど、当時は、ゴールデンなら最低ラインは10。欲を言えば、15はとらないと、テレ朝も『この数字でいつまで続けるの？』っていうムードになってくると思っていましたよ」と語っている。その後も毎年予選を行い、年末に決勝戦を放送したが、視聴率は関西が20%前後、関東は10%前後でほぼ横ばいだった。

M-1グランプリの成功と存続のために、「東京で視聴率15％」は至上命題だった。第4回（2004年）終了後、森本は、編成局長（当時）の山本晋也から「セットがせこいから、もっと金をかけろ」と言われ、森本は、決勝戦会場をテレビ朝日本社第1スタジオへ変更することを提案した。総合演出（当時）の辻史彦は、第5回（2005年）のセットについて、「エンターテインメントとしてゴールデンで戦うなら、違う方法があるんじゃないか、と。ラスベガスで漫才ショーをやるとしたら……というのを想像して作ったのがあのセットだったんです」と語っている[20]。第4回までは、地下闘技場のように会場を暗めにしていたが、第5回から赤とオレンジのきらびやかなセットで、出場コンビは舞台中央からせり上がりで登場するようになった。

この大幅なリニューアルにより、視聴率は右肩上がりになり、第6回（2006年）で関西が31.1%、関東が18%を記録し、初めて関東で15%を超えた。その後、第8回（2008年）で関西が35%、関東が23.7%を記録。初めて関東で20%を超え、この第8回の視聴率は関西と関東の両方で視聴率歴代最高記録である。
第10回（2010年）で大会が一時終了

主催の吉本興業と朝日放送は2010年12月12日の準決勝終了後、M-1グランプリの開催を第10回となる2010年で終了することを発表した。大会終了の理由として、吉本興業は「大会を通じて、漫才が隅々まで広まった。10年の節目をもって発展的解消することが、次につながる」と説明している。また、大会委員長を務める島田紳助は「漫才が私を夢の世界に連れて行ってくれた。漫才のレベルも上がり、ほんの少し恩返しできた」とコメントを寄せた[21]。

「M-1グランプリ2010」の決勝戦が12月26日に行われ、笑い飯が決勝出場9回目で悲願の優勝を果たした。島田紳助は決勝後の会見で、「（若手から）めちゃめちゃ苦情が来ました。なくしたらあかんなとつくづく思います。いったんはやめて、また違う形で……」と後継大会の開催を示唆した。10年間を振り返り、「たくさんのスターが育ってくれた。僕の中では漫才に対する申し訳ないという気持ちがあったのでこの大会をやりたいと。そして演じる人が納得して帰れるものを作りたいと思ってきた。今日も納得してくれた。点数が公表されるということは審査員のセンスも問われるし、審査員が審査されている。みんなが納得して、メンバーが祝福してる姿を見てうれしかった。10年間、よかった」と語った。また、終了する理由については「視聴率もいいし、やめる必要はないといわれますが、一つの現象を起こしたときは10年でやめないと盛り下がっていってしまう。M-1という言葉がつまらん言葉になったらいかん」と語っている[22]。

2011年より後継プロジェクトとして、フジテレビ系列で「日清食品 THE MANZAI」が開催されることが2011年4月26日決定した。司会はナインティナインで、島田紳助が大会実行委員長を務める予定だったが[23]、同年の8月に紳助が不祥事により芸能界を引退したため、一時期は大会開催も危ぶまれたが、ビートたけしを大会最高顧問として起用し、大会を続行する形になった。
M-1、5年ぶりの復活

その後、2014年7月30日に朝日放送の脇阪聰史社長（当時）が2015年にM-1グランプリを5年ぶりに復活させることを発表した。当初は「日清食品 THE MANZAI」に配慮し、開催時期の重複を避け、夏の開催を予定していたが[24]、「THE MANZAI」の大会終了により、復活前と同じく12月の開催となった。

終了した「日清食品 THE MANZAI」は2015年から、「THE MANZAI マスターズ」に番組タイトルを変更し、「年に1度の漫才の祭典」として、賞レースの要素を省いたいわゆる「ネタ見せ番組」として、継続となった[25][26]。

第11回（2015年）では審査員が歴代王者9名となり、審査員の数が歴代最多となった。第12回（2016年）では、審査員が歴代最少の5名となった。また、旧M-1時代に審査員をしていた松本人志が審査員に復帰したほか、第7回（2007年）から第9回（2009年）まで審査員を務めたオール巨人、上沼恵美子も審査員に復帰した。

第13回（2017年）から、番組中にくじを引いてネタ披露順番を決める「笑神籤（えみくじ）」が導入された。笑神籤には敗者復活組も含まれているため、これにより、敗者復活組を含めた全ての組の順番がランダムとなった。また、第13回から審査員が大会復活後では初の7名（第10回(2010年)以来）となり、ファイナリストは第1回（2001年）以来の10組（正規進出9組+敗者復活枠1組）となった。
「国民的行事」へ

第14回（2018年）で霜降り明星が優勝。結成10年以内のコンビとしての優勝は大会復活後では初であり、優勝の史上最年少記録を更新した。第15回（2019年）からチーフプロデューサーとなった朝日放送テレビの田中和也は霜降り明星の優勝について、「“史上最年少優勝”ということももちろん大きいですけど、彼らの世代、すなわち結成10年以内のコンビでも勝てるんだということが証明されたのが大きいですよね」と語り、M-1の歴史において重要な出来事だと評した[27]。

