この利用規約の変更とユーザーの反発を受け、競合する他社の写真共有サービスがプライバシーへの配慮を宣伝してアピールする動きがあり、大幅にユーザーの増加した他社サービスもあった[51][52]。

2012年12月20日に、Instagramは利用規約の広告に関するセクションを2010年の版に戻すと告知した[47][53]。

ザ・ヴァージは、元の利用規約には、Instagramはいつでもほとんどどのような用途でもユーザーの写真を広告で使う権利があることを意味する place such advertising and promotions on the Instagram Services or on, about, or in conjunction with your Content という文言があると述べている[44]。利用規約の更新では仲裁条項も追加されている[54]。
ネガティブなコメント

ユーザーの写真に対する嫌がらせや否定的なコメントがあり、Instagramはユーザーが投稿やコメント欄を細かく管理できるよう改良してきた。

2016年7月には、ユーザーが自分の投稿のコメントを無効にしたり、不快と考える単語を使った投稿を技術的にコントロールできるようになったと発表し、著名人には8月に実装し、続いて9月に一般向けに実装された。

2016年12月にコメントを無効にする機能を導入し始め、個人アカウントの場合はフォロワーを削除した[55][56][57][58][59][60]。2017年6月には、文脈を考慮して言葉をスキャンし悪口雑言を検出し除去する人工知能を開発したと発表した[61][62]。
インスタ蝿

Instagramを通じて使用開始以降に著名になる人も現れ、「インスタ映え」する写真が撮れるような料理や場所を提供することがビジネスとなった。そのため、フォロワーに「いいね！」をしてもらうために、おしゃれな食べ物を購入して写真だけ撮って捨てたりなど、写真映えのために社会的迷惑行為やマナー違反をする人々を、「映え」と害虫の「蝿（はえ）」をかけて皮肉る単語「インスタ蝿」という言葉も生まれた。読売新聞によると韓国式のアメリカンドッグ「ハットグ」を求める客が集まる新大久保周辺の住民は紙皿・串などの客のゴミのポイ捨てに悩まされている。読売新聞はツイッターによる迷惑行為ツイートである「バカッター」とともに批判的表現として適切だと評価している[63][64][65][66][67]。

インスタ映えを企図した危険行為が行われることもある。日本では、伊良部大橋で観光客の男性が橋の欄干から転落死した事故[68]や、おしらじの滝で観光客の男性2人が滝つぼに飛び込んで死亡した事故[69]などが発生している。
メンタルヘルスへの悪影響

2017年のイギリスのRoyal Society for Public Healthが行った、14歳から24歳の1,479人を対象に行った不安、抑うつ、孤独、いじめ、身体イメージについてのSNSの影響の調査で、InstagramはSNSの中で若年層のメンタルヘルスにもっとも悪影響があるという結果が出た。Instagramはこれに対し、若者にとって安全で支えになる場所であることが最優先であると述べた[70][71]。

カリフォルニア大学ロサンゼルス校（UCLA）は、13歳から18歳までの若者にInstagramに似たSNSを使わせ、そのときの若者の脳を調べた。自分の写真に「いいね！」がついているのを見た若者は、脳の広範囲にわたって活性化が見られ、特に脳の快楽中枢であると考えられている「側坐核」と呼ばれる線条体の一部が活発であった。InstagramのようなSNSが、10代の脳にたばこやギャンブルと同じような影響をもたらす可能性が示唆された[72]。
違法薬物の取り引き

Instagramではユーザーが販売している違法薬物の写真を公開しており、批判を受けている。2013年に英国放送協会は、違法薬物の写真を投稿して特定のハッシュタグをつけ WhatsAppなどのインスタントメッセージのアプリを利用することで、薬物の売買が行われていることを発見した。Instagramは取引に使われたハッシュタグをブロックし、BBCに雇われているスポークスパーソンは、Instagramは単に写真やビデオを共有するもので売買の場ではなく、許可されるものとされないものに明確なルールがある。違法なコンテンツ・不適切なコンテンツを見つけたら通報してほしいとコメントした[73][74]。しかし、その後も新たな違法薬物の取引事件が発生している[75]。
検閲の申し立て

