2008年に、押井の新作映画『スカイ・クロラ』上映記念として、本作のリニューアル版『攻殻機動隊2.0』を上映した。『2.0』では新作カットが使用され一部が3DCGとなり、さらに全体的な色調がブルー/グリーン系から、イノセンスと同様のアンバー（オレンジ）系となった。また、音響がサラウンド（5.1ch/6.1ch）化され、キャストの一部・台詞・音楽・SEが、アメリカのスカイウォーカー・サウンドの協力のもと、リニューアルされている。

2017年にアメリカで スカーレット・ヨハンソン主演で『ゴースト・イン・ザ・シェル』としてリメイクされた。日本では2017年4月7日に公開。なお、正確にはハリウッド版はアニメ映画版に影響を受けているだけであって、アニメ映画を原作としているわけではなく講談社とProduction I.Gが攻殻機動隊原作の実写化権をハリウッドに売却したことから権利上は士郎正宗による漫画を原作としている。
あらすじ

電脳化やサイボーグの技術が飛躍的に進んだ近未来。

テロなどの犯罪を未然に防ぐ、内務省直属の組織「公安9課」に所属する草薙素子（通称「少佐」）は、認定プログラマーの他国への亡命に関わった外交官暗殺の任務を遂行し、亡命を未然に阻止する。

後日、外務大臣の通訳が電脳をハッキングされる事件が起き、他人の電脳をゴーストハックして人形のように操る国際手配中の凄腕ハッカー「人形使い」の犯行である可能性が浮上。素子、バトー、トグサを初めとする公安9課は捜査を開始するが、容疑をかけられ逮捕された人物はいずれもゴーストハックを受けて操られたに過ぎず、人形使い本人の正体を掴むことが出来ない。

そんな中、政府御用達である義体メーカー「メガテク・ボディ社」の製造ラインがひとりでに稼動し、女性型の義体を一体作りだした。義体は動き出して逃走するが、交通事故に遭い公安9課に運び込まれる。調べてみると、生身の脳が入っていないはずの義体の補助電脳にはゴーストのようなものが宿っていた。9課を訪れた外務省条約審議部（公安6課）の中村部長は、その義体こそが、6課の追跡に追い詰められた人形使いのデータが逃げ込んだものであることを明かす。一方、中村の突然の訪問を怪しんだトグサは、中村が光学迷彩で身を隠した数名を帯同していることを突き止める。

自律的に目覚めた人形使いは、自らが情報の海で発生した、肉体の存在しない生命体であることを主張し、いち生命体としてこの国への政治的亡命を要求しはじめる。さらに、人形使いは自らを「プロジェクト2501」と名乗った。その直後、人形使いの義体は何者かに拉致されてしまう。この状況を読んでいたトグサとバトーは襲撃者の追跡を開始。更にイシカワの捜査により、外務省が一年前に始めていたプロジェクト「2501」の存在が明らかになる。元々人形使いは外務省が各種工作のために作成したAIだが、自我を持って制御不能になってしまったため、外務省は強引に回収を図っていたのだ。

バトーが追跡した襲撃者たちの車は囮だった。海上へ逃れようとする本命を追った素子は、襲撃者を支援に来た多脚戦車に苦戦を強いられ大破するが、駆け付けたバトーが戦車を撃破したことで事なきを得る。義体を確保した素子はその場で人形使いの電脳にダイブする。人形使いは以前から素子を認識しており、9課に運び込まれるよう図ったのも、彼女に自身との融合を提案するためであった。人形遣いは「死」の概念と自分の子孫（データ）を残す能力を手に入れ、素子はネットと一体化し、自分の殻を解き放った存在となる。しかし直後に2体の義体は外務省の派遣した部隊に狙撃され、破壊される。

20時間後、バトーが庇ったことで損傷を免れた素子の脳殻は、闇ルートで入手された少女の義体に移植され、バトーのセーフハウスで目覚める。一連の事件はテロとして公表され、素子は行方不明扱いになり、一方で外務大臣が辞任、中村を始めとする関係者は査問にかけられることになり、内務省と外務省の痛み分けとして処理された。人形使いと融合を果たした素子はバトーと再会を約して別れ、広大なネットの海へと旅立つのだった。
製作
背景

『機動警察パトレイバー 2 the Movie』の制作が終わり、熱海に建てた家に引っ越して、住宅ローンの返済に悩んでいた頃[5]に『犬狼伝説』のOVA化の企画書を持ち込んだ押井に石川光久が本作の映像化の企画書を出した[6]。偶然にも事前に原作を読んでいた押井は「原作で扱っている世界が『今、語られるべき世界』『一種の予感』として語るのに相応しい」「アメリカ映画では、コンピューターの存在を十分な説得力を持って描き切った作品は多くない。このテーマはアニメで表現するべきだ」と思っていた押井は、「映画にできるタイムリーな企画」と確信し[7]、住宅ローンを返済するためもあり、その場で石川のオファーを承諾した[5]。押井側が出した『犬狼伝説』の企画は後に『人狼 JIN-ROH』として形を変えて実現する[6]。

当初はOVAとして発表する予定だった[8]。
製作委員会

レコード会社「ポリグラム」によって「ジャパニメーションを中心にアニメの世界市場を形成する」ことを指針に「MANGA ENTERTAINMENT」を設立。本作が製作第1作目になった[9]。

製作委員会は講談社・バンダイビジュアル・MANGA ENTERTAINMENTの3社であり、Production I.Gはスポンサーとして参加していない。しかし、過去に講談社が別件でI.Gに制作を頼んでいたが、別の作品の制作途中だったために断った過去があったために、講談社側は本作の企画に対して石川に「できればやってほしい」と頭を下げた。