第15回（2019年）では参加組数が5040組となり、初めて5000組を超えた。決勝戦ではミルクボーイがファーストラウンドにおいて、歴代最高得点となる681点を記録し、優勝。2位のかまいたち、3位のぺこぱ、4位の和牛の得点が650点を超え、審査員の松本人志が「過去最高と言ってもいいかもしれない」と総括するなど、大きな盛り上がりを見せた。

第16回（2020年）から、YouTube公式チャンネルで1回戦から準々決勝までのネタが順次アップロードされ、敗者復活戦放送後に敗者復活戦、決勝戦放送後に決勝のネタがアップロードされた[注 7]。決勝戦ではマヂカルラブリーが激戦を制し、優勝。マヂカルラブリーが最終決戦で披露したネタは野田クリスタルがほぼ無言で舞台を動き回る異色の漫才だったことで、一部の視聴者からSNSなどで「あれは漫才なのか」との声が上がり、“漫才論争”が起こった。2021年1月19日、朝日放送テレビの山本晋也社長は新春社長記者会見で、“漫才論争”について「漫才とはどういうものだという定義の問題も含めて、みなさんのいろいろな場面で議論があった。M-1が国民的行事になり、視聴者も巻き込み、議論が展開されているんだなと思った。」「いろんな議論があってもいい。（M-1グランプリは）いま一番、おもしろいものを決める大会でいいのかなと思う。」と語った[28]。決勝で審査員を務めた松本人志は2020年12月27日放送のワイドナショーで「漫才の定義は基本的にない」としながら、「定義をあえて設けて、裏切ることが漫才」と語り[29]、この発言は『M-1グランプリ2021』のオリジナルプロモーションビデオ「宮本浩次『昇る太陽』×M-1グランプリ2021」の中でも引用されている。

2023年からは、ラストイヤーの15年目を超え出場できなくなったコンビのための新たな漫才大会『THE SECOND ?漫才トーナメント?』がフジテレビで創設された。
大会の変遷

第1回（2001年）

出場資格はコンビ結成10年未満。※第2回（2002年）まで

制限時間は1回戦と2回戦が3分、3回戦以降が5分。

一般審査員（一般客による審査）の導入。

決勝進出コンビは10組。そのうち最終決戦に進出するコンビは、決勝1回戦（現在のファーストラウンド）における得点上位2組。

最終決戦の投票は、7名の審査員がステージ上で1人ずつ順番にボタンで行われた。

番組放送枠は2時間24分。


第2回（2002年）

一般審査員の廃止。

シード制、敗者復活戦の導入。この回のみ前回の決勝進出者は3回戦からの参加となった。

準決勝から決勝に進出するコンビが8組に減少し、敗者復活枠を含めて決勝進出者は9組（正規進出8組+敗者復活戦勝者1組）となった。※第12回（2016年）まで

最終決戦に進出するコンビが、得点上位2組から得点上位3組となった。

決勝1回戦・最終決戦共に、審査員席のモニターで点数・投票を一斉に表示。※第4回（2004年）まで

番組放送枠が2時間24分から2時間ちょうどに短縮された。


第3回（2003年）

出場資格の結成年数制限が「10年未満」から「10年以内」に変更された。それにより、前回でラストイヤーとなっていたコンビの一部にも出場資格が与えられた。※第10回（2010年）まで

決勝進出を問わず、2回戦でシードが適用されなくなった。

3回戦以降の制限時間が4分に短縮された。

決勝1回戦の表記が単に「決勝戦」のみになった。


第4回（2004年）

エントリー総数が初めて2000組を超えた（2617組）。

この回から男性司会者が今田耕司単独になる。

番組放送枠が2時間ちょうどから2時間24分に戻った。


第5回（2005年）

エントリー総数が初めて3000組を超えた（3378組）。

決勝戦をテレビ朝日本社第1スタジオで行うようになった。セットが一新され、煽りや演出も派手になった。最終決戦で巨大モニターに審査員名が縦書きで表示され、左から順にアニメーションが反転する形でコンビ名が表示されるようになった。

決勝1回戦に「ファーストラウンド」の名称がついた。


第6回（2006年）

1回戦の制限時間が2分に、3回戦の制限時間が3分に短縮された。


第7回（2007年）

エントリー総数が初めて4000組を超えた（4239組）。


第8回（2008年）

この回から女性司会者が上戸彩になる。


第10回（2010年）

出場資格が「2000年5月以降結成」と明記され、同年4月結成のコンビは出場できなくなった。

3回戦と準決勝の間に準々決勝が新設された。これにより、予選が1回戦・2回戦・3回戦・準々決勝・準決勝の5回となった。敗者復活戦は準決勝と準々決勝の敗退組で行われた。


第11回（2015年）

5年ぶりに復活。出場資格の結成年数制限が「10年以内」から「15年以内」に変更された。同時に基準が「1月」に変更されたため、第9回（2009年）でラストイヤーとなっていたコンビの一部にも出場資格が与えられた。

第1回（2001年）から第10回（2010年）まで、敗者復活戦と決勝戦は12月中旬、下旬に行われたが、第11回から敗者復活戦と決勝戦は12月上旬の開催に変更された。