主な機能や特徴は以下の通り。特徴的なものについては詳細を後述する。

音楽CDからの楽曲の取り込み

コピーコントロールCDはサポートしていないがOSとCDドライブの組合せによってはCCCDを読み込める場合がある。


音楽のプレイリストによる整理

ジャンルや再生した日時などの条件を設定し、その条件に沿った曲を自動的にリストする「スマートプレイリスト」機能

次に再生する曲が分かるランダム再生機能「iTunes DJ」機能。なお、アルバムごとのシャッフルにとどまらず、プレイリスト上、あるいはライブラリ上のすべての曲を対象にシャッフルが可能。なお、このシャッフル機能はしばらく再生していると分かることではあるが、完全なランダムであり、特定の曲が頻繁に再生されたり、特定の曲がまったく再生されなかったりすることもある。iTunes 8.1で、iPhoneおよびiPod touchのRemoteアプリを使って、離れた場所からの選曲（リクエスト）ができるようになるとともに名称を変更。8.1リリース以前の名称は「パーティーシャッフル」。

楽曲をCDやDVDへ音楽CD規格、あるいはデータディスク形式としての書き込み機能

音楽CDの楽曲情報（メタデータ）を、インターネット上の音楽CDデータベース（CDDB）から自動的に取得する機能

曲に関する情報（アーティスト、アルバムなど）をインクリメンタルサーチできる

デジタルオーディオプレーヤー、iPod・iPhone・iPadへのファイルコピー・自動同期

ポッドキャストのダウンロード、iTunes Storeでの音楽・ビデオ購入

ビジュアライザを実行して、リズムに合わせた映像効果を画面に表示する

自動でボリュームを平均に近づける「サウンドチェック」機能（音量正規化）

Bonjourを用いたローカルネットワーク内で他のコンピュータのiTunesの楽曲やビデオを再生する機能（ホームシェアリング）。この機能では、ほかのコンピュータに保存されている音楽ファイルを複製し保存することはできない。また、iOSのMusicアプリに転送された楽曲を別のiOS機種で再生することもできない。なお、登録できる機器は最大で5台までの制約がある。
※音楽をコピーするには、OS自体のファイル共有機能などを用いてファイルそのものをコピーしiTunesに取り込む必要がある。

ローカルネットワーク内で、AirTunes搭載のAirMac Express用いた無線LANで音楽を送信し、AirMac Expressへ接続したスピーカーで聴くことができる

よく使われる多くの音声ファイルの形式（MP3・AAC・WAV・AIFF・Apple Lossless）に対応（Windows版のみWMAからAACやMP3などへの変換機能対応）

iTunes 7より、曲間を開けずに再生できるギャップレス再生機能に対応。第5世代以降のiPod、第2世代以降のiPod nanoでギャップレス再生が可能

Windows Live MessengerまたはiChat上に現在自分が再生している音楽を表示可能

iPhone・iPod touch用アプリケーションを購入・ダウンロードするApp Storeを統合、アプリケーションの転送や管理が可能（v12.7で分離、削除）

プレイリスト

任意の音楽データをピックアップし、その音楽のみの再生、音楽CDの作成ができる。

静的なプレイリストだけでなく、曲の抽出条件に基づく自動更新が可能なスマートプレイリストをサポートしている。これを利用して、最近追加した音楽を拾い出したりユーザ自身が行った「評価」に基づいて抽出したりして再生することができる。また、あるプレイリストからさらに条件付きで抽出することも可能である。

ユーザによる楽曲管理は基本的にプレイリストを用いて行うようになっている。これは、ひとつの音楽をいろいろな角度から拾い出すことができるなどの利点がある。
Genius

Geniusは、iTunes8.0から導入されたプレイリスト自動生成機能である。Geniusはある1曲をベース曲に選び、選ばれたベース曲と相性の合う曲をプレイリストとして選び出す。リストアップする曲数の上限は25・50・75・100曲の4段階から選択できる。Geniusは曲の選別の際に、Geniusを使う個々のユーザーのiTunesライブラリをApple側で統計的に分析したデータベースと、Appleでライブラリを分析したあとに返ってくる個々のユーザーの曲関連性データを用いる。そのため、Geniusを使う際には、ライブラリの情報がApple側へ送信されることに同意する必要がある。さらに、Geniusでプレイリストを作成する際には、選択したベース曲の情報がApple側のデータベースに登録されていることが必須となるため、登録されていない曲でGeniusを使用することはできない。また、関連性データはiPodにも同期されるため、iPhone/iPod touch・第四世代iPod nano・第二世代iPod classic上でもGeniusを使うことが可能である。