2023-24シーズンでは、反則によるレッドカードは原則として20分レッドカードとなり、TMOが行われているDIVISION1と2にはオフ・フィールド・レビュー（TMOバンカー）が導入[10]。シーズン中、3回にわたりリーグ戦1試合の最多入場者数を更新した（2023年12月16日[11]、同17日[12]、2024年3月16日[13]）。最終的にシーズン1試合平均が6,627人となり[14]、前身トップリーグ時代に最多となった2015-16シーズンの1試合平均6,470人[15]を超えた。後述「#入場者数」を参照。
3つのディビジョン

チームの強さ順に、DIVISION1（D1、12チーム）、DIVISION2（D2、6チーム）、DIVISION3（D3、5チーム）と分かれ、勝敗を競う[16][17][18]。

2022-23シーズン・2023-24シーズンとも、各チームのリーグ戦試合数は、DIVISION1が16節（16試合）、DIVISION2が10節（10試合）、DIVISION3が15節（15試合）。全節終了した5月に、プレーオフとしてDIVISION1上位4チームで優勝を競う[16]。また、DIVISIONごとの下位と上位の入替戦も行う[19]。詳細は後述の「#試合方法」へ。

2024-25シーズンは、DIVISION1が12チーム（変わらず）、DIVISION2が8チーム（DIVISION3から自動昇格で2増）、DIVISION3が6チーム（2減・新規参入3で、計1増）となる。DIVISION1各チームは2試合増え、18試合を戦う[20][21]。

社員選手とプロ選手の混在

設立前の2021年1月、当初の構想にあった「全選手のプロ化」は見送られた[22][23]ため、トップリーグ時代と同様に企業社員の選手（社員選手）がいる[24][25][26]。ジャパンラグビーリーグワンでは選手の契約区分について、雇用関係にある「社員選手」と、プロ選手にあたる「業務委託契約選手」の2つに分けている[27]。
企業チームから地域チームへ

地域密着をうたい、企業リーグからの脱却を目指すが、親会社からの分社化を必須とせず、トップリーグ時代のように会社内の事業部としての成り立ちも認めている[28][29]。
ホストエリアを設定

ホストエリア（活動拠点となる都道府県・市区など）を設定し、ホスト・アンド・ビジターの形式で対戦する。ホストとなるチームは、その試合の運営・全席のチケット販売・自チームファンクラブサービスの提供・会場演出などを行うことができる[30]。試合ごとに、ホスト側がコストを負担すると共にチケット収入を得る仕組み。ホストとビジターの違いによる勝敗ボーナスポイントなどの加点減点はない。

地域密着の方針ではあるが、2022シーズン準決勝戦の1つ東京サントリーサンゴリアス（東京SG）と東芝ブレイブルーパス東京（BL東京）の対戦では、試合会場がホストエリアの東京都内ではなく、東大阪市花園ラグビー場となり、観客数は7,525人と少なめに終わった[31]（もう1つの準決勝戦は秩父宮ラグビー場で行われ、観客数は15,482人だった[32]）。

企業名とチーム名