諸外国に比べ日本でのiTunes Storeのシェアが低い理由の一つとして、日本独自のレンタルCD店の普及が挙げられることがある[21][22]。

また、配信されている楽曲数こそ増えてはいるものの、配信形式はiTunes Plus（AAC256kbps）から大きく変わっておらず、2010年代以降は他社のサービスでハイレゾ音源の配信が開始され、非圧縮音源ないしロスレスでの音楽再生がデファクトスタンダードになったことで、iTunes Storeが時代遅れのサービスに成り下がったこともシェアが低い要因になっている。
代金請求についての問題

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iTunes Storeの利用者が心当たりのない代金の請求を受けた事例が、2009年（平成21年）4月以降、消費生活センターなどに43件寄せられており、2010年（平成22年）2月12日消費者庁が注意を喚起するとともに[23]、2月17日・19日付で消費者庁が運営会社の「iTunes（株）」や社団法人日本クレジット協会に対して照会を発している[24][25]。これについては、3月4日付で同社より回答があったが[26]、内容が不十分として、同日付で3月12日までに詳細な回答を求める質問状が再度同社へ出された[27]。
違法配信についての問題

2010年1月、iTunes StoreでPerfumeのアルバム『GAME』が違法配信されていることが判明した（Perfume所属のアミューズは前述の備考通り当時日本のiTunes Storeに参加していなかった）[28]。Copyright表記がCDの販売元のTokuma JapanではなくTukuma Japanであったこと、一部楽曲が本来のものではないことから事態が判明した。これを受け徳間ジャパンコミュニケーションズ（以下徳間ジャパン）はAppleに対し調査を要請した結果、海外のレーベルが徳間ジャパンの許諾を受けずに配信したものと判明した[29]。徳間ジャパンは法的措置も検討しており、Appleの音楽配信に対する審査体制への疑問が投げかけられることとなった。
特徴および制限
ブラウズ
統合音楽管理ソフトiTunes内の専用ブラウザから利用する。なお、ペアレンタルコントロールによって、「iTunesは使えてもiTunes Storeは利用できない」ように設定することも可能である。
シェア
2006年9月時点、米国における合法音楽ダウンロード販売サービス市場で70%を超えるシェアを占める。
ラインナップ・参加レーベル
2007年5月現在、アメリカ合衆国版では500万以上、日本版では400万以上の曲が発売されている[30]。これはAppleと4つの主要なレコード会社、EMI、ソニーBMG、ユニバーサル、ワーナー・ミュージック・グループとの取引の成果であり、600以上のインディーズ・レーベルも含まれる。iTunes Storeでは ボブ・ディラン、U2、エミネム、シェリル・クロウ、スティングなど20以上のアーティストからの独自曲を含むさまざまな楽曲が提供されている。
顧客アカウント
iTunesのアカウントは国家ごとに異なり、取得可能なアカウントは顧客の住所によって決まる（iTunesの表示言語とは関係ない）[注釈 8]。
購入方法
クレジットカードで決済するか、もしくはAppleが販売しているプリペイドカード（iTunes cardといい、金額は1,500円分・3,000円分・5,000円分・10,000円分・バリアブルカードがある）を購入し、そこから支払う。プリペイドカードには番号が記載されており、その番号をiTunesに入力すると自分のアカウントに入金される。ちなみに、プリペイドカードは購入時にレジで専用のバーコードを読み取る必要があり、万引きなどで不正に入手したプリペイドカードは使えない。また、プリペイドカードは、発行国のiTunes Storeでしか認識されない[注釈 9]。
対応OS