日本では約51億円の興行成績[注釈 3]をあげており、これはミレニアムシリーズや平成モスラシリーズよりも高い数字である。日本の観客動員数は360万人である。これは、ミレニアムシリーズ最大のヒット作である『ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃』の240万人を大幅に上回った。製作費は1億3千万ドル[注釈 4]であり、東宝映画版制作費の10倍以上と著しく巨額となったが、アメリカや他国での健闘が大きなリターンとなった。また、インフレーションを考慮するとシリーズでも屈指の興行収入であるという指摘も存在する[17][18]。
ストーリー

南太平洋で、日本の漁船が謎の生物に襲われ沈没する事件が起きる。某保険会社から派遣されたと語る男、フィリップ・ローシェは唯一の生存者となった老船員から何を目撃したかを問い出し、朦朧としながらも恐怖に慄いた言葉で「ゴジラ」という名が紡がれる。

翌日のチェルノブイリにて、放射線による生物への影響を調査していた生物学者のニック・タトプロスは米国務省からの要請でパナマへと向かう。半ば強引に被災地の調査チームに編入されたニックは畑違いと訝るが、そこで巨大な生物の足跡を目の当たりにし、驚愕する。続いてジャマイカや大西洋でも貨物船や漁船が次々と襲われる。

ニックは各地に残された巨大な足型や、座礁したタンカーに開けられた横穴と残された肉片などから、“フランスがポリネシア近海で長年行なっていた核実験の結果として、新種の生物が誕生した”との仮説を立てる。フィリップもまた、ジャンと呼ぶ部下たちを引き連れて現場に残された爪痕を確認し、その新種こそ一連の事件を起こした“ゴジラ”だと確信する。

互いに面識を持たないニックとフィリップが“ゴジラ”の追跡を開始した矢先、ニューヨークに未知の巨大生物が上陸し、人々は突然降って湧いた恐怖に逃げ惑う。ニックはその知識を米軍に買われ、米軍が行なうゴジラ退治に力を貸すが、単為生殖で増えるとのニックの主張を米軍が一笑に付したことや、極秘扱いの日本船員への目撃ビデオがニックの元恋人のオードリーを介して公開されたことから、米軍はニックを追放する。行き場を失ったニックは、タクシー運転手に変装したフィリップに連れ去られる。実はフィリップはフランス対外治安総局の諜報員であり、自国の核実験によって生まれたゴジラを駆除すべく部隊を率いてアメリカに潜入していた。ニックはフィリップの説得により、フランスが行うゴジラ退治作戦に協力することを決意する。

マディソン・スクエア・ガーデンにゴジラの巣があることを発見したニックらは、200個もある卵を爆破しようとするが爆薬が足りず、しかもすでに卵は次々とかえり始め、ニックら人間も捕食対象として追いかけ回す。外への出口が八方塞がりの中、オードリーの発案で彼女の働くテレビ局に割り込みをかけスタジアムからの生中継を行ない、大量の幼獣がまさに街中に飛び出す寸前の危機的状況であることが米軍に伝わる。

一方、成獣の方は巣探しをしていたニックらの目の前に姿を現した後、地上に出て、セントラルパークへと導いてから一気に攻撃しようとする米軍の意図に反して、ハドソン川に逃げ込んでしまう。そこへ待ち構えた潜水艦隊が魚雷で攻撃し、ついにはとどめを刺したと勘違いする。さらに米軍は、スタジアムをF18で攻撃し、幼獣に対して壊滅的打撃を与え、ニックらはすんでのところで外に逃げ切る。

安心したのもつかの間、成獣は生き延びており、幼獣を殺された怒りに燃えてニックらを乗せたタクシーを追って街中を追い回す。一度はトンネルに逃げ込み、事なきを得たものの、とどめを刺すにはブルックリン橋まで誘い出さねばならぬと米軍からの指令が届き、フィリップが運転するタクシーは同所に向かい、まんまとおびき出されたゴジラはF18のミサイル12発の命中によりついには絶命する。

オードリーはスクープをものにしたことでかねてから不満の種だった上司に意趣返しをし、ニックとの仲を深める。カメラマンのビクターはフィリップに肝心の撮影テープを抜かれるが、ニックからテープはいずれ返却されると伝えられる。街中もゴジラ退治の報せに沸き返るが、スタジアムの中では爆炎を免れた卵から密かに新たな幼獣が孵化していた。
ゴジラ詳細は「ゴジラ (架空の怪獣)#『GODZILLA』（1998年）」を参照
登場人物
ニック・タトプロス博士
演 - マシュー・ブロデリック主人公の生物学者[3]。ミミズを研究していたため、あだ名は「ミミズ男」。チェルノブイリ原子力発電所周辺で放射線が生物に与える影響を調査していた。その後軍からの要請で、ゴジラに関する対策プロジェクトに巻き込まれることとなる。その生態を研究しているうちに、ゴジラの繁殖力の危険性を発見する。タトプロスという名前を劇中幾度も間違えられている。
オードリー・ティモンズ
演 - マリア・ピティロ駆け出しのジャーナリスト。学生時代のニックの恋人であったが、テレビリポーターになる夢を叶えるべくニックの元を去る[3]。同僚であるパロッティ夫妻と行動を共にし、ゴジラ襲撃をきっかけにニックと再会する。
ビクター・パロッティ
演 - ハンク・アザリア通称「アニマル」。