2001年10月23日に発表、2001年11月17日に発売（399ドル[2]）。キャッチコピー「1,000曲の音楽をポケットに入れて持ち運ぶ」に5GBのハードディスクドライブを搭載した。評論家は発売当初単価を酷評したが、iPodは市場内ですぐにヒットする事となる。本体の重さは185g、コントローラーには「スクロールホイール」が採用され、実際にドーナッツ型の部分を回す仕組みだった。初代iPodはMac専用で、Windowsには対応していなかった。 その後2002年8月には299ドルに値下げされるとともに、Windows用が追加された。

2002年3月21日には、10GBモデル（約2,000曲、499ドル）が発表され、カレンダー・アドレス帳等の同期も可能となった。

前面寸法は最新モデルまでほぼ完全に維持されており、カセットテープと全く同じ大きさである。
第2世代第2世代iPod

2002年7月17日の Macworld で発表された第2世代iPodは、容量が 10GB（約2,000曲）および 20GB（約4,000曲）となり、初代の機械式スクロールホイールに代わって、"タッチホイール"と呼ばれる、指でなぞったことを感知するSynaptics社によるタッチセンサーが採用された。ただし、ホイール周囲のボタンは機械式のままである。新しい東芝社製ハードディスクドライブの搭載により、20GBモデルは厚さと重さで初代モデルをわずかに上回ったが、10GBモデルは薄くなった。また、5GBモデルが36,800円（299ドル）、10GBモデルが47,800円（399ドル）、そして20GBモデルが59,800円（499ドル）と、第一世代に比べ同容量分ではそれぞれ値下げとなった。

この世代で初めてWindowsに対応し、パッケージはOSごとにMac用とWindows用の2つに分けられていた。
第3世代第3世代iPod

2003年4月28日発表。当世代は、10GBモデルが36,800円（299ドル）、15GBモデルが47,800円（399ドル）、そして30GBモデルが59,800円（499ドル）となり、第2世代に比べ同容量分でそれぞれ値下げとなった。2003年9月には15GBモデルを20GB（約5,000曲）に、30GBモデルを40GB（約10,000曲）にそれぞれ改訂したものの、価格の変更はなかった。後に10GBモデルも15GBへ改訂された。

パッケージにWindows用・Mac用の区別がなくなったのはこの世代からである。

第3世代iPodではFireWireコネクタの代わりに、より薄く平らな形状をした専用の「Dockコネクタ」と呼ばれる30ピン・コネクターが採用された。これは同時に導入した新しいiPodドックに、うまく接続できるよう導入された。299ドルで販売されたモデルを除く、全ての第3世代iPodにドックおよびiPodを収納するケースが同梱された。この世代からUSB接続での利用が可能になったが、この時点ではまだiPodの充電には6ピンのFireWire端子、またはFireWire端子を持つiPod ACアダプタへの接続が必要となる。

従来、ホイールの周囲にあった「再生」などの機械式ボタンはホイールと画面の間に横一列に並べられ、ホイール中央のボタンとともにタッチセンサー方式に改められた。これらのボタンは指が触れたことを感知し、画面のバックライトが点灯している間はボタンがオレンジ色に光るがこれはこの世代のみの仕様である。

2003年10月17日、パソコン上のオーディオデジタルデータの管理およびiPodへの転送ソフトとして好評だったiTunesのWindows版が発表された。それまでサードパーティー製の転送ソフトを利用していたWindowsユーザーも、ここで初めてiTunesとiPodの連携による使い勝手の良さを実感でき、この後の飛躍的な売上増加に貢献した。