マクロランゲージは、言語学的には異なる言語であっても、話者は同じ言語の2つの変種として扱う場合を反映する試みである[13]（例:ダイグロシア。）
集合的言語「ISO 639-2#言語グループコード」も参照

集合的言語コード要素とは、いかなる文脈においても単一の言語と考えられない、個別言語のグループを表す識別子である[14] 。これらのコードは個別言語でもマクロランゲージでもない。

ISO 639-2 には集合的言語のための3文字識別子が含まれるが、ISO 639-3 からは除外されている。したがって、この点でも ISO 639-3 は ISO 639-2 の上位集合ではない。

ISO 639-5（英語版） は語族や語派のための集合的コードを定義している。
汎用コード

特定のコードのいずれも妥当でない場合のために、4つのコードが定義されている。これらのコードは、主にデータベースのように、ISO コードが存在しなくても指定しなければならない場合に使用することを目的とする。

コード意味
misその他の言語
mul複数言語
und不明言語
zxx言語ではない

mis[15]は、ISO標準に（まだ）含まれていない言語のために用いる。

mul は、データが複数の言語からなるが、データベースが単一のISOコードを指定することを要求しているときに用いる。

und は、データに使用されている言語名が不明である（誤ってラベルづけされている、ラベルづけされていないなど）場合に用いる。トロイ語のように、言語名は存在するが言語そのものが不明である場合に使用することは目的としていない。

zxx は、データが言語でない場合（動物の鳴き声など）に用いる[16]。

以上に加えて、qaa から qtz までの範囲はローカルに使用する場合のために予約されている。たとえばLinguist List（英語版） で消滅した言語のために用いる。Linguist List ではこのうちひとつに汎用の値を割りあてている。

コード意味
qnp名前のない祖語

このコードは、言語系統図において名前のない節点を表すのに使われる。
保守のプロセス

ISO 639-3 のコード表は変更可能であるが、すでに使われているコードを守るため、変更が許されるのは以下の場合に限られる:[17]

ある項目に対する参照情報の変更（言語名・型や範囲の分類を含む）

項目の追加

重複または誤った項目を非推奨にすること

ある項目を別の項目に併合すること

既存の項目を複数の新しい項目に分割すること

変更は年1回行われる。各変更要求は最低3か月の公開レビュー期間が与えられる。

ISO 639-3 のサイトの「命名の範囲」[18] およびSILの言語の型[19]において、コードを与える範囲と、どのような条件を満たさなければならないかを説明している。たとえば、人工言語に識別子を与えることはできるが、それが人間のコミュニケーションのために設計されており、かつ文献がある場合に限られる。この制約は個々人の発明に対する要求がなされることを防ぐためにある。

登録主体のWebサイトでは、ISO 639-3 のコード表がどのように保守されるかついて説明している[20]。同時に、変更要求を受けとり処理するためのプロセスも記述している[21]。

このWebサイトでは変更要求の書式と、追加提案に関する情報を収集するための第二の書式が提供されている。任意の団体が変更要求を提出できる。提出された要求はまず登録主体によって不備がないかレビューされる。

不備のない文書による要求を受けとった場合、その要求が公開されている「変更要求インデックス[22]」に加えられる。同時に「Lingust List」の「LINGUIST」ディスカッション・リストおよび関連すると登録主体がみなしている他のリストに告知がなされ、変更要求に対する公開レビューに招待する。どのリストのオーナーおよび個人も特定の地域や語族に関する変更要求に関する通知を受け取ることができる。受け取ったコメントは他の団体がレビューするために公開される。コメントの総意にもとづいて、変更要求は撤回されるか、または「候補状態[23]」に昇格する。

毎年のレビュー期間が終了する3か月前に、LINGUIST のディスカッション・リストおよび他のリストに、「候補状態の変更要求[24]」に関する告知がなされる。すべての要求は、レビュー期間が終了するまでレビュー・コメントが可能である。

毎年のレビュー期間の終了時に決定がなされる。要求は全体あるいは一部が採用されるか、修正されて翌年に持ちこされるか、または検討が撤回される。各変更要求と、それに対する決定・決定の根拠の公開アーカイブが保守されている[25]。
批判

言語学者のモーリー、ポストおよびフリードマンは ISO 639-3 に対してさまざまな批判を提起している[26]。

3文字コード自身に問題がある。これらのコードは公式には恣意的で技術的なラベルとされているが、実際にはしばしば言語名の省略からなっており、そのうちいくつかは差別的である。たとえば、イェム語（英語版）には jnj が割りあてられているが、これは差別語の「Janejero」に由来する。これらのコードはその言語の話者を侮辱するものであるが、標準において割り当てを変更することができない。

標準の管理に問題がある。SIL はキリスト教の宣教団体であり、透明性や説明責任において不適当である。何が言語としてコード化するに値するかの決定が内部で行われる。外部の提案は歓迎されたりされなかったりするが、決定自身は不透明であり、多くの言語学者が標準を改訂することを諦めている。

言語に恒久的な識別子を与えることは、言語の変化と両立しない。

言語と方言はしばしば厳格に区別できない。