2010年（平成22年）11月11日に、映画配信サービスを開始した。主にレンタル方式が中心であるが、一部は販売方式でも配信されている。多くのハリウッドメジャーや日本の主要映画会社から約1,000本以上の映画が提供されてスタートした[注釈 7]。

ソニー・ピクチャーズに関しては、音楽と同様に当初は不参加であったが、2010年（平成22年）12月16日より映画の提供を開始。ソニーのコンテンツが日本のiTunes Storeで配信されるということで、インターネットや新聞などでも大きく取り上げられた（ただし、10月19日にiOS用公式アプリをリリースしていた）[18]。また、当初はレンタルのみで扱われていた作品が、販売方式でも配信されることも増えている。

2016年（平成28年）8月17日より、iTunes Store、App Store、Apple Music、iBooksが日本の大手通信キャリアのau（KDDI・沖縄セルラー電話連合）が提供するau端末の月額料金と合算して支払える「auかんたん決済」を利用した決済に正式対応となった（日本の大手通信キャリアとしては史上初。ただし法人契約者は対象外）[19]。
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日本の音楽配信市場は、主にレコチョクが提供するフィーチャーフォン向けの着うたフルが多数を占める（2011年度は81%）という特徴があり、iTunes StoreはCDなども含めた音楽市場全体の金額シェアで考えると5%に満たず[20]、諸外国に比べ低いシェアとなっている。

諸外国に比べ日本でのiTunes Storeのシェアが低い理由の一つとして、日本独自のレンタルCD店の普及が挙げられることがある[21][22]。

また、配信されている楽曲数こそ増えてはいるものの、配信形式はiTunes Plus（AAC256kbps）から大きく変わっておらず、2010年代以降は他社のサービスでハイレゾ音源の配信が開始され、非圧縮音源ないしロスレスでの音楽再生がデファクトスタンダードになったことで、iTunes Storeが時代遅れのサービスに成り下がったこともシェアが低い要因になっている。
代金請求についての問題

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iTunes Storeの利用者が心当たりのない代金の請求を受けた事例が、2009年（平成21年）4月以降、消費生活センターなどに43件寄せられており、2010年（平成22年）2月12日消費者庁が注意を喚起するとともに[23]、2月17日・19日付で消費者庁が運営会社の「iTunes（株）」や社団法人日本クレジット協会に対して照会を発している[24][25]。これについては、3月4日付で同社より回答があったが[26]、内容が不十分として、同日付で3月12日までに詳細な回答を求める質問状が再度同社へ出された[27]。
違法配信についての問題

2010年1月、iTunes StoreでPerfumeのアルバム『GAME』が違法配信されていることが判明した（Perfume所属のアミューズは前述の備考通り当時日本のiTunes Storeに参加していなかった）[28]。Copyright表記がCDの販売元のTokuma JapanではなくTukuma Japanであったこと、一部楽曲が本来のものではないことから事態が判明した。これを受け徳間ジャパンコミュニケーションズ（以下徳間ジャパン）はAppleに対し調査を要請した結果、海外のレーベルが徳間ジャパンの許諾を受けずに配信したものと判明した[29]。徳間ジャパンは法的措置も検討しており、Appleの音楽配信に対する審査体制への疑問が投げかけられることとなった。
特徴および制限
ブラウズ
統合音楽管理ソフトiTunes内の専用ブラウザから利用する。なお、ペアレンタルコントロールによって、「iTunesは使えてもiTunes Storeは利用できない」ように設定することも可能である。
シェア
2006年9月時点、米国における合法音楽ダウンロード販売サービス市場で70%を超えるシェアを占める。
ラインナップ・参加レーベル
2007年5月現在、アメリカ合衆国版では500万以上、日本版では400万以上の曲が発売されている[30]。