2013年10月に、 Instagramはカナダの写真家 Petra Collinsのアカウントを削除した。彼女はアンダーヘアーがはみ出た下着の下半身のセルフィーを投稿した。写真家のQ.サカマキは、Petra Collinsは写真界で新しく出てきたスタイルまたはムーヴメントである「ピンク・カルチャー」の騎手で、耽美性とメッセージ性をあわせ持つ作家であり、下半身のセルフィーには女性は「ヘアーが下着や水着からはみ出ないように手入れをしておかなければならない」という男性中心社会の偏見にもの申す意図があったと述べている。Collinsは、Instagramの利用規約に違反しておらず、アカウントの削除には根拠がないと主張していた[76]。The Daily DotのAudra Schroederは、 Instagramはポルノや性的な写真の投稿は許されていないが、いったい誰がそれを判断しているのか、 Collinsより性的な写真がサイトにはあるが、これは女性が "femininity" （女らしい）な側面を提示することに見慣れ、受け入れている場であるからに過ぎないと書いている[77]。

2015年には、ビキニから陰毛がはみ出ている写真でオーストラリアのファッションエージェンシー Sticks and Stones Agency's のアカウントを、2015年3月には月経血のついた布の写真で詩人のRupi Kaurのアカウントを停止している。Rupi KaurはFacebookとTumblrのアカウントには "We will not be censored（私たちは検閲されない） と投稿し1万1000以上のシェアを集めた[78][79]。

Instagramでは女性の乳首の写真は規制されるが男性の乳首の写真の掲載は問題がない。また女性の乳首が見えても「教育、ユーモア、風刺を目的に投稿される場合はこの限りではありません」とされており、誰がどう判断するのという問題も指摘されている。上記の事件を受け、Instagramが女性の乳首の写真を削除することに抗議し、「男性の乳首」は公共の場で見せることが許され女性には「乳首を出す権利」がないという社会のダブルスタンダードに疑問を投げかける「フリー・ザ・ニップル・キャンペーン」（#FreetheNipple campaign）が行われた。マイリー・サイラス、チェルシー・ハンドラー、ナオミ・キャンベルら多くの著名人・セレブリティが削除されることを承知で乳首の見える写真を投稿し、Instagramの規制に抗議した[80][81]。

Instagramはこの運動についてあまり発言していないが、CEOのケヴィン・シストロムは、Instagramでのヌード写真に対する厳しい規制はAppleのガイドラインをクリアし、12歳以上向けのアプリであり続けるためであると語っている。しかし、App Storeで販売されているほかのアプリにはガイドラインを超えたコンテンツもあること、Instagramの男女の体の写真に対する対応の一貫性のなさもあり、この声明が正しいかは疑問視されている[82][83][84]。
隠されたポルノ

2016年5月に、Daily Starは、あるブロガーが100万もの明らかなポルノ動画が投稿されていることを発見したとリポートした。そのようなガイドラインに明白に違反している動画をアップロードするユーザーは、アラビア語のハッシュタグを使うことで発見を逃れている[85]。スポークスパーソンはザ・サンで、ポルノコンテンツの検出のための技術に投資し、違反アカウントとコンテンツを迅速に削除すると語った[86]。
タイムラインのアルゴリズム

2016年4月に、ユーザーのタイムラインに表示される写真の順番が、時系列からアルゴリズムによるものに変更された。Instagramはユーザーが好む写真を優先して表示するように設計したとしているが、否定的なフィードバックが多かった。会社は戸惑うユーザーに変更の展望についてツイートしたが、アプリのバックダウンは行わず、元に戻す方法も提供しなかった[87][88][89][90][91][92][48]。
シャドウバン

2017年中ごろ、無関係な多くのハッシュタグを使うユーザー、大量のエンゲージメントを得るために金銭を払うユーザーの対策を始めたと発表した。