予定されていたヘッドライナーは、テーム・インパラ（21日）、ザ・ストロークス（22日）、忌野清志郎 Rock'n'Roll FOREVERと電気グルーヴ（23日）。23日の2組は2000年のBLANKEY JET CITY、THEE MICHELLE GUN ELEPHANT以来となる日本人ヘッドライナーとなる予定だった[24]。
2021年

1日目（8月20日）2日目（8月21日）3日目（8月22日）


RADWIMPS

MAN WITH A MISSION

SiM

millenium parade

METAFIVE

坂本慎太郎

SUMMIT

THE BAWDIES

ドレスコーズ

H ZETTRIO

Kan Sano

KID FRESINO（BAND SET）

LITTLE CREATURES

前野健太

OKAMOTO'S

くるり

5lack

DYGL

Tempalay

TENDOUJI

手嶌葵

Vaundy

YOGEE NEW WAVES

yonige

スピンオフ四人囃子feat.根本要 & 西山毅

KOTORI（selected by ROOKIE A GO-GO 19）

藤原さくら

South Penguin


King Gnu

CORNELIUS

ザ・クロマニヨンズ

NUMBER GIRL

The Birthday

indigo la End

ROVO

AJICO

Char

DENIMS

envy

カネコアヤノ

KEMURI

Mega Shinnosuke

milet

光風 & GREEN MASSIVE

MONOEYES

ReN

サンボマスター

SIRUP

THE SKA FLAMES plus Special Guest 元ちとせ

THE SPELLBOUND

サニーデイ・サービス

tricot

THE ALEXX

草田一駿 五重奏体系（selected by ROOKIE A GO-GO 20）

ムジカ・ピッコリーノアルカ号の仲間たち（藤原さくら、暦、伊澤一葉、伏見蛍、アヤコノ、佐藤奏）


電気グルーヴ

平沢進＋会人(EJIN)

忌野清志郎 Rock'n'Roll FOREVER with ROUTE17 Rock'n'Roll ORCHESTRA feat.仲井戸麗市
ROUTE 17 Rock'n'Roll ORCHESTRAメンバー:池畑潤二、花田裕之、ヤマジカズヒデ、細海魚、隅倉弘至、梅津和時、田中邦和、タブゾンビ、青木ケイタ、丈青、スティーヴエトウ、タニー・ホリデイ
Guest：UA、エセタイマーズ、奥田民生、GLIM SPANKY、甲本ヒロト、チバユウスケ、Char、トーキョー・タナカ / ジャンケン・ジョニー、トータス松本、YONCE

MISIA

CHAI

OAU

秋山黄色

青葉市子

4s4ki

砂原良徳

Awesome City Club

BEGIN

THE BLUE HERB

カルメン・マキ & OZ

cero

GEZAN

秦基博

羊文学

君島大空 合奏形態

民謡クルセイダーズ

MONO NO AWARE

折坂悠太（重奏）

STUTS（仰木亮彦、岩見継吾、吉良創太、TAIHEI）

TENDRE

上原ひろみ ザ・ピアノ・クインテット

yonawo

史上初めて、国内アーティストのみで構成されたラインナップとなった。中止となったFUJI ROCK FESTIVAL'20の購入チケットはそのままFUJI ROCK FESTIVAL'21で有効[25]となるので、チケット販売は昨年中止となった2次先行販売（4月16日より販売開始）からとなり、限定枚数により規定枚数に達し次第販売は終了となる[25]。

チケット料金[26]

2次先行販売（限定枚数）：3日通し券\ 46,000（税込）/ 1日券\ 20,000（税込） / 2日券\ 36,000（税込）/ キャンプサイト券\ 4,000（税込）

一般販売：3日通し券\ 49,000（税込）/ 1日券\ 21,000（税込）/ 2日券\ 38,000（税込）/ キャンプサイト券\ 4,000（税込）


感染症蔓延下の開催

新型コロナウイルス流行下の公演であり、感染状況を鑑みてアーティストが申し出た出演キャンセル、事前PCR検査で陽性が確認されたためなどでの出演キャンセルが相次いだ[27][28][29]。イベント前日の8月19日には新潟大学小児科学教室が公式Twitterで新潟県内での医療逼迫を理由に参加予定者に対して「フジロック中に体調が悪くなっても充分な対応ができない可能性が高い」「今からでも参加は辞めた方がいいでしょう」と異例の呼びかけを行っている[30][31]。

主催者は、来場者数を例年の半分以下（3日間で延べ3万5千人）に削る、酒類の販売・持ち込み禁止、マスク着用の義務化、立ち位置指定などによるスタンディングエリアの人数制限などの対策を掲げた[32]。さらに、来場者には体温や体調などの事前登録が求められた[32]。他方、会場までの道のりの路上で飲酒をする客や、生ビールを販売する店もいくつか見られた[32]。朝日新聞の記者で実際に現地で取材をした宮坂知樹は、主催者側の対策は万全であったと評した観客の声を紹介しつつ、「主催者側がどれだけ対策を講じても、来場者の行動次第で穴が開く可能性はある」とした[32]。

終演から2日後の8月24日、主催者は「会期中の会場においては、ひとりの陽性者も確認されていない」と発表した[33]。しかし、「陽性者なし」を発表するには早すぎる段階であると一部メディアからは批判された[34]。8月27日、小泉進次郎環境大臣は定例の記者会見で、ウイルス蔓延下での開催を環境省が後援したことは不適切だったとの認識を示し、今後は見直す考えを明らかにした[35]。主催者は、今後も情報収集に努め結果を公表するとしている[33]。

出演キャンセルをしたアーティスト

本人からの申し出によるキャンセル：津田大介[36][31]、小泉今日子[37]、上田ケンジ[38]、大友良英[39]、折坂悠太（重奏）[40]