2008年9月に始まったばかりのサービスであるため、まだGeniusに対応していない曲も多い。
操作インタフェース

楽曲ファイルに関するメタデータをデータベースの形に蓄積して一元的に管理している。これによって、曲名、アーティスト、アルバム、ジャンル、（ユーザがつけた）点数などの多数の要素で多角的に検索/絞り込みすることができる。また、音楽CDの読み込みからお気に入りの編集、携帯プレイヤーへの転送やオリジナルCDの作成などを一貫して行うことも可能としている。

iTunesの音楽ライブラリのインタフェースは、NEXTSTEP・macOSのファイルブラウザにおけるカラム表示を音楽データの管理に特化し、メタデータの概念を加えたものということができる。最初にリリースされた2001年当時には過去に例のない洗練されたユーザインタフェースであり、他の音楽管理ソフトにも大きな影響を与えた。AppleもiPhotoをはじめとしたiLifeにiTunes風のデータ管理方式を採用し、macOSのFinderもバージョンアップのたびにiTunesライクなインタフェースを取り込んでおり、メタデータに関してはSpotlightにおいて参照される。
音楽ライブラリ

iTunesではオーディオ・ファイルについてのメタデータを2つのファイルで蓄積する。このiTunesライブラリはmacOSの場合オプションキー、Windowsの場合はShiftキーを押しながら起動することで、自由に選択できる（iLifeソフトウェア共通の仕様）。iTunesライブラリは管理だけでなく、オブジェクトシリアライゼーションのためにも用いられ、それらの情報を外部アプリケーションで柔軟に参照できる。

1つ目は、iTunes Libraryと呼ばれるバイナリファイルである。これは、以前のバージョンではiTunes X Music Libraryと呼ばれていた（Xはバージョンを示す数字）。ID3タグのような、音声形式ファイルのタグからアーティストやジャンルといった情報をキャッシュするとともに、曲ごとの再生回数やレートといったiTunes独自に持つ情報が収められている。

2つ目のファイルはiTunes Music Library.xmlと呼ばれる、XML形式で書かれたファイルである。iTunesの情報が変更されるたびにこのファイルが更新される。このファイルがあることで、iTunesの情報を利用するアプリケーションをデベロッパが簡単に作成できる。macOSではシステム全般の設定ファイル（拡張子:.plist）としてのコーディングにXML（10.4からデフォルトはバイナリとなっている）が使用されており、iTunesにおいても最適化されているが、Windows系OSでは最適化されていないため、ライブラリが膨大になればなるほどiTunesの起動に時間がかかる。Windowsでは一般にレジストリが使用される。これらはNextSTEPからの遺産であるプロパティリストの一つの姿である。

iTunesではソフトウェアがファイルの保存場所や構成をデータベースの形で一元的に管理することで、曲名、アーティスト、アルバム、ジャンル、（ユーザがつけた）点数などの多数の要素で双方向的に検索/絞り込みすることができ、音楽CDの読み込みからお気に入りの編集、携帯プレイヤへの転送やオリジナルCDの作成などを一貫して行うことができる。

また楽曲の開始・終了時間をミリ秒単位で指定したり、1曲ごとの音量調整・イコライザプリセットなどをiTunes独自に指定したりすることが可能である。これらの情報は楽曲ファイル自体には保存されない。

楽曲のプロパティからは、楽曲ごとに歌詞を挿入することもできる。
インターネットラジオ

iTunes 1.0はKerbango Internet Radio Tuner Serviceをサポートし、ユーザに人気のあるオンラインラジオストリームを提供していたが、Kerbangoが2001年に運営を終了すると、Appleは独自のウェブ・ラジオ・サービスを立ち上げた。2005年7月、iTunesラジオ・サービスは約200?300の"ラジオ局"（ビットレートの異なる同一放送を含むと総計400局以上）に対応し、多くがMP3ストリーミング形式になった。
利用可能なファイル形式

iTunesはバージョン10現在、MP3、AIFF、WAV、AAC、HE-AAC（バージョン9.0.0.70以降でサポート）、およびApple Lossless形式のオーディオファイルを扱い、エンコードすることができる。このほか、Audibleオーディオブックなどの再生も可能である。動画は、MPEG-4とH.264形式に対応している。

また、iTunesはQuickTimeをコア（macOSのマルチメディアのコアでもある）としているため、Ogg Vorbisオーディオ形式など、QuickTimeが標準でサポートしない形式のファイルの再生は、対応するQuickTimeコンポーネントを追加することで可能になる。ただしiTunesへインポートできるファイルの拡張子は.m4a .m4v .aac .mpg .mov .mp4 .wav .aiff (.aif) に限定されているため、左記の拡張子で一般に用いられないコーデックを用いたファイルは、あらかじめ任意のQuickTimeコンテナなどに格納する必要がある。QuickTimeで再生できれば中身のコーデックの種類は問わない。

Windows版は、保護されていないWMAファイルを他のオーディオ形式へ自動的に変換できるが、WMAファイルを直接再生することはできない。また、WMA形式へのエンコードもサポートしていない。
音楽共有

iTunes Libraryの共有はLAN内プロトコルBonjourによるゼロ・コンフィギュレーションネットワーク上で稼働する。このプロトコルはLAN内のMac同士を容易に発見し接続できる（BonjourはmacOSの機能であるが、AppleによりBonjour for Windowsが用意されておりWindowsでも利用可能である）。

iTunes 4より追加された。当初と現在の実装内容は趣を異にする。
ホームシェアリング

2009年9月、iTunes 9.0より新たに追加された機能。家庭内の最大5台までのPCで iTunesのメディアライブラリを共有できる。機器はMacだけでなくWindows PCやiPhone、iPad、Apple TVに対応。

主な機能は、iPhoneやiPadのRemoteアプリにてiTunesの操作、iPhoneやiPadのMusicアプリを使用してiTunes内のライブラリーの再生などのさまざまな機能を持っており、AirPlayと兼用することも可能である。

注意点としては使用時にiTunesを立ち上げる必要があり、iTunes上で表示される4桁の番号を別の機器に入力する必要がある。ホームシェアリングの使用にはApple IDの登録が必須。
ビデオ

2005年5月、iTunes 4.8でビデオサポートが導入